The genomic sequences of severe acute respiratory syndrome coronaviruses from human and palm civet of the 2003/2004 outbreak in the city of Guangzhou, China, were nearly identical. Phylogenetic analysis suggested an independent viral invasion from animal to human in this new episode. Combining all existing data but excluding singletons, we identified 202 single-nucleotide variations. Among them, 17 are polymorphic in palm civets only. The ratio of nonsynonymous/synonymous nucleotide substitution in palm civets collected 1 yr apart from different geographic locations is very high, suggesting a rapid evolving process of viral proteins in civet as well, much like their adaptation in the human host in the early 2002–2003 epidemic. Major genetic variations in some critical genes, particularly the Spike gene, seemed essential for the transition from animal-to-human transmission to human-to-human transmission, which eventually caused the first severe acute respiratory syndrome outbreak of 2002/2003.

The first identified cases of avian influenza A(H7N9) virus infection in humans occurred in China during February and March 2013. We analyzed data obtained from field investigations to describe the epidemiologic characteristics of H7N9 cases in China identified as of December 1, 2013.

BackgroundThe novel influenza A H7N9 virus emerged recently in mainland China, whereas the influenza A H5N1 virus has infected people in China since 2003. Both infections are thought to be mainly zoonotic. We aimed to compare the epidemiological characteristics of the complete series of laboratory-confirmed cases of both viruses in mainland China so far.MethodsAn integrated database was constructed with information about demographic, epidemiological, and clinical variables of laboratory-confirmed cases of H7N9 (130 patients) and H5N1 (43 patients) that were reported to the Chinese Centre for Disease Control and Prevention until May 24, 2013. We described disease occurrence by age, sex, and geography, and estimated key epidemiological variables. We used survival analysis techniques to estimate the following distributions: infection to onset, onset to admission, onset to laboratory confirmation, admission to death, and admission to discharge.FindingsThe median age of the 130 individuals with confirmed infection with H7N9 was 62 years and of the 43 with H5N1 was 26 years. In urban areas, 74% of cases of both viruses were in men, whereas in rural areas the proportions of the viruses in men were 62% for H7N9 and 33% for H5N1. 75% of patients infected with H7N9 and 71% of those with H5N1 reported recent exposure to poultry. The mean incubation period of H7N9 was 3·1 days and of H5N1 was 3·3 days. On average, 21 contacts were traced for each case of H7N9 in urban areas and 18 in rural areas, compared with 90 and 63 for H5N1. The fatality risk on admission to hospital was 36% (95% CI 26–45) for H7N9 and 70% (56–83%) for H5N1.InterpretationThe sex ratios in urban compared with rural cases are consistent with exposure to poultry driving the risk of infection—a higher risk in men was only recorded in urban areas but not in rural areas, and the increased risk for men was of a similar magnitude for H7N9 and H5N1. However, the difference in susceptibility to serious illness with the two different viruses remains unexplained, since most cases of H7N9 were in older adults whereas most cases of H5N1 were in younger people. A limitation of our study is that we compared laboratory-confirmed cases of H7N9 and H5N1 infection, and some infections might not have been ascertained.FundingMinistry of Science and Technology, China; Research Fund for the Control of Infectious Disease and University Grants Committee, Hong Kong Special Administrative Region, China; and the US National Institutes of Health.

Endemic hepatitis B virus (HBV) infection is a serious health problem in China. Hepatitis B vaccination of infants was introduced in 1992 and was progressively expanded during the subsequent 15 years.We conducted a national serosurvey, with participants selected by multiple-stage random sampling. Demographic characteristics and hepatitis B vaccination history were collected by a questionnaire and a review of vaccination records, and serum specimens were tested for hepatitis B surface antigen, antibody to hepatitis B core antigen, and hepatitis B surface antibody by enzyme-linked immunosorbent assay.Hepatitis B vaccine coverage (3 doses) increased from 30.0% for children born in 1992 to 93.4% for children born in 2005. Receipt of a timely birth dose increased from 22.2% to 82.6% for children born during this interval. Multivariate analysis showed that older age, western and rural residence, birth at home, and certain ethnicities were risk factors for under vaccination with both full vaccine series and timely birth dose. The prevalence of hepatitis B surface antigen was reduced to 2.1% among all children and 1.0% among children born after 1999. The efficacy of hepatitis B vaccination with a timely birth dose was 88.3%.Hepatitis B vaccine has been successfully integrated into routine infant immunization in China, now reaching most infants within 24 h after birth, and the prevalence of hepatitis B surface antigen has been greatly reduced among children born after 1992.