CARD15/NOD2 encodes a protein involved in bacterial recognition by monocytes. Mutations in CARD15 have recently been found in patients with Crohn disease (CD), a chronic inflammatory condition of the digestive tract. Here, we report the mutational analyses of CARD15 in 453 patients with CD, including 166 sporadic and 287 familial cases, 159 patients with ulcerative colitis (UC), and 103 healthy control subjects. Of 67 sequence variations identified, 9 had an allele frequency >5% in patients with CD. Six of them were considered to be polymorphisms, and three (R702W, G908R, and 1007fs) were confirmed to be independently associated with susceptibility to CD. Also considered as potential disease-causing mutations (DCMs) were 27 rare additional mutations. The three main variants (R702W, G908R, and 1007fs) represented 32%, 18%, and 31%, respectively, of the total CD mutations, whereas the total of the 27 rare mutations represented 19% of DCMs. Altogether, 93% of the mutations were located in the distal third of the gene. No mutations were found to be associated with UC. In contrast, 50% of patients with CD carried at least one DCM, including 17% who had a double mutation. This observation confirmed the gene-dosage effect in CD. The patients with double-dose mutations were characterized by a younger age at onset (16.9 years vs. 19.8 years; P=.01), a more frequent stricturing phenotype (53% vs. 28%; P=.00003; odds ratio 2.92), and a less frequent colonic involvement (43% vs. 62%; P=.003; odds ratio 0.44) than were seen in those patients who had no mutation. The severity of the disease and extraintestinal manifestations were not different for any of the CARD15 genotypes. The proportion of familial and sporadic cases and the proportion of patients with smoking habits were similar in the groups of patients with CD with or without mutation. These findings provide tools for a DNA-based test of susceptibility and for genetic counseling in inflammatory bowel disease. CARD15/NOD2 encodes a protein involved in bacterial recognition by monocytes. Mutations in CARD15 have recently been found in patients with Crohn disease (CD), a chronic inflammatory condition of the digestive tract. Here, we report the mutational analyses of CARD15 in 453 patients with CD, including 166 sporadic and 287 familial cases, 159 patients with ulcerative colitis (UC), and 103 healthy control subjects. Of 67 sequence variations identified, 9 had an allele frequency >5% in patients with CD. Six of them were considered to be polymorphisms, and three (R702W, G908R, and 1007fs) were confirmed to be independently associated with susceptibility to CD. Also considered as potential disease-causing mutations (DCMs) were 27 rare additional mutations. The three main variants (R702W, G908R, and 1007fs) represented 32%, 18%, and 31%, respectively, of the total CD mutations, whereas the total of the 27 rare mutations represented 19% of DCMs. Altogether, 93% of the mutations were located in the distal third of the gene. No mutations were found to be associated with UC. In contrast, 50% of patients with CD carried at least one DCM, including 17% who had a double mutation. This observation confirmed the gene-dosage effect in CD. The patients with double-dose mutations were characterized by a younger age at onset (16.9 years vs. 19.8 years; P=.01), a more frequent stricturing phenotype (53% vs. 28%; P=.00003; odds ratio 2.92), and a less frequent colonic involvement (43% vs. 62%; P=.003; odds ratio 0.44) than were seen in those patients who had no mutation. The severity of the disease and extraintestinal manifestations were not different for any of the CARD15 genotypes. The proportion of familial and sporadic cases and the proportion of patients with smoking habits were similar in the groups of patients with CD with or without mutation. These findings provide tools for a DNA-based test of susceptibility and for genetic counseling in inflammatory bowel disease.

SUMMARY TNF-α is involved in infectious and immuno-inflammatory diseases. Different individuals may have different capacities for TNF-α production. This might determine a predisposition to develop some complications or phenotypes of these diseases. The aims of our study were to assess the inter-individual variability of TNF-α production and to correlate this variability to a single base pair polymorphism located at position −308 in TNF gene. We studied 62 healthy individuals. TNF-α production after LPS stimulation was evaluated using a whole blood cell culture model. The TNF gene polymorphism was studied by an allele-specific polymerase chain reaction. Other cytokines produced in the culture, soluble CD14 concentrations and expression of CD14 on blood cells were also measured. Among the 62 individuals, 57 were successfully genotyped. There were 41 TNF1 homozygotes and 16 TNF1/TNF2 heterozygotes. TNF-α production after LPS stimulation of whole blood cell culture was higher among TNF2 carriers than among TNF1 homozygotes (929 pg/ml (480–1473 pg/ml) versus 521 pg/ml (178–1307 pg/ml); P < 0.05). This difference was even more significant after correction of TNF-α production for CD14 expression on blood cells. In conclusion, the single base pair polymorphism at position −308 in the TNF gene may influence TNF-α production in healthy individuals.

To identify novel susceptibility loci for Crohn disease (CD), we undertook a genome-wide association study with more than 300,000 SNPs characterized in 547 patients and 928 controls. We found three chromosome regions that provided evidence of disease association with p-values between 10(-6) and 10(-9). Two of these (IL23R on Chromosome 1 and CARD15 on Chromosome 16) correspond to genes previously reported to be associated with CD. In addition, a 250-kb region of Chromosome 5p13.1 was found to contain multiple markers with strongly suggestive evidence of disease association (including four markers with p < 10(-7)). We replicated the results for 5p13.1 by studying 1,266 additional CD patients, 559 additional controls, and 428 trios. Significant evidence of association (p < 4 x 10(-4)) was found in case/control comparisons with the replication data, while associated alleles were over-transmitted to affected offspring (p < 0.05), thus confirming that the 5p13.1 locus contributes to CD susceptibility. The CD-associated 250-kb region was saturated with 111 SNP markers. Haplotype analysis supports a complex locus architecture with multiple variants contributing to disease susceptibility. The novel 5p13.1 CD locus is contained within a 1.25-Mb gene desert. We present evidence that disease-associated alleles correlate with quantitative expression levels of the prostaglandin receptor EP4, PTGER4, the gene that resides closest to the associated region. Our results identify a major new susceptibility locus for CD, and suggest that genetic variants associated with disease risk at this locus could modulate cis-acting regulatory elements of PTGER4.

We used a candidate gene approach to identify a set of SNPs, located in a predicted regulatory region on chromosome 1q44 downstream of NLRP3 (previously known as CIAS1 and NALP3) that are associated with Crohn's disease. The associations were consistently replicated in four sample sets from individuals of European descent. In the combined analysis of all samples (710 father-mother-child trios, 239 cases and 107 controls), these SNPs were strongly associated with risk of Crohn's disease (P(combined) = 3.49 x 10(-9), odds ratio = 1.78, confidence interval = 1.47-2.16 for rs10733113), reaching a level consistent with the stringent significance thresholds imposed by whole-genome association studies. In addition, we observed significant associations between SNPs in the associated regions and NLRP3 expression and IL-1beta production. Mutations in NLRP3 are known to be responsible for three rare autoinflammatory disorders. These results suggest that the NLRP3 region is also implicated in the susceptibility of more common inflammatory diseases such as Crohn's disease.

The relationships between clinical activity, endoscopic severity, and biological parameters in Crohn's disease have not been thoroughly investigated and a link was therefore sought between these three elements. The following parameters were determined simultaneously in 121 consecutive patients with colonic or ileocolonic Crohn's disease: Crohn's disease activity index, Crohn's disease endoscopic index of severity, and serum albumin, alpha 2-globulin, alpha 1-antitrypsin, orosomucoid, C reactive protein, erythrocyte sedimentation rate, platelets, lymphocyte and polymorphonuclear cell counts, haematocrit, and faecal alpha 1-antitrypsin concentration. The distribution of these parameters was studied and transformation was used so that data matched the normal distribution closely. A weak but significant correlation (r = 0.32; p < 0.001) was found between clinical and endoscopic indices in the whole group of patients and this correlation seemed to be homogenous in various patient subgroups (clinically quiescent or active disease, pure colonic disease, untreated patients). Endoscopic or clinical indices were also found to be weakly linked with biological parameters (r < 0.50). Stepwise linear regression identified C reactive protein as predictive of the clinical index, and, successively, alpha 2-globulin, erythrocyte sedimentation rate, faecal alpha 1-antitrypsin, serum orosomucoid, and alpha 1-antitrypsin as predictive of the endoscopic index. Both predictions were poor--the biological variables accounting for only 22 and 44% respectively of the clinical and endoscopic index variations. In conclusion, Crohn's disease clinical activity seems to be virtually independent of the severity of the mucosal lesions and biological activity.

Objective. A model based on clinical characteristics at diagnosis and predicting the early development of disabling Crohn's disease (CD) has recently been proposed in order to target patients for early intervention. The objectives of this study were to confirm the predictive factors established in a previous study and to establish the predictive factors for the development of severe disease characterized by the development of clinically significant non-reversible damage. Material and methods. Our retrospective study comprised a total of 361 patients with CD from our clinical database with a follow-up of longer than 5 years. Clinical, demographic and biological factors associated with the development of disabling disease (according to predefined criteria) within 5 years after the diagnosis of CD and with the time to development of severe disease (according to predefined criteria) were successively studied by univariate and multivariate analyses. Results. The rate of disabling CD within 5 years after diagnosis was 57.9%. Perianal lesions, the need for steroids to treat the first flare and ileo-colonic location, but not age below 40 years were confirmed as predictive markers. The rate of severe disease was 37.4%. Stricturing behaviour (HR: 2.11 (95% CI: 1.39–3.20)) and loss of weight (>5kg) (HR: 1.67 (95% CI: 1.14–2.45)) at diagnosis were independently associated with the time to development of severe disease. The predictive performances of the models generated were low. Conclusions. Disabling and severe CD developed in roughly one-third and two-thirds of our patients, respectively. Some clinical predictive markers could be found or even confirmed but their performances were low.