MicroRNAs (miRNAs) are small noncoding RNAs, thought to be involved in physiologic and developmental processes by negatively regulating expression of target genes. We have previously reported frequent down-regulation of the let-7 miRNA family in lung cancers and, in the present study, assessed alteration in a panel of 19 lung cancer cell lines. As a result, we found for the first time that the miR-17-92 cluster, which comprises seven miRNAs and resides in intron 3 of the C13orf25 gene at 13q31.3, is markedly overexpressed in lung cancers, especially with small-cell lung cancer histology. Southern blot analysis revealed the presence of increased gene copy numbers of the miRNA cluster in a fraction of lung cancer cell lines with overexpression. In addition, we were able to show predominant localization of C13orf25 transcripts within the nucleus and introduction of the expression construct of the miR-17-92 cluster, but not the putative open reading frame of C13orf25, enhancing lung cancer cell growth. These findings clearly suggest that marked overexpression of the miR-17-92 cluster with occasional gene amplification may play a role in the development of lung cancers, especially in their most aggressive form, small-cell lung cancer, and that the C13orf25 gene may well be serving as a vehicle in this regard.

Background: The recently identified RASSF1 locus is located within a 120-kilobase region of chromosome 3p21.3 that frequently undergoes allele loss in lung and breast cancers. We explored the hypothesis that RASSF1 encodes a tumor suppressor gene for lung and breast cancers. Methods: We assessed expression of two RASSF1 gene products, RASSF1A and RASSF1C, and the methylation status of their respective promoters in 27 non-small-cell lung cancer (NSCLC) cell lines, in 107 resected NSCLCs, in 47 small-cell lung cancer (SCLC) cell lines, in 22 breast cancer cell lines, in 39 resected breast cancers, in 104 nonmalignant lung samples, and in three breast and lung epithelial cultures. We also transfected a lung cancer cell line that lacks RASSF1A expression with vectors containing RASSF1A complementary DNA to determine whether exogenous expression of RASSF1A would affect in vitro growth and in vivo tumorigenicity of this cell line. All statistical tests were two-sided. Results: RASSF1A messenger RNA was expressed in nonmalignant epithelial cultures but not in 100% of the SCLC, in 65% of the NSCLC, or in 60% of the breast cancer lines. By contrast, RASSF1C was expressed in all nonmalignant cell cultures and in nearly all cancer cell lines. RASSF1A promoter hypermethylation was detected in 100% of SCLC, in 63% of NSCLC, in 64% of breast cancer lines, in 30% of primary NSCLCs, and in 49% of primary breast tumors but in none of the nonmalignant lung tissues. RASSF1A promoter hypermethylation in resected NSCLCs was associated with impaired patient survival (P = .046). Exogenous expression of RASSF1A in a cell line lacking expression decreased in vitro colony formation and in vivo tumorigenicity. Conclusion: RASSF1A is a potential tumor suppressor gene that undergoes epigenetic inactivation in lung and breast cancers through hypermethylation of its promoter region.

Abstract Malignant pleural mesothelioma (MPM) is a highly lethal cancer of the lining of the chest cavity. To expand our understanding of MPM, we conducted a comprehensive integrated genomic study, including the most detailed analysis of BAP1 alterations to date. We identified histology-independent molecular prognostic subsets, and defined a novel genomic subtype with TP53 and SETDB1 mutations and extensive loss of heterozygosity. We also report strong expression of the immune-checkpoint gene VISTA in epithelioid MPM, strikingly higher than in other solid cancers, with implications for the immune response to MPM and for its immunotherapy. Our findings highlight new avenues for further investigation of MPM biology and novel therapeutic options. Significance: Through a comprehensive integrated genomic study of 74 MPMs, we provide a deeper understanding of histology-independent determinants of aggressive behavior, define a novel genomic subtype with TP53 and SETDB1 mutations and extensive loss of heterozygosity, and discovered strong expression of the immune-checkpoint gene VISTA in epithelioid MPM. See related commentary by Aggarwal and Albelda, p. 1508. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 1494

Malignant mesothelioma (MM) is an aggressive neoplasm associated with asbestos exposure. We carried out genome-wide array-based comparative genomic hybridization analysis with 14 MM cell lines. Three cell lines showed overlapping homozygous deletion at chromosome 13q12, which harbored the LATS2 (large tumor suppressor homolog 2) gene. With 6 other MM cell lines and 25 MM tumors, we found 10 inactivating homozygous deletions or mutations of LATS2 among 45 MMs. LATS2 encodes a serine/threonine kinase, a component of the Hippo tumor-suppressive signaling pathway, and we transduced LATS2 in MM cells with its mutation. Transduction of LATS2 inactivated oncoprotein YAP, a transcriptional coactivator, via phosphorylation, and inhibited MM cell growth. We also analyzed LATS2 immunohistochemically and found that 13 of 45 MM tumors had low expression of LATS2. Because NF2 is genetically mutated in 40% to 50% of MM, our data indicate that Hippo pathway dysregulation is frequent in MM cells with inactivation of LATS2 or an upstream regulator of this pathway, Merlin, which is encoded by NF2. Thus, our results suggest that the inactivation of LATS2 is one of the key mechanisms for constitutive activation of YAP, which induces deregulation of MM cell proliferation.