Background A rich microbial environment in infancy protects against asthma [1], [2] and infections precipitate asthma exacerbations [3]. We compared the airway microbiota at three levels in adult patients with asthma, the related condition of COPD, and controls. We also studied bronchial lavage from asthmatic children and controls. Principal Findings We identified 5,054 16S rRNA bacterial sequences from 43 subjects, detecting >70% of species present. The bronchial tree was not sterile, and contained a mean of 2,000 bacterial genomes per cm2 surface sampled. Pathogenic Proteobacteria, particularly Haemophilus spp., were much more frequent in bronchi of adult asthmatics or patients with COPD than controls. We found similar highly significant increases in Proteobacteria in asthmatic children. Conversely, Bacteroidetes, particularly Prevotella spp., were more frequent in controls than adult or child asthmatics or COPD patients. Significance The results show the bronchial tree to contain a characteristic microbiota, and suggest that this microbiota is disturbed in asthmatic airways.

Ensembl Genomes (http://www.ensemblgenomes.org) is an integrating resource for genome-scale data from non-vertebrate species, complementing the resources for vertebrate genomics developed in the context of the Ensembl project (http://www.ensembl.org). Together, the two resources provide a consistent set of programmatic and interactive interfaces to a rich range of data including reference sequence, gene models, transcriptional data, genetic variation and comparative analysis. This paper provides an update to the previous publications about the resource, with a focus on recent developments. These include the development of new analyses and views to represent polyploid genomes (of which bread wheat is the primary exemplar); and the continued up-scaling of the resource, which now includes over 23 000 bacterial genomes, 400 fungal genomes and 100 protist genomes, in addition to 55 genomes from invertebrate metazoa and 39 genomes from plants. This dramatic increase in the number of included genomes is one part of a broader effort to automate the integration of archival data (genome sequence, but also associated RNA sequence data and variant calls) within the context of reference genomes and make it available through the Ensembl user interfaces.

Ensembl Genomes (http://www.ensemblgenomes.org) is an integrating resource for genome-scale data from non-vertebrate species, complementing the resources for vertebrate genomics developed in the Ensembl project (http://www.ensembl.org). Together, the two resources provide a consistent set of programmatic and interactive interfaces to a rich range of data including genome sequence, gene models, transcript sequence, genetic variation, and comparative analysis. This paper provides an update to the previous publications about the resource, with a focus on recent developments and expansions. These include the incorporation of almost 20 000 additional genome sequences and over 35 000 tracks of RNA-Seq data, which have been aligned to genomic sequence and made available for visualization. Other advances since 2015 include the release of the database in Resource Description Framework (RDF) format, a large increase in community-derived curation, a new high-performance protein sequence search, additional cross-references, improved annotation of non-protein-coding genes, and the launch of pre-release and archival sites. Collectively, these changes are part of a continuing response to the increasing quantity of publicly-available genome-scale data, and the consequent need to archive, integrate, annotate and disseminate these using automated, scalable methods.

Ensembl Genomes (http://www.ensemblgenomes.org) is an integrating resource for genome-scale data from non-vertebrate species, complementing the resources for vertebrate genomics developed in the context of the Ensembl project (http://www.ensembl.org). Together, the two resources provide a consistent set of interfaces to genomic data across the tree of life, including reference genome sequence, gene models, transcriptional data, genetic variation and comparative analysis. Data may be accessed via our website, online tools platform and programmatic interfaces, with updates made four times per year (in synchrony with Ensembl). Here, we provide an overview of Ensembl Genomes, with a focus on recent developments. These include the continued growth, more robust and reproducible sets of orthologues and paralogues, and enriched views of gene expression and gene function in plants. Finally, we report on our continued deeper integration with the Ensembl project, which forms a key part of our future strategy for dealing with the increasing quantity of available genome-scale data across the tree of life.

The pathogen-host interactions database (PHI-base) is available at www.phi-base.org. PHI-base contains expertly curated molecular and biological information on genes proven to affect the outcome of pathogen-host interactions reported in peer reviewed research articles. PHI-base also curates literature describing specific gene alterations that did not affect the disease interaction phenotype, in order to provide complete datasets for comparative purposes. Viruses are not included, due to their extensive coverage in other databases. In this article, we describe the increased data content of PHI-base, plus new database features and further integration with complementary databases. The release of PHI-base version 4.8 (September 2019) contains 3454 manually curated references, and provides information on 6780 genes from 268 pathogens, tested on 210 hosts in 13,801 interactions. Prokaryotic and eukaryotic pathogens are represented in almost equal numbers. Host species consist of approximately 60% plants (split 50:50 between cereal and non-cereal plants), and 40% other species of medical and/or environmental importance. The information available on pathogen effectors has risen by more than a third, and the entries for pathogens that infect crop species of global importance has dramatically increased in this release. We also briefly describe the future direction of the PHI-base project, and some existing problems with the PHI-base curation process.

Abstract Ensembl Genomes (https://www.ensemblgenomes.org) provides access to non-vertebrate genomes and analysis complementing vertebrate resources developed by the Ensembl project (https://www.ensembl.org). The two resources collectively present genome annotation through a consistent set of interfaces spanning the tree of life presenting genome sequence, annotation, variation, transcriptomic data and comparative analysis. Here, we present our largest increase in plant, metazoan and fungal genomes since the project's inception creating one of the world's most comprehensive genomic resources and describe our efforts to reduce genome redundancy in our Bacteria portal. We detail our new efforts in gene annotation, our emerging support for pangenome analysis, our efforts to accelerate data dissemination through the Ensembl Rapid Release resource and our new AlphaFold visualization. Finally, we present details of our future plans including updates on our integration with Ensembl, and how we plan to improve our support for the microbial research community. Software and data are made available without restriction via our website, online tools platform and programmatic interfaces (available under an Apache 2.0 license). Data updates are synchronised with Ensembl's release cycle.

The pathogen–host interactions database (PHI-base) is available at www.phi-base.org. PHI-base contains expertly curated molecular and biological information on genes proven to affect the outcome of pathogen–host interactions reported in peer reviewed research articles. In addition, literature that indicates specific gene alterations that did not affect the disease interaction phenotype are curated to provide complete datasets for comparative purposes. Viruses are not included. Here we describe a revised PHI-base Version 4 data platform with improved search, filtering and extended data display functions. A PHIB-BLAST search function is provided and a link to PHI-Canto, a tool for authors to directly curate their own published data into PHI-base. The new release of PHI-base Version 4.2 (October 2016) has an increased data content containing information from 2219 manually curated references. The data provide information on 4460 genes from 264 pathogens tested on 176 hosts in 8046 interactions. Prokaryotic and eukaryotic pathogens are represented in almost equal numbers. Host species belong ∼70% to plants and 30% to other species of medical and/or environmental importance. Additional data types included into PHI-base 4 are the direct targets of pathogen effector proteins in experimental and natural host organisms. The curation problems encountered and the future directions of the PHI-base project are briefly discussed.

Ensembl Genomes (http://www.ensemblgenomes.org) is an integrating resource for genome-scale data from non-vertebrate species. The project exploits and extends technologies for genome annotation, analysis and dissemination, developed in the context of the vertebrate-focused Ensembl project, and provides a complementary set of resources for non-vertebrate species through a consistent set of programmatic and interactive interfaces. These provide access to data including reference sequence, gene models, transcriptional data, polymorphisms and comparative analysis. This article provides an update to the previous publications about the resource, with a focus on recent developments. These include the addition of important new genomes (and related data sets) including crop plants, vectors of human disease and eukaryotic pathogens. In addition, the resource has scaled up its representation of bacterial genomes, and now includes the genomes of over 9000 bacteria. Specific extensions to the web and programmatic interfaces have been developed to support users in navigating these large data sets. Looking forward, analytic tools to allow targeted selection of data for visualization and download are likely to become increasingly important in future as the number of available genomes increases within all domains of life, and some of the challenges faced in representing bacterial data are likely to become commonplace for eukaryotes in future.

Rapidly evolving pathogens cause a diverse array of diseases and epidemics that threaten crop yield, food security as well as human, animal and ecosystem health.To combat infection greater comparative knowledge is required on the pathogenic process in multiple species.The Pathogen-Host Interactions database (PHI-base) catalogues experimentally verified pathogenicity, virulence and effector genes from bacterial, fungal and protist pathogens.Mutant phenotypes are associated with gene information.The included pathogens infect a wide range of hosts including humans, animals, plants, insects, fish and other fungi.The current version, PHI-base 3.6, available at http://www.phi-base.org,stores information on 2875 genes, 4102 interactions, 110 host species, 160 pathogenic species (103 plant, 3 fungal and 54 animal infecting species) and 181 diseases drawn from 1243 references.Phenotypic and gene function information has been obtained by manual curation of the peer-reviewed literature.A controlled vocabulary consisting of nine high-level phenotype terms permits comparisons and data analysis across the taxonomic space.PHI-base phenotypes were mapped via their associated gene information to reference genomes available in Ensembl Genomes.Virulence genes and hotspots can be visualized directly in genome browsers.Future plans for PHI-base include development of tools facilitating community-led curation and inclusion of the corresponding host target(s).