Xylella fastidiosa is a fastidious, xylem-limited bacterium that causes a range of economically important plant diseases. Here we report the complete genome sequence of X. fastidiosa clone 9a5c, which causes citrus variegated chlorosis—a serious disease of orange trees. The genome comprises a 52.7% GC-rich 2,679,305-base-pair (bp) circular chromosome and two plasmids of 51,158 bp and 1,285 bp. We can assign putative functions to 47% of the 2,904 predicted coding regions. Efficient metabolic functions are predicted, with sugars as the principal energy and carbon source, supporting existence in the nutrient-poor xylem sap. The mechanisms associated with pathogenicity and virulence involve toxins, antibiotics and ion sequestration systems, as well as bacterium–bacterium and bacterium–host interactions mediated by a range of proteins. Orthologues of some of these proteins have only been identified in animal and human pathogens; their presence in X. fastidiosa indicates that the molecular basis for bacterial pathogenicity is both conserved and independent of host. At least 83 genes are bacteriophage-derived and include virulence-associated genes from other bacteria, providing direct evidence of phage-mediated horizontal gene transfer.

ABSTRACT Leptospira species colonize a significant proportion of rodent populations worldwide and produce life-threatening infections in accidental hosts, including humans. Complete genome sequencing of Leptospira interrogans serovar Copenhageni and comparative analysis with the available Leptospira interrogans serovar Lai genome reveal that despite overall genetic similarity there are significant structural differences, including a large chromosomal inversion and extensive variation in the number and distribution of insertion sequence elements. Genome sequence analysis elucidates many of the novel aspects of leptospiral physiology relating to energy metabolism, oxygen tolerance, two-component signal transduction systems, and mechanisms of pathogenesis. A broad array of transcriptional regulation proteins and two new families of afimbrial adhesins which contribute to host tissue colonization in the early steps of infection were identified. Differences in genes involved in the biosynthesis of lipopolysaccharide O side chains between the Copenhageni and Lai serovars were identified, offering an important starting point for the elucidation of the organism's complex polysaccharide surface antigens. Differences in adhesins and in lipopolysaccharide might be associated with the adaptation of serovars Copenhageni and Lai to different animal hosts. Hundreds of genes encoding surface-exposed lipoproteins and transmembrane outer membrane proteins were identified as candidates for development of vaccines for the prevention of leptospirosis.

Summary Fruit ripening in tomato ( S olanum lycopersicum L .) is well understood at the molecular level. However, information regarding genetic pathways associated with tomato ovary and early fruit development is still lacking. Here, we investigate the possible role(s) of the micro RNA 156/ SQUAMOSA promoter‐binding protein‐like ( SPL or SBP box) module (mi R 156 node) in tomato ovary development. mi R 156‐targeted S . lycopersicum SBP genes were dynamically expressed in developing flowers and ovaries, and mi R 156 was mainly expressed in meristematic tissues of the ovary, including placenta and ovules. Transgenic tomato cv. M icro‐ T om plants over‐expressing the At MIR 156b precursor exhibited abnormal flower and fruit morphology, with fruits characterized by growth of extra carpels and ectopic structures. Scanning electron microscopy and histological analyses showed the presence of meristem‐like structures inside the ovaries, which are probably responsible for the ectopic organs. Interestingly, expression of genes associated with meristem maintenance and formation of new organs, such as L e T 6 / TKN 2 (a KNOX ‐like class I gene) and GOBLET (a NAM / CUC ‐like gene), was induced in developing ovaries of transgenic plants as well as in the ovaries of the natural mutant Mouse ear ( M e ), which also displays fruits with extra carpels. Conversely, expression of the MADS box genes MACROCALYX ( MC ) and FUL 1 / TDR 4 , and the LEAFY ortholog FALSIFLORA , was repressed in the developing ovaries of miR156 over‐expressors, suggesting similarities with Arabidopsis at this point of the mi R 156/ SPL pathway but with distinct functional consequences in reproductive development. Altogether, these observations suggest that the mi R 156 node is involved in maintenance of the meristematic state of ovary tissues, thereby controlling initial steps of fleshy fruit development and determinacy.