DF
Denis Franchimont
Author with expertise in Genetics and Treatment of Inflammatory Bowel Disease
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
12
(83% Open Access)
Cited by:
5,483
h-index:
57
/
i10-index:
104
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Deficient host-bacteria interactions in inflammatory bowel disease? The toll-like receptor (TLR)-4 Asp299gly polymorphism is associated with Crohn's disease and ulcerative colitis

Denis FranchimontJun 12, 2004
Background and aims: Elicitation of an innate immune response to bacterial products is mediated through pattern recognition receptors (PRRs) such as the toll-like receptors (TLRs) and the NODs. The recently characterised Asp299Gly polymorphism in the lipopolysaccharide (LPS) receptor TLR4 is associated with impaired LPS signalling and increased susceptibility to Gram negative infections. We sought to determine whether this polymorphism was associated with Crohn’s disease (CD) and/or ulcerative colitis (UC). Methods: Allele frequencies of the TLR4 Asp299Gly polymorphism and the three NOD2/CARD15 polymorphisms (Arg702Trp, Gly908Arg, and Leu1007fsinsC) were assessed in two independent cohorts of CD patients (cohort 1, n = 334; cohort 2, n = 114), in 163 UC patients, and in 140 controls. A transmission disequilibrium test (TDT) was then performed on 318 inflammatory bowel disease (IBD) trios. Results: The allele frequency of the TLR4 Asp299Gly polymorphism was significantly higher in CD (cohort 1: 11% v 5%, odds ratio (OR) 2.31 (95% confidence interval (CI) 1.28–4.17), p = 0.004; and cohort 2: 12% v 5%, OR 2.45 (95% CI 1.24–4.81), p = 0.007) and UC patients (10% v 5%, OR 2.05 (95% CI 1.07–3.93), p = 0.027) compared with the control population. A TDT on 318 IBD trios demonstrated preferential transmission of the TLR4 Asp299Gly polymorphism from heterozygous parents to affected children (T/U: 68/34, p = 0.01). Carrying polymorphisms in both TLR4 and NOD2 was associated with a genotype relative risk (RR) of 4.7 compared with a RR of 2.6 and 2.5 for TLR4 and NOD2 variants separately. Conclusion: We have reported on a novel association of the TLR4 Asp299Gly polymorphism with both CD and UC. This finding further supports the genetic influence of PRRs in triggering IBD.
0
Citation592
0
Save
0

Tumour necrosis factor (TNF) gene polymorphism influences TNF-α production in lipopolysaccharide (LPS)-stimulated whole blood cell culture in healthy humans

Édouard Louis et al.Sep 1, 1998
SUMMARY TNF-α is involved in infectious and immuno-inflammatory diseases. Different individuals may have different capacities for TNF-α production. This might determine a predisposition to develop some complications or phenotypes of these diseases. The aims of our study were to assess the inter-individual variability of TNF-α production and to correlate this variability to a single base pair polymorphism located at position −308 in TNF gene. We studied 62 healthy individuals. TNF-α production after LPS stimulation was evaluated using a whole blood cell culture model. The TNF gene polymorphism was studied by an allele-specific polymerase chain reaction. Other cytokines produced in the culture, soluble CD14 concentrations and expression of CD14 on blood cells were also measured. Among the 62 individuals, 57 were successfully genotyped. There were 41 TNF1 homozygotes and 16 TNF1/TNF2 heterozygotes. TNF-α production after LPS stimulation of whole blood cell culture was higher among TNF2 carriers than among TNF1 homozygotes (929 pg/ml (480–1473 pg/ml) versus 521 pg/ml (178–1307 pg/ml); P &lt; 0.05). This difference was even more significant after correction of TNF-α production for CD14 expression on blood cells. In conclusion, the single base pair polymorphism at position −308 in the TNF gene may influence TNF-α production in healthy individuals.
0
Citation578
0
Save
0

Gene profiling reveals unknown enhancing and suppressive actions of glucocorticoids on immune cells

Jérôme Galon et al.Jan 1, 2002
Glucocorticoids continue to be the major immunomodulatory agents used in clinical medicine today. However, their actions as anti-inflammatory and immunosuppressive drugs are both beneficial and deleterious. We analyzed the effect of glucocorticoids on the gene expression profile of peripheral blood mononuclear cells from healthy donors. DNA microarray analysis combined with quantitative TaqMan PCR and flow cytometry revealed that glucocorticoids induced the expression of chemokine, cytokine, and complement family members as well as of newly discovered innate immune-related genes, including scavenger and Toll-like receptors. In contrast, glucocorticoids repressed the expression of adaptive immune-related genes. Simultaneous inhibitory and stimulatory effects of glucocorticoids were found on inflammatory T helper subsets and apoptosis-related gene clusters. In cells activated by T cell receptor cross-linking, glucocorticoids down-regulated the expression of specific genes that were previously up-regulated in resting cells, suggesting a potential new mechanism by which they exert positive and negative effects. Considering the broad and continuously renewed interest in glucocorticoid therapy, the profiles we describe here will be useful in designing more specific and efficient treatment strategies.
0
Citation572
0
Save
0

Novel Crohn Disease Locus Identified by Genome-Wide Association Maps to a Gene Desert on 5p13.1 and Modulates Expression of PTGER4

Cécile Libioulle et al.Apr 17, 2007
To identify novel susceptibility loci for Crohn disease (CD), we undertook a genome-wide association study with more than 300,000 SNPs characterized in 547 patients and 928 controls. We found three chromosome regions that provided evidence of disease association with p-values between 10(-6) and 10(-9). Two of these (IL23R on Chromosome 1 and CARD15 on Chromosome 16) correspond to genes previously reported to be associated with CD. In addition, a 250-kb region of Chromosome 5p13.1 was found to contain multiple markers with strongly suggestive evidence of disease association (including four markers with p < 10(-7)). We replicated the results for 5p13.1 by studying 1,266 additional CD patients, 559 additional controls, and 428 trios. Significant evidence of association (p < 4 x 10(-4)) was found in case/control comparisons with the replication data, while associated alleles were over-transmitted to affected offspring (p < 0.05), thus confirming that the 5p13.1 locus contributes to CD susceptibility. The CD-associated 250-kb region was saturated with 111 SNP markers. Haplotype analysis supports a complex locus architecture with multiple variants contributing to disease susceptibility. The novel 5p13.1 CD locus is contained within a 1.25-Mb gene desert. We present evidence that disease-associated alleles correlate with quantitative expression levels of the prostaglandin receptor EP4, PTGER4, the gene that resides closest to the associated region. Our results identify a major new susceptibility locus for CD, and suggest that genetic variants associated with disease risk at this locus could modulate cis-acting regulatory elements of PTGER4.
0
Citation561
0
Save
0

Ciclosporin versus infliximab in patients with severe ulcerative colitis refractory to intravenous steroids: a parallel, open-label randomised controlled trial

David Laharie et al.Oct 25, 2012
Background Ciclosporin and infliximab are potential rescue treatments to avoid colectomy in patients with acute severe ulcerative colitis refractory to intravenous corticosteroids. We compared the efficacy and safety of these drugs for this indication. Methods In this parallel, open-label, randomised controlled trial, patients were aged at least 18 years, had an acute severe flare of ulcerative colitis defined by a Lichtiger score greater than 10 points, and had been given an unsuccessful course of high-dose intravenous steroids. None of the patients had previously received ciclosporin or infliximab. Between June 1, 2007, and Aug 31, 2010, patients at 27 European centres were randomly assigned (via computer-derived permutation tables; 1:1) to receive either intravenous ciclosporin (2 mg/kg per day for 1 week, followed by oral drug until day 98) or infliximab (5 mg/kg on days 0, 14, and 42). In both groups, azathioprine was started at day 7 in patients with a clinical response. Neither patients nor investigators were masked to study treatment. The primary efficacy outcome was treatment failure defined by absence of a clinical response at day 7, a relapse between day 7 and day 98, absence of steroid-free remission at day 98, a severe adverse event leading to treatment interruption, colectomy, or death. Analysis was by intention to treat. This trial is registered with EudraCT (2006-005299-42) and ClinicalTrials.gov (NCT00542152). Findings 115 patients were randomly assigned; 58 patients were allocated to receive ciclosporin and 57 to receive infliximab. Treatment failure occurred in 35 (60%) patients given ciclosporin and 31 (54%) given infliximab (absolute risk difference 6%; 95% CI −7 to 19; p=0·52). Nine (16%) patients in the ciclosporin group and 14 (25%) in the infliximab group had severe adverse events. Interpretation Ciclosporin was not more effective than infliximab in patients with acute severe ulcerative colitis refractory to intravenous steroids. In clinical practice, treatment choice should be guided by physician and centre experience. Funding Association François Aupetit, Société Nationale Française de Gastroentérologie, and the International Organization for the study of Inflammatory Bowel Disease.
0
Citation549
0
Save
0

Stratification of Pancreatic Ductal Adenocarcinomas Based on Tumor and Microenvironment Features

Francesco Puleo et al.Aug 27, 2018
Background & AimsGenomic studies have revealed subtypes of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDA) based on their molecular features, but different studies have reported different classification systems. It is a challenge to obtain high-quality, freshly frozen tissue for clinical analysis and determination of PDA subtypes. We aimed to redefine subtypes of PDA using a large number of formalin-fixed and paraffin-embedded PDA samples, which are more amenable to routine clinical evaluation.MethodsWe collected PDA samples from 309 consecutive patients who underwent surgery from September 1996 through December 2010 at 4 academic hospitals in Europe; nontumor tissue samples were not included. Samples were formalin fixed and paraffin embedded. DNA and RNA were isolated; gene expression, targeted DNA sequencing, and immunohistochemical analyses were performed. We used independent component analysis to deconvolute normal, tumor, and microenvironment transcriptome patterns in samples. We devised classification systems from an unsupervised analysis using a consensus clustering approach of our data set after removing normal contamination components. We associated subtypes with overall survival and disease-free survival of patients using Cox proportional hazards regression with estimation of hazard ratios and 95% confidence interval. We used The Cancer Genome Consortium and International Cancer Genome Consortium PDA data sets as validation cohorts.ResultsWe validated the previously reported basal-like and classical tumor-specific subtypes of PDAs. We identified features of the PDA, including microenvironment gene expression patterns, that allowed tumors to be categorized into 5 subtypes, called pure basal like, stroma activated, desmoplastic, pure classical, and immune classical. These PDA subtypes have features of cancer cells and immune cells that could be targeted by pharmacologic agents. Tumor subtypes were associated with patient outcomes, based on analysis of our data set and the International Cancer Genome Consortium and The Cancer Genome Consortium PDA data sets. We also observed an exocrine signal associated with acinar cell contamination (from pancreatic tissue).ConclusionsWe identified a classification system based on gene expression analysis of formalin-fixed PDA samples. We identified 5 PDA subtypes, based on features of cancer cells and the tumor microenvironment. This system might be used to select therapies and predict patient outcomes. We found evidence that the previously reported exocrine-like (called ADEX) tumor subtype resulted from contamination with pancreatic acinar cells.ArrayExpress accession number: E-MTAB-6134. Genomic studies have revealed subtypes of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDA) based on their molecular features, but different studies have reported different classification systems. It is a challenge to obtain high-quality, freshly frozen tissue for clinical analysis and determination of PDA subtypes. We aimed to redefine subtypes of PDA using a large number of formalin-fixed and paraffin-embedded PDA samples, which are more amenable to routine clinical evaluation. We collected PDA samples from 309 consecutive patients who underwent surgery from September 1996 through December 2010 at 4 academic hospitals in Europe; nontumor tissue samples were not included. Samples were formalin fixed and paraffin embedded. DNA and RNA were isolated; gene expression, targeted DNA sequencing, and immunohistochemical analyses were performed. We used independent component analysis to deconvolute normal, tumor, and microenvironment transcriptome patterns in samples. We devised classification systems from an unsupervised analysis using a consensus clustering approach of our data set after removing normal contamination components. We associated subtypes with overall survival and disease-free survival of patients using Cox proportional hazards regression with estimation of hazard ratios and 95% confidence interval. We used The Cancer Genome Consortium and International Cancer Genome Consortium PDA data sets as validation cohorts. We validated the previously reported basal-like and classical tumor-specific subtypes of PDAs. We identified features of the PDA, including microenvironment gene expression patterns, that allowed tumors to be categorized into 5 subtypes, called pure basal like, stroma activated, desmoplastic, pure classical, and immune classical. These PDA subtypes have features of cancer cells and immune cells that could be targeted by pharmacologic agents. Tumor subtypes were associated with patient outcomes, based on analysis of our data set and the International Cancer Genome Consortium and The Cancer Genome Consortium PDA data sets. We also observed an exocrine signal associated with acinar cell contamination (from pancreatic tissue). We identified a classification system based on gene expression analysis of formalin-fixed PDA samples. We identified 5 PDA subtypes, based on features of cancer cells and the tumor microenvironment. This system might be used to select therapies and predict patient outcomes. We found evidence that the previously reported exocrine-like (called ADEX) tumor subtype resulted from contamination with pancreatic acinar cells.
0
Citation401
0
Save
0

Induction therapy with the selective interleukin-23 inhibitor risankizumab in patients with moderate-to-severe Crohn's disease: a randomised, double-blind, placebo-controlled phase 2 study

Brian Feagan et al.Apr 1, 2017
Background The interleukin-23 pathway is implicated genetically and biologically in the pathogenesis of Crohn's disease. We aimed to assess the efficacy and safety of risankizumab (BI 655066, Boehringer Ingelheim, Ingelheim, Germany), a humanised monoclonal antibody targeting the p19 subunit of interleukin-23, in patients with moderately-to-severely active Crohn's disease. Methods In this randomised, double-blind, placebo-controlled phase 2 study, we enrolled patients at 36 referral sites in North America, Europe, and southeast Asia. Eligible patients were aged 18–75 years, with a diagnosis of Crohn's disease for at least 3 months, assessed as moderate-to-severe Crohn's disease at screening, defined as a Crohn's Disease Activity Index (CDAI) of 220–450, with mucosal ulcers in the ileum or colon, or both, and a Crohn's Disease Endoscopic Index of Severity (CDEIS) of at least 7 (≥4 for patients with isolated ileitis) on ileocolonoscopy scored by a masked central reader. Patients were randomised 1:1:1 using an interactive response system to a double-blind investigational product, and stratified by previous exposure to TNF antagonists (yes vs no). Patients received intravenous 200 mg risankizumab, 600 mg risankizumab, or placebo, at weeks 0, 4, and 8. The primary outcome was clinical remission (CDAI <150) at week 12 (intention-to-treat population). Safety was assessed in patients who received at least one dose of study drug. This study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT02031276. Findings Between March, 2014, and September, 2015, 213 patients were screened, and 121 patients randomised. At baseline, 113 patients (93%) had been previously treated with at least one tumour necrosis factor (TNF) antagonist (which had failed in 96 [79%]). At week 12, 25 (31%) of 82 risankizumab patients (pooled 41 patients in 200 mg and 41 patients in 600 mg arms) had clinical remission versus six (15%) of 39 placebo patients (difference vs placebo 15·0%, 95% CI 0·1 to 30·1; p=0·0489). Ten (24%) of 41 patients who received 200 mg risankizumab had clinical remission (9·0%, −8·3 to 26·2; p=0·31) and 15 (37%) of 41 who received the 600 mg dose (20·9%, 2·6 to 39·2; p=0·0252). 95 (79%) patients had adverse events (32 in the placebo group, 32 randomised to 200 mg risankizumab, 31 randomised to 600 mg risankizumab); 18 had severe adverse events (nine, six, three); 12 discontinued (six, five, one); 24 had serious adverse events (12, nine, three). The most common adverse event was nausea and most common serious adverse event was worsening of underlying Crohn's disease. No deaths occurred. Interpretation In this short-term study, risankizumab was more effective than placebo for inducing clinical remission in patients with active Crohn's disease. Therefore, selective blockade of interleukin-23 via inhibition of p19 might be a viable therapeutic approach in Crohn's disease. Funding Boehringer Ingelheim.
0
Citation384
0
Save
0

Results from the 2nd Scientific Workshop of the ECCO (I): Impact of mucosal healing on the course of inflammatory bowel disease

Laurent Peyrin–Biroulet et al.Aug 6, 2011
Over the past years, mucosal healing has emerged as a major therapeutic goal in clinical trials in inflammatory bowel diseases. Accumulating evidence indicates that mucosal healing may change the natural course of the disease by decreasing the need for surgery and reducing hospitalization rates in both ulcerative colitis and Crohn's disease. Mucosal healing may also prevent the development of long-term disease complications, such as bowel damage in Crohn's disease and colorectal cancer in ulcerative colitis. Histologic healing may be the ultimate therapeutic goal in ulcerative colitis, whereas its impact on the course of Crohn's disease is unknown. Complete mucosal healing may be required before considering drug withdrawal. Targeting early Crohn's disease is more effective than approaches aimed at healing mucosa in longstanding disease. Several questions remain to be answered: should mucosal healing be systematically used in clinical practice? Should we optimize therapies to achieve mucosal healing? What is the degree of intestinal healing that is required to change the disease course? Large prospective studies addressing these issues are needed.
0
Citation333
0
Save
Load More