Aicardi-Goutieres syndrome is a genetically determined encephalopathy that is associated with an increased production of interferon alpha, which in turn is central to the pathogenesis of systemic lupus erythematosus. Yanick Crow and colleagues now identify homozygous mutations in an interferon-inducible nuclear gene encoding SAMHD1 in AGS-affected individuals across several pedigrees and characterize its function in modulating an innate immune response. Aicardi-Goutières syndrome is a mendelian mimic of congenital infection and also shows overlap with systemic lupus erythematosus at both a clinical and biochemical level. The recent identification of mutations in TREX1 and genes encoding the RNASEH2 complex and studies of the function of TREX1 in DNA metabolism have defined a previously unknown mechanism for the initiation of autoimmunity by interferon-stimulatory nucleic acid. Here we describe mutations in SAMHD1 as the cause of AGS at the AGS5 locus and present data to show that SAMHD1 may act as a negative regulator of the cell-intrinsic antiviral response.