ZZ
Ziyu Zhao
Author with expertise in DNA Nanotechnology and Bioanalytical Applications
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(100% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
11
/
i10-index:
14
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

A single-molecule nanopore sequencing platform

Jiayuan Zhang et al.Aug 20, 2024
ABSTRACT Nanopore sequencing, a third-generation sequencing technology, has revolutionized the gene sequencing industry with its advantages of long reads, fast speed, real-time sequencing and analysis, and potential in detecting base modifications. This technology allows researchers to sequence longer DNA fragments in a single read, providing more comprehensive genomic information compared to previous methods. Nanopore sequencing operates on electrical signals generated by a nanopore embedded in a membrane separating two electrolyte-filled chambers. When single-stranded DNA (ssDNA) passes through the nanopore, it creates variations in the current that correspond to different DNA bases. By analyzing these current fluctuations with machine learning algorithms, the DNA sequence can be determined. In this study, we introduced several improvements to nanopore sequencing, including nanopore local chemistry sequencing, novel motor and pore proteins, chip design, and basecalling algorithms. Our new nanopore sequencing platform, CycloneSEQ, demonstrated long-duration sequencing (107 hours) on a single chip with high yield (>50 Gb). In human genomic DNA sequencing, CycloneSEQ was able to produce long reads with N50 33.6 kb and modal identity 97.0%. Preliminary findings on human whole-genome de novo assembly, variant calling, metagenomics sequencing, and single-cell RNA sequencing have further highlighted CycloneSEQ’s potential across different areas of genomics.
0

Synergistic Effect and Mechanism of Combined Astaxanthin and Curcumin Administration on Ovarian Function in PCOS Mice

Gao Zhang et al.Nov 20, 2024
ABSTRACT To investigate the synergistic effect of astaxanthin and curcumin on ovarian function in polycystic ovary syndrome (PCOS) mice and to elucidate the underlying mechanisms, fifty 4‐week‐old female mice were randomly divided into five groups: (i) normal control group; (ii) PCOS model group; (iii) PCOS + astaxanthin group; (iv) PCOS + curcumin group; and (v) PCOS + astaxanthin–curcumin. Throughout the study, various parameters were meticulously evaluated, including serum levels of key reproductive hormones (testosterone (T), estradiol (E2), follicle‐stimulating hormone (FSH), luteinizing hormone (LH), and anti‐Müllerian hormone (AMH)), as well as monitoring alterations in the estrous cycle, follicle development, and ovulation rates. Additionally, markers of oxidative stress and inflammation were measured. Findings revealed that PCOS mice exhibited disordered estrous cycle, polycystic ovarian morphologies, abnormal serum reproductive hormones and lipid metabolism, heightened oxidative stress, and augmented inflammatory responses. Notably, upon administration of the combined astaxanthin and curcumin, PCOS mice exhibited significant improvements in their estrous cyclicity and ovarian histology. The treatment led to a significant reduction in serum total cholesterol (TC) levels and normalization of T, E2, FSH, LH, and AMH levels. Moreover, there was a marked decrease in the levels of serum reactive oxygen species (ROS) and malondialdehyde (MDA), indicating attenuation of oxidative stress. Concurrently, the activity of the antioxidant enzyme catalase (CAT) significantly increased, while proinflammatory cytokines interferon‐γ (IFN‐γ) and interleukin‐6 (IL‐6) in the ovarian tissue were notably decreased. The combined treatment also resulted in a substantial increase in the number of ova and a significant decline in the rate of abnormal ova, with these therapeutic effects proving more effective compared to either astaxanthin or curcumin alone. In conclusion, the co‐administration of astaxanthin and curcumin demonstrated a remarkable effect in improving abnormal lipid metabolism and restoring reproductive endocrine functions in PCOS mice. Furthermore, it effectively mitigated systemic and local oxidative stress and chronic inflammatory injury, thereby promoting follicular growth and enhancing ovulatory function in the context of PCOS.