Autism spectrum disorder (ASD) is a neurodevelopmental disorder (NDD) that affects approximately 4% of males and 1% of females in the United States. While causes of ASD are multi-factorial, single rare genetic variants contribute to around 20% of cases. Here, we report a case series of seven unrelated probands (6 males, 1 female) with ASD or another variable NDD phenotype attributed to de novo heterozygous loss of function or missense variants in the gene LARP1 (La ribonucleoprotein 1). LARP1 encodes an RNA-binding protein that post-transcriptionally regulates the stability and translation of thousands of mRNAs, including those regulating cellular metabolism and metabolic plasticity. Using lymphocytes collected and immortalized from an index proband who carries a truncating variant in one allele of LARP1, we demonstrated that lower cellular levels of LARP1 protein cause reduced rates of aerobic respiration and glycolysis. As expression of LARP1 increases during neurodevelopment, with higher levels in neurons and astrocytes, we propose that LARP1 haploinsufficiency contributes to ASD or related NDDs through attenuated metabolic activity in the developing fetal brain.

Objective Monoallelic variants in the transient receptor potential melastatin‐related type 3 gene ( TRPM3 ) have been associated with neurodevelopmental manifestations, but knowledge on the clinical manifestations and treatment options is limited. We characterized the clinical spectrum, highlighting particularly the epilepsy phenotype, and the effect of treatments. Methods We analyzed retrospectively the phenotypes and genotypes of 43 individuals with TRPM3 variants, acquired from GeneMatcher and collaborations (n = 21), and through a systematic literature search (n = 22). We included all patients with a pathogenic TRPM3 variant. Results The median age at the time of the study was 10 years, with a preponderance of girls (60%) versus boys (40%). Frequent findings were developmental delay and/or intellectual disability (93%), global or axial hypotonia (77%), ocular involvement (70%), musculoskeletal anomalies (65%), and dysmorphic features (58%). Epilepsy was diagnosed in 31 patients (72%), classified in all as developmental and epileptic encephalopathy with or without spike wave activation in sleep (DEE/DEE‐SWAS). Patients with the variant p.Val1002Met (n = 24) significantly more often had developmental delay and epilepsy. The most effective anti‐seizure medication was primidone. All treated patients showed an improvement in seizure frequency, motor and speech development, and/or learning capability with this drug. Interpretation Developmental delay/intellectual disability and epilepsy are dominant phenotypic features in patients with TRPM3 variants. Given that epilepsy can negatively impact development, screening for awake and sleep electroencephalogram abnormalities and other manifestations are essential to offer early intervention. The TRPM3 channel blocker primidone has shown promising effects and should be considered in every child with a TRPM3 gain‐of‐function variant. ANN NEUROL 2025

BCL11B is a Cys2-His2 zinc-finger (C2H2-ZnF) domain-containing, DNA-binding, transcription factor with established roles in the development of various organs and tissues, primarily the immune and nervous systems. BCL11B germline variants have been associated with a variety of developmental syndromes. However, genotype-phenotype correlations along with pathophysiologic mechanisms of selected variants mostly remain elusive. To dissect these, we performed genotype-phenotype correlations of 92 affected individuals harboring a pathogenic or likely pathogenic BCL11B variant, followed by immune phenotyping, analysis of chromatin immunoprecipitation DNA-sequencing data, dual-luciferase reporter assays, and molecular modeling. These integrative analyses enabled us to define three clinical subtypes of BCL11B-related disorders. It is likely that gene-disruptive BCL11B variants and missense variants affecting zinc-binding cysteine and histidine residues cause mild to moderate neurodevelopmental delay with increased propensity for behavioral and dental anomalies, allergies and asthma, and reduced type 2 innate lymphoid cells. Missense variants within C2H2-ZnF DNA-contacting α helices cause highly variable clinical presentations ranging from multisystem anomalies with demise in the first years of life to late-onset, hyperkinetic movement disorder with poor fine motor skills. Those not in direct DNA contact cause a milder phenotype through reduced, target-specific transcriptional activity. However, missense variants affecting C2H2-ZnFs, DNA binding, and "specificity residues" impair BCL11B transcriptional activity in a target-specific, dominant-negative manner along with aberrant regulation of alternative DNA targets, resulting in more severe and unpredictable clinical outcomes. Taken together, we suggest that the phenotypic severity and variability is largely dependent on the DNA-binding affinity and specificity of altered BCL11B proteins.