Mutations in the TUBB3 gene, encoding β-tubulin isotype III, were recently shown to be associated with various neurological syndromes which all have in common the ocular motility disorder, congenital fibrosis of the extraocular muscle type 3 (CFEOM3). Surprisingly and in contrast to previously described TUBA1A and TUBB2B phenotypes, no evidence of dysfunctional neuronal migration and cortical organization was reported. In our study, we report the discovery of six novel missense mutations in the TUBB3 gene, including one fetal case and one homozygous variation, in nine patients that all share cortical disorganization, axonal abnormalities associated with pontocerebellar hypoplasia, but with no ocular motility defects, CFEOM3. These new findings demonstrate that the spectrum of TUBB3 -related phenotype is broader than previously described and includes malformations of cortical development (MCD) associated with neuronal migration and differentiation defects, axonal guidance and tract organization impairment. Complementary functional studies revealed that the mutated βIII-tubulin causing the MCD phenotype results in a reduction of heterodimer formation, yet produce correctly formed microtubules (MTs) in mammalian cells. Further to this, we investigated the properties of the MT network in patients' fibroblasts and revealed that MCD mutations can alter the resistance of MTs to depolymerization. Interestingly, this finding contrasts with the increased MT stability observed in the case of CFEOM3-related mutations. These results led us to hypothesize that either MT dynamics or their interactions with various MT-interacting proteins could be differently affected by TUBB3 variations, thus resulting in distinct alteration of downstream processes and therefore explaining the phenotypic diversity of the TUBB3 -related spectrum.

Trithorax-related H3K4 methyltransferases, KMT2C and KMT2D, are critical epigenetic modifiers. Haploinsufficiency of KMT2C was only recently recognized as a cause of neurodevelopmental disorder (NDD), so the clinical and molecular spectrums of the KMT2C-related NDD (now designated as Kleefstra syndrome 2) are largely unknown. We ascertained 98 individuals with rare KMT2C variants, including 75 with protein-truncating variants (PTVs). Notably, ∼15% of KMT2C PTVs were inherited. Although the most highly expressed KMT2C transcript consists of only the last four exons, pathogenic PTVs were found in almost all the exons of this large gene. KMT2C variant interpretation can be challenging due to segmental duplications and clonal hematopoesis-induced artifacts. Using samples from 27 affected individuals, divided into discovery and validation cohorts, we generated a moderate strength disorder-specific KMT2C DNA methylation (DNAm) signature and demonstrate its utility in classifying non-truncating variants. Based on 81 individuals with pathogenic/likely pathogenic variants, we demonstrate that the KMT2C-related NDD is characterized by developmental delay, intellectual disability, behavioral and psychiatric problems, hypotonia, seizures, short stature, and other comorbidities. The facial module of PhenoScore, applied to photographs of 34 affected individuals, reveals that the KMT2C-related facial gestalt is significantly different from the general NDD population. Finally, using PhenoScore and DNAm signatures, we demonstrate that the KMT2C-related NDD is clinically and epigenetically distinct from Kleefstra and Kabuki syndromes. Overall, we define the clinical features, molecular spectrum, and DNAm signature of the KMT2C-related NDD and demonstrate they are distinct from Kleefstra and Kabuki syndromes highlighting the need to rename this condition.

Objective Monoallelic variants in the transient receptor potential melastatin‐related type 3 gene ( TRPM3 ) have been associated with neurodevelopmental manifestations, but knowledge on the clinical manifestations and treatment options is limited. We characterized the clinical spectrum, highlighting particularly the epilepsy phenotype, and the effect of treatments. Methods We analyzed retrospectively the phenotypes and genotypes of 43 individuals with TRPM3 variants, acquired from GeneMatcher and collaborations (n = 21), and through a systematic literature search (n = 22). We included all patients with a pathogenic TRPM3 variant. Results The median age at the time of the study was 10 years, with a preponderance of girls (60%) versus boys (40%). Frequent findings were developmental delay and/or intellectual disability (93%), global or axial hypotonia (77%), ocular involvement (70%), musculoskeletal anomalies (65%), and dysmorphic features (58%). Epilepsy was diagnosed in 31 patients (72%), classified in all as developmental and epileptic encephalopathy with or without spike wave activation in sleep (DEE/DEE‐SWAS). Patients with the variant p.Val1002Met (n = 24) significantly more often had developmental delay and epilepsy. The most effective anti‐seizure medication was primidone. All treated patients showed an improvement in seizure frequency, motor and speech development, and/or learning capability with this drug. Interpretation Developmental delay/intellectual disability and epilepsy are dominant phenotypic features in patients with TRPM3 variants. Given that epilepsy can negatively impact development, screening for awake and sleep electroencephalogram abnormalities and other manifestations are essential to offer early intervention. The TRPM3 channel blocker primidone has shown promising effects and should be considered in every child with a TRPM3 gain‐of‐function variant. ANN NEUROL 2025

Genetic generalized epilepsy (GGE) including childhood absence epilepsy, juvenile absence epilepsy, juvenile myoclonic epilepsy (JME), and GGE with tonic–clonic seizures (TCS) (GGE-TCS), is genetically influenced with a two- to four- fold increased risk in the first-degree relatives of patients. Since large families with GGE are very rare, international studies have focused on sporadic GGE patients using whole exome sequencing, suggesting that GGE are highly genetically heterogeneous and rather involve rare or ultra-rare variants. Moreover, a polygenic mode of inheritance is suspected in most cases. We performed SNP microarrays and whole exome sequencing in 20 families from Sudan, focusing on those with at least four affected members. Standard genetic filters and Endeavour algorithm for functional prioritization of genes selected likely susceptibility variants in FAT1, DCHS1 or ASTN2 genes. FAT1 and DCHS1 are adhesion transmembrane proteins interacting during brain development, while ASTN2 is involved in dendrite development. Our approach on familial forms of GGE is complementary to large-scale collaborative consortia studies of sporadic cases. Our study reinforces the hypothesis that GGE is genetically heterogeneous, even in a relatively limited geographic area, and mainly oligogenic, as supported by the low familial penetrance of GGE and by the Bayesian algorithm that we developed in a large pedigree with JME. Since populations with founder effect and endogamy are appropriate to study autosomal recessive pathologies, they would be also adapted to decipher genetic components of complex diseases, using the reported bayesian model.