The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID: https://thebiogrid.org) is an open access database dedicated to the curation and archival storage of protein, genetic and chemical interactions for all major model organism species and humans. As of September 2018 (build 3.4.164), BioGRID contains records for 1 598 688 biological interactions manually annotated from 55 809 publications for 71 species, as classified by an updated set of controlled vocabularies for experimental detection methods. BioGRID also houses records for >700 000 post-translational modification sites. BioGRID now captures chemical interaction data, including chemical–protein interactions for human drug targets drawn from the DrugBank database and manually curated bioactive compounds reported in the literature. A new dedicated aspect of BioGRID annotates genome-wide CRISPR/Cas9-based screens that report gene–phenotype and gene–gene relationships. An extension of the BioGRID resource called the Open Repository for CRISPR Screens (ORCS) database (https://orcs.thebiogrid.org) currently contains over 500 genome-wide screens carried out in human or mouse cell lines. All data in BioGRID is made freely available without restriction, is directly downloadable in standard formats and can be readily incorporated into existing applications via our web service platforms. BioGRID data are also freely distributed through partner model organism databases and meta-databases.

Abstract The BioGRID (Biological General Repository for Interaction Datasets, thebiogrid.org ) is an open‐access database resource that houses manually curated protein and genetic interactions from multiple species including yeast, worm, fly, mouse, and human. The ~1.93 million curated interactions in BioGRID can be used to build complex networks to facilitate biomedical discoveries, particularly as related to human health and disease. All BioGRID content is curated from primary experimental evidence in the biomedical literature, and includes both focused low‐throughput studies and large high‐throughput datasets. BioGRID also captures protein post‐translational modifications and protein or gene interactions with bioactive small molecules including many known drugs. A built‐in network visualization tool combines all annotations and allows users to generate network graphs of protein, genetic and chemical interactions. In addition to general curation across species, BioGRID undertakes themed curation projects in specific aspects of cellular regulation, for example the ubiquitin‐proteasome system, as well as specific disease areas, such as for the SARS‐CoV‐2 virus that causes COVID‐19 severe acute respiratory syndrome. A recent extension of BioGRID, named the Open Repository of CRISPR Screens (ORCS, orcs.thebiogrid.org ), captures single mutant phenotypes and genetic interactions from published high throughput genome‐wide CRISPR/Cas9‐based genetic screens. BioGRID‐ORCS contains datasets for over 1,042 CRISPR screens carried out to date in human, mouse and fly cell lines. The biomedical research community can freely access all BioGRID data through the web interface, standardized file downloads, or via model organism databases and partner meta‐databases.

The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID: http//thebiogrid.org) is an open access archive of genetic and protein interactions that are curated from the primary biomedical literature for all major model organism species. As of September 2012, BioGRID houses more than 500 000 manually annotated interactions from more than 30 model organisms. BioGRID maintains complete curation coverage of the literature for the budding yeast Saccharomyces cerevisiae, the fission yeast Schizosaccharomyces pombe and the model plant Arabidopsis thaliana. A number of themed curation projects in areas of biomedical importance are also supported. BioGRID has established collaborations and/or shares data records for the annotation of interactions and phenotypes with most major model organism databases, including Saccharomyces Genome Database, PomBase, WormBase, FlyBase and The Arabidopsis Information Resource. BioGRID also actively engages with the text-mining community to benchmark and deploy automated tools to expedite curation workflows. BioGRID data are freely accessible through both a user-defined interactive interface and in batch downloads in a wide variety of formats, including PSI-MI2.5 and tab-delimited files. BioGRID records can also be interrogated and analyzed with a series of new bioinformatics tools, which include a post-translational modification viewer, a graphical viewer, a REST service and a Cytoscape plugin.

The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID: https://thebiogrid.org) is an open access database dedicated to the annotation and archival of protein, genetic and chemical interactions for all major model organism species and humans. As of September 2016 (build 3.4.140), the BioGRID contains 1 072 173 genetic and protein interactions, and 38 559 post-translational modifications, as manually annotated from 48 114 publications. This dataset represents interaction records for 66 model organisms and represents a 30% increase compared to the previous 2015 BioGRID update. BioGRID curates the biomedical literature for major model organism species, including humans, with a recent emphasis on central biological processes and specific human diseases. To facilitate network-based approaches to drug discovery, BioGRID now incorporates 27 501 chemical–protein interactions for human drug targets, as drawn from the DrugBank database. A new dynamic interaction network viewer allows the easy navigation and filtering of all genetic and protein interaction data, as well as for bioactive compounds and their established targets. BioGRID data are directly downloadable without restriction in a variety of standardized formats and are freely distributed through partner model organism databases and meta-databases.

The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID: http://thebiogrid.org) is an open access database that houses genetic and protein interactions curated from the primary biomedical literature for all major model organism species and humans. As of September 2014, the BioGRID contains 749 912 interactions as drawn from 43 149 publications that represent 30 model organisms. This interaction count represents a 50% increase compared to our previous 2013 BioGRID update. BioGRID data are freely distributed through partner model organism databases and meta-databases and are directly downloadable in a variety of formats. In addition to general curation of the published literature for the major model species, BioGRID undertakes themed curation projects in areas of particular relevance for biomedical sciences, such as the ubiquitin-proteasome system and various human disease-associated interaction networks. BioGRID curation is coordinated through an Interaction Management System (IMS) that facilitates the compilation interaction records through structured evidence codes, phenotype ontologies, and gene annotation. The BioGRID architecture has been improved in order to support a broader range of interaction and post-translational modification types, to allow the representation of more complex multi-gene/protein interactions, to account for cellular phenotypes through structured ontologies, to expedite curation through semi-automated text-mining approaches, and to enhance curation quality control.

The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID) is a public database that archives and disseminates genetic and protein interaction data from model organisms and humans ( http://www.thebiogrid.org ). BioGRID currently holds 347 966 interactions (170 162 genetic, 177 804 protein) curated from both high-throughput data sets and individual focused studies, as derived from over 23 000 publications in the primary literature. Complete coverage of the entire literature is maintained for budding yeast ( Saccharomyces cerevisiae ), fission yeast ( Schizosaccharomyces pombe ) and thale cress ( Arabidopsis thaliana ), and efforts to expand curation across multiple metazoan species are underway. The BioGRID houses 48 831 human protein interactions that have been curated from 10 247 publications. Current curation drives are focused on particular areas of biology to enable insights into conserved networks and pathways that are relevant to human health. The BioGRID 3.0 web interface contains new search and display features that enable rapid queries across multiple data types and sources. An automated Interaction Management System (IMS) is used to prioritize, coordinate and track curation across international sites and projects. BioGRID provides interaction data to several model organism databases, resources such as Entrez-Gene and other interaction meta-databases. The entire BioGRID 3.0 data collection may be downloaded in multiple file formats, including PSI MI XML. Source code for BioGRID 3.0 is freely available without any restrictions.

The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID) database ( http://www.thebiogrid.org ) was developed to house and distribute collections of protein and genetic interactions from major model organism species. BioGRID currently contains over 198 000 interactions from six different species, as derived from both high-throughput studies and conventional focused studies. Through comprehensive curation efforts, BioGRID now includes a virtually complete set of interactions reported to date in the primary literature for both the budding yeast Saccharomyces cerevisiae and the fission yeast Schizosaccharomyces pombe . A number of new features have been added to the BioGRID including an improved user interface to display interactions based on different attributes, a mirror site and a dedicated interaction management system to coordinate curation across different locations. The BioGRID provides interaction data with monthly updates to Saccharomyces Genome Database, Flybase and Entrez Gene. Source code for the BioGRID and the linked Osprey network visualization system is now freely available without restriction.

Budding Yeast Kinome Revealed Covalent modification of proteins by phosphorylation is a primary means by which cells control the biochemical activities and functions of proteins. To better understand the full spectrum of cellular control mechanisms mediated by phosphorylation, Breitkreutz et al. (p. 1043 ; see the Perspective by Levy et al. ) used mass spectrometry to identify proteins that interacted with the complete set of protein kinases from budding yeast and with other molecules, including phosphatases, which influence phosphorylation reactions. The results reveal a network of interacting protein kinases and phosphatases, and analysis of other interacting proteins suggests previously undiscovered roles for many of these enzymes.

We have developed a software platform called Osprey for visualization and manipulation of complex interaction networks. Osprey builds data-rich graphical representations that are color-coded for gene function and experimental interaction data. Mouse-over functions allow rapid elaboration and organization of network diagrams in a spoke model format. User-defined large-scale datasets can be readily combined with Osprey for comparison of different methods.