SL
Shiwei Li
Author with expertise in Computational Methods in Drug Discovery
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(75% Open Access)
Cited by:
492
h-index:
14
/
i10-index:
20
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

BlendedMVS: A Large-Scale Dataset for Generalized Multi-View Stereo Networks

Yao Yao et al.Jun 1, 2020
While deep learning has recently achieved great success on multi-view stereo (MVS), limited training data makes the trained model hard to be generalized to unseen scenarios. Compared with other computer vision tasks, it is rather difficult to collect a large-scale MVS dataset as it requires expensive active scanners and labor-intensive process to obtain ground truth 3D structures. In this paper, we introduce BlendedMVS, a novel large-scale dataset, to provide sufficient training ground truth for learning-based MVS. To create the dataset, we apply a 3D reconstruction pipeline to recover high-quality textured meshes from images of well-selected scenes. Then, we render these mesh models to color images and depth maps. To introduce the ambient lighting information during training, the rendered color images are further blended with the input images to generate the training input. Our dataset contains over 17k high-resolution images covering a variety of scenes, including cities, architectures, sculptures and small objects. Extensive experiments demonstrate that BlendedMVS endows the trained model with significantly better generalization ability compared with other MVS datasets. The dataset and pretrained models are available at https://github.com/YoYo000/BlendedMVS.
0

Conformational Space Profile Enhances Generic Molecular Representation Learning

Lin Wang et al.Jan 1, 2023
The molecular representation model is a neural network that converts molecular representations (SMILES, Graph) into feature vectors, that carries the potential to be applied across a wide scope of drug discovery scenarios. However, current molecular representation models have been limited to 2D or static 3D structures, overlooking the dynamic nature of small molecules in solution and their ability to adopt flexible conformational changes crucial for drug-target interactions. To address this limitation, we propose a novel strategy that incorporates the conformational space profile into molecular representation learning. By capturing the intricate interplay between molecular structure and conformational space, our strategy enhances the representational capacity of our model named GeminiMol. Consequently, when pre-trained on a miniaturized molecular dataset, the GeminiMol model demonstrates a balanced and superior performance not only on traditional molecular property prediction tasks but also on zero-shot learning tasks, including virtual screening and target identification. By capturing the dynamic behavior of small molecules, our strategy paves the way for rapid exploration of chemical space, facilitating the transformation of drug design paradigms.