XC
Xiaofeng Chen
Author with expertise in Genomic Studies and Association Analyses
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
10
(50% Open Access)
Cited by:
214
h-index:
35
/
i10-index:
120
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Intramedullary schwannoma of conus medullaris with syringomyelia: a case report and literature review

Hua Guo et al.Dec 2, 2024
Intramedullary schwannomas in the conus medullaris are very rare and are usually not associated with syringomyelia. We report a unique case of intramedullary schwannoma in the conus medullaris with long-segment syringomyelia. The patient was a 60-year-old male, initially presenting with left dorsalgia, subsequently developing weakness in the right lower extremity. As the symptoms progressed, the patient exhibited ataxia in gait, accompanied by sphincter insufficiency and voiding dysfunction. Lumbar MRI revealed the presence of two tumors at the L3 and T11-L1 levels, accompanied by syringomyelia extending from T4 to T10. During surgery, it was determined that the tumor located at the T11-L1 vertebral level was intramedullary, whereas the tumor situated at the L3 level exhibited an extramedullary intradural configuration. Pathological examination conclusively identified both the intramedullary and extramedullary tumors as schwannomas. Although intramedullary schwannomas at the conus medullaris are very rare, schwannoma remains a diagnosis that cannot be ignored when facing patients with intramedullary tumors with syringomyelia. Intramedullary schwannoma can have a good neurological prognosis after surgical treatment.
0
Paper
Citation1
0
Save
0

Phenome-wide investigation of the causal associations between childhood BMI and adult outcomes: A two-sample Mendelian randomization study

Shanshan Dong et al.Jun 2, 2020
ABSTRACT Background Compelling observational studies have reported that childhood obesity is associated with the risk of many complex diseases in adulthood. However, results from observational studies are unable to fully account for confounding factors. The causal effects of childhood obesity have not been systematically characterized. We aimed to assess the causal associations between childhood body mass index (BMI) and various adult traits/diseases using two-sample Mendelian randomization (MR). Methods and findings Over 5,000 datasets for adult outcomes were obtained from various resources. After data filtering, 269 adult traits genetically correlated with childhood BMI ( P < 0.05) were subjected to MR analyses. The number of independent outcomes was 148, setting the significant threshold as P < 3.38 × 10 −4 . Inverse-variance weighted method, MR-Egger, weighted median method, and weighted mode method were used to estimate the causal effects. We identified potential causal effects of childhood obesity on 60 adult traits (27 disease-related traits, 27 lifestyle factors, and 6 other traits). Higher childhood BMI was associated with a reduced overall health rating (β = −0.10, 95% CI: −0.13 to −0.07, P = 6.26 × 10 −11 ). Findings on diseases included some novel effects, such as the adverse effects of higher childhood BMI on cholelithiasis (OR = 1.26, 95% CI: 1.18 to 1.35, P = 3.29 × 10 −5 ). For dietary habits, we found that higher childhood BMI was positively associated adult diet portion size (β = 0.26, 95% CI: 0.18 to 0.34, P = 7.34 × 10 −11 ). Different from the conventional impression, our results showed that higher childhood BMI was positively associated with low calorie density food intake. With 76 adult BMI single-nucleotide polymorphisms (SNPs) as instruments, we confirmed that adulthood BMI was positively associated with heel bone mineral density. However, the association no longer present after excluding the SNPs existing in or in linkage disequilibrium (LD) with childhood BMI. Network MR analyses suggested that past tobacco smoking and portion size mediated 6.39% and 10.90% of the associations between childhood BMI and type 2 diabetes, respectively. The main study limitation is that it is difficult to tease out the independent effects of childhood BMI due to the strong correlation between childhood and adulthood BMI. Conclusions In summary, we provided a phenome-wide view of the effects of childhood BMI on adult traits. Our results highlight the need to intervene in childhood to reduce obesity from a young age and its later-life effects. Author summary Why was this study done? Childhood obesity is a worldwide public health problem. The prevalence has increased at an alarming rate. Observational epidemiological studies have reported that childhood obesity is associated with the risk of many complex diseases in adulthood, such as coronary artery disease (CAD) and diabetes. However, observational studies are limited in explaining causality because of possible bias from unmeasured confounding factors. What did the researchers do and find? A Mendelian randomization (MR) approach was used to provide a phenome-wide view of the causal associations between childhood BMI and adult outcomes. Potential causal effects of childhood obesity on 60 adult traits were identified. Higher childhood BMI was associated with reduced overall health rating, and caused increased risk of some diseases, such as cholelithiasis, hypothyroidism, CAD, and type 2 diabetes (T2D). In contrast, childhood BMI was positively associated with adult heel bone mineral density and low calorie density food intake. Portion size and smoking behavior might mediate the association between childhood BMI and T2D risk. What do these findings mean? Our results highlight the importance to address rising childhood obesity prevalence rate and early interventions on obesity might help to promote health equity in later life.
0
Citation1
0
Save
0

Dissecting molecular regulatory mechanisms underlying noncoding susceptibility SNPs associated with 19 autoimmune diseases using multi-omics integrative analysis

Xiaofeng Chen et al.Dec 10, 2019
The genome-wide association studies (GWAS) have identified hundreds of susceptibility loci associated with autoimmune diseases. However, over 90% of risk variants are located in the noncoding regions, leading to great challenges in deciphering the underlying causal functional variants/genes and biological mechanisms. Previous studies focused on developing new scoring method to prioritize functional/disease-relevant variants. However, they principally incorporated annotation data across all cells/tissues while omitted the cell-specific or context-specific regulation. Moreover, limited analyses were performed to dissect the detailed molecular regulatory circuits linking functional GWAS variants to disease etiology. Here we devised a new analysis frame that incorporate hundreds of immune cell-specific multi-omics data to prioritize functional noncoding susceptibility SNPs with gene targets and further dissect their downstream molecular mechanisms and clinical applications for 19 autoimmune diseases. Most prioritized SNPs have genetic associations with transcription factors (TFs) binding, histone modification or chromatin accessibility, indicating their allelic regulatory roles on target genes. Their target genes were significantly enriched in immunologically related pathways and other immunologically related functions. We also detected long-range regulation on 90.7% of target genes including 132 ones exclusively regulated by distal SNPs (eg, CD28 , IL2RA ), which involves several potential key TFs (eg, CTCF), suggesting the important roles of long-range chromatin interaction in autoimmune diseases. Moreover, we identified hundreds of known or predicted druggable genes, and predicted some new potential drug targets for several autoimmune diseases, including two genes ( NFKB1 , SH2B3 ) with known drug indications on other diseases, highlighting their potential drug repurposing opportunities. In summary, our analyses may provide unique resource for future functional follow-up and drug application on autoimmune diseases, which are freely available at http://fngwas.online/.
0

Near-infrared fluorescent probe to track Cys in plant roots under heavy metal hazards and its application in cells and zebrafish

You-Mei Lin et al.Jun 5, 2024
Heavy metals, including Hg2+, Cr6+ and Cd2+, have always been a major issue in environmental pollution, leading to abnormal changes in the levels of biologically active molecules including Cys in plants, seriously affecting all aspects of the growth and development of plants. This makes it essential to develop a simple and practical method to study the potential impact of heavy metals on plants. In this paper, our research group has developed near-infrared fluorescent probe WRM-S, which has the advantages of fast response, sensitivity to Cys, and successfully applying it to cell and zebrafish. Moreover, it combined the close relationship between heavy metal stress on plants and Cys, using Cys as the detection target, monitoring the internal environment changes of two plants under Hg2+, Cr6+, and Cd2+ stress in the environment, and then conducting 3D imaging. The results indicated that the probe has strong penetration ability in plant tissues, and revealed abnormal changes in plant Cys levels caused by heavy metal stress-induced cellular oxidative stress or cytotoxicity. Thus, the in-situ imaging detection of this probe provides a direction for the physiological dynamics research of plant environmental stress.
0

Unilateral hemilaminectomy vs. laminoplasty for the resection of spinal schwannomas: an analysis of 100 patients

Xiaofeng Chen et al.May 28, 2024
Objective Spinal schwannomas are the most common intradural extramedullary tumors, and their complete removal is recommended to avoid tumor recurrence. Although laminoplasty provides a sufficient window for tumor resection, this approach may increase tissue trauma and cause postoperative instability compared with unilateral hemilaminectomy. This study aimed to compare the efficacy and clinical outcomes of the two approaches. Materials and methods We included 100 consecutive patients who underwent unilateral hemilaminectomy or laminoplasty for resection of spinal schwannomas between January 2015 and February 2023. The patients' baseline characteristics, including sex, age, tumor location, percentage of tumor occupying the intradural space, operative time, postoperative length of hospital stay, intraoperative bleeding volume, visual analog scale score, and neurologic results, were retrospectively analyzed. Results Hemilaminectomy patients who underwent unilateral hemilaminectomy had smaller intraoperative bleeding ( p = 0.020) volume, shorter operative time ( p = 0.012), and shorter postoperative length of hospital stay ( p = 0.044). The mean VAS scores at the last follow-up were similar between the two groups ( p = 0.658). Although the postoperative McCormick and Karnofsky Performance scores were not significantly different between the laminoplasty and unilateral hemilaminectomy groups ( p = 0.687 and p = 0.649, respectively), there was a statistically significant improvement based on postoperative neurological results compared to preoperative neurological results for both groups. The incidence of postoperative complications was 5% and 11.7% in the unilateral hemilaminectomy and laminoplasty groups, respectively ( p = 0.308). Conclusions For spinal schwannoma resection, unilateral hemilaminectomy has more advantages than laminoplasty, including a shorter postoperative hospital stay, faster procedure, and less intraoperative blood loss while achieving the same desired result.
0

Latent Profile Analysis and Determinants of Marital Adjustment in Patients with Breast Cancer

Xiaofeng Chen et al.Dec 1, 2024
Objective: The aim of this study is to assess the latent profile types of marital adjustment in patients with breast cancer and to analyze the factors influencing these various profiles. Methods: Patients with breast cancer who visited the Breast Surgery Department from January to June 2023 were selected using convenience sampling. These patients were surveyed using a general data questionnaire, the Revised Dyadic Adjustment Scale (RDAS), the Interpersonal Reactivity Index-C (IRI-C), and the Emotional Regulation Self-Efficacy Scale (RESS). Latent profile analysis (LPA) was used to determine different types of marital adjustment among patients, and influencing factors for the various profiles were identified through univariate analysis and multivariate logistic regression analysis. Results: Marital adjustment in patients with breast cancer was categorized into three latent profiles: the "low marital adjustment-low cohesion group" (20.2%), the "midlevel marital adjustment group" (35.3%), and the "high marital adjustment-satisfaction group" (44.4%). The influencing factors included age, marital status, primary caregiver, type of surgical intervention, empathy, and emotional regulation self-efficacy ( P < 0.05). Conclusion: The marital adjustment levels of patients with breast cancer exhibited significant heterogeneity. Medical staff can implement targeted interventions based on the distinct characteristics of each marital adjustment profile, thereby enhancing the marital adjustment of these patients. Keywords: breast cancer, emotional regulation self-efficacy, empathy, influencing factors, latent profile analysis, marital adjustment
0

The role of empathy and emotional regulation self-efficacy in adult attachment type and marital adjustment in breast cancer patients–a moderated mediation model

Xiaofeng Chen et al.Nov 27, 2024
To date, previous research has elucidated the impact of adult attachment type on marital relationships. However, the mechanisms underpinning the relationship between attachment type and marital adjustment in breast cancer patients remain unclear. In this study, a cohort of 272 breast cancer patients was surveyed using several instruments: the General Information Questionnaire, Revised Marital Adjustment Scale (RDAS), Adult Attachment Scale (AAS), Interpersonal Reactivity Indicator Scale (IRI), and Regulated Emotional Self-Efficacy Scale (RESS). We conducted moderated mediation analyses using the SPSS macro program PROCESS plug-in. Empathy was found to mediate the association between attachment type (attachment anxiety/attachment avoidance) and marital adjustment, with indirect effects of −0.141 (95% CI [−0.260, −0.063]) and 0.157 (95% CI [0.073,0.289]), respectively. Additionally, affect regulation self-efficacy was found to mediate the subsequent impact of attachment type (attachment anxiety/attachment avoidance) on marital adjustment via empathy, with moderated effects of 0.380 (95% CI [0.236, 0.525]) and 0.374 (95% CI [0.240, 0.509]), respectively. Consequently, the presence of insecure attachment in breast cancer patients appears to influence their empathy levels, thereby negatively impacting marital adjustment. Encouragingly, enhancing emotional regulation self-efficacy in patients holds the potential to mitigate these adverse effects. These findings contribute not only to a deeper theoretical understanding but also lay a solid foundation for practical interventions aimed at enhancing marital relationships among breast cancer patients.
0
0
Save
0

An allele-specific functional SNP associated with two autoimmune diseases modulates IRF5 expression by long-range chromatin loop formation

Hlaing Thynn et al.Jan 29, 2019
Both Systemic Lupus Erythematosus (SLE) and Systemic Sclerosis (SSc) are autoimmune diseases sharing similar genetic backgrounds. Genome-wide association studies (GWASs) have constantly disclosed numerous genetic variants conferring to both disease risks at 7q32.1, but the functional mechanisms underlying them are still largely unknown. Through combining fine-mapping and functional epigenomic analyses, we prioritized a potential independent functional SNP (rs13239597) within TNPO3 promoter region, residing in a putative enhancer element. Functional analysis integrating expression quantitative trait locus (eQTL) and high-throughput chromatin interaction (Hi-C) demonstrated that IRF5 is the distal target gene (~118kb) of rs13239597, which is a key regulator of pathogenic autoantibody dysregulation increased risk of both SLE and SSc. We experimentally validated the long-range chromatin interactions between rs13239597 and IRF5 using chromosome conformation capture (3C) assay. We further demonstrated that rs13239597-A acted as an allele-specific enhancer regulating IRF5 expression, independently of TNPO3 by using dual-luciferase reporter assays and CRISPR-Cas9. Particularly, the transcription factor EVI1 could preferentially bind to rs13239597-A allele and increase the enhancer activity to regulate IRF5 expression. Taken together, our results uncovered the mechanistic insight connecting between a noncoding functional variant with a distal immunologically pathogenic gene IRF5, which might obligate in understanding the complex genetic architectures of SLE and SSc pathogenesis.