The statistic known as Moran's I is widely used to test for the presence of spatial dependence in observations taken on a lattice. Under the null hypothesis that the data are independent and identically distributed normal random variates, the distribution of Moran's I is known, and hypothesis tests based on this statistic have been shown in the literature to have various optimality properties. Given its simplicity, Moran's I is also frequently used outside of the formal hypothesis‐testing setting in exploratory analyses of spatially referenced data; however, its limitations are not very well understood. To illustrate these limitations, we show that, for data generated according to the spatial autoregressive (SAR) model, Moran's I is only a good estimator of the SAR model's spatial‐dependence parameter when the parameter is close to 0. In this research, we develop an alternative closed‐form measure of spatial autocorrelation, which we call APLE , because it is an approximate profile‐likelihood estimator (APLE) of the SAR model's spatial‐dependence parameter. We show that APLE can be used as a test statistic for, and an estimator of, the strength of spatial autocorrelation. We include both theoretical and simulation‐based motivations (including comparison with the maximum‐likelihood estimator), for using APLE as an estimator. In conjunction, we propose the APLE scatterplot, an exploratory graphical tool that is analogous to the Moran scatterplot, and we demonstrate that the APLE scatterplot is a better visual tool for assessing the strength of spatial autocorrelation in the data than the Moran scatterplot. In addition, Monte Carlo tests based on both APLE and Moran's I are introduced and compared. Finally, we include an analysis of the well‐known Mercer and Hall wheat‐yield data to illustrate the difference between APLE and Moran's I when they are used in exploratory spatial data analysis.

Abstract Flux and efficiency of carbon export in the ocean has been widely studied using sediment traps, but due to limitations of traditional methods, differential contribution of different organisms is poorly understood. Here, we used DNA metabarcoding to document taxonomic composition for sediment traps deployed at a continental shelf (C6) and a continental slope (C9) site in the South China Sea. The results indicated that metazoans (mainly copepods) and dinoflagellates were the most dominant contributors overall, while dinoflagellates, diatoms, and haptophytes dominated the photosynthetic assemblage. For prokaryotes, Gammaproteobacteria dominated all samples. Furthermore, comparing the trap flora to overlying plankton revealed that metazoans and Polycystinea from Eukaryota and Gammaproteobacteria and Bacteroidetes from Prokaryota were enriched in the trap at both stations whereas haptophytes and Dinophyceae were consistently attenuated during sinking. In addition, Oceanospirillaceae and Rhodobacteraceae exhibited negative correlations with dinoflagellates, and based on overlying plankton metatranscriptomes, were most transcriptionally active lineages for metabolizing labile and semi‐labile organic carbon, potentially contributing to the Martin's decay of sinking particulate organic carbon. Using DNA and RNA sequencing technologies, this study provides novel insights into the lineage‐specific contribution and dynamic impacts of microbes to carbon export in a subtropical marginal sea.

Microplastics have emerged as a significant global concern, particularly in marine ecosystems. While extensive research has focused on the toxicological effects of microplastics on marine animals and/or their associated microorganisms as two separate entities, the holistic perspective of the adaptability and fitness of a marine animal metaorganism-comprising the animal host and its microbiome-remains largely unexplored. In this study, mussel metaorganisms subjected chronic PS-MPs exposure experienced acute mortality but rapidly adapted. We investigated the response of innate immunity, digestive enzymes and their associated microbiomes to chronic PS-MPs exposure. We found that PS-MPs directly and indirectly interacted with the host and microbe within the exposure system. The adaptation was a joint effort between the physiological adjustments of mussel host and genetic adaptation of its microbiome. The mussel hosts exhibited increased antioxidant activity, denser gill filaments and increased immune cells, enhancing their innate immunity. Concurrently, the gill microbiome and the digestive gland microbiome respective selectively enriched for plastic-degrading bacteria and particulate organic matter-utilizing bacteria, facilitating the microbiome's adaptation. The microbial adaptation to chronic PS-MPs exposure altered the ecological roles of mussel microbiome, as evidenced by alterations in microbial interactions and nutrient cycling functions. These findings provided new insights into the ecotoxicological impact of microplastics on marine organisms from a metaorganism perspective.

Flavin adenine dinucleotide synthetase (FADS) orchestrates the biosynthesis of flavin adenine dinucleotide (FAD) with two consecutive catalytic modules. The process entails the release and transfer of the reactant from the initial module to the subsequent one, while the transport process of the intermediate flavin mononucleotide (FMN) between these modules remains unclear. This study focuses on the oligomeric assembly of CaFADS from Corynebacterium ammoniagenes, revealing insights into substrate channeling interface between the two heterologous modules. Employing a semi-rational mutagenesis for residues in the interfaces of the heterologous modules, L204V is screened out and exhibited a 2.3-fold improvement in FAD productivity compared to the wild type. Molecular dynamics simulations indicate the L204V mutant facilitates a larger exit for the intermediate FMN, expediting its release from the first catalytic module. While the mutant showed minor changes of binding affinity with the riboflavin calculated by surface plasmon resonance assay, steered MD simulations of FMN from the first catalytic module demonstrate that the L204V mutant reduces the binding free energy for FMN departure, substantiating its role in improving substrate transport efficiency. The findings shed light on the intricate interplay between different modules of bifunctional enzymes and emphasize the importance of substrate channeling in enhancing catalytic efficiency.

N6-methyladenosine (m6A) is the most common chemical modification of eukaryotic mRNAs, and there is increasing evidence that it plays a vital role in human cancer. However, the relationship between the m6A reader, IGF2BP3, and gastric cancer (GC) has not been fully elucidated. Compared with adjacent normal tissues, the expression level of IGF2BP3 in GC tissues was significantly elevated, which was associated with lymph node metastasis and advanced TNM stage. After the expression level of IGF2BP3 was knocked down in GC cells, the proliferation, migration and invasion ability of the cells were significantly inhibited, the apoptosis level increased, and the levels of glucose, lactic acid and ATP in the cells significantly decreased. When IGF2BP3 was overexpressed, the cell showed the opposite effect. Knocking down IGF2BP3 can inhibit the growth of GC xenografts in vivo. Through RNA-seq, MeRIP-seq, RIP-seq and bioinformatics analysis, it was determined that the downstream target gene of IGF2BP3 in GC was FBXO32, which was highly expressed in GC. The interaction between IGF2BP3 and FBXO32 was confirmed by RIP-qPCR, Co-IP and Co-IF. Subsequently, qRT-PCR, WB and rescue studies confirmed that IGF2BP3 could regulate the expression of FBXO32 protein, and the effect of IGF2BP3 on GC cell function was influenced by FBXO32. In summary, our research reveals that IGF2BP3 regulates the expression of FBXO32 protein in an m6A-dependent manner, thereby promoting the progression of GC. The IGF2BP3-FBXO32 axis is crucial for GC occurrence and development and is expected to serve as a potential novel target for the development of GC therapeutics.