Cases of rotavirus-associated acute gastroenteritis have declined since the introduction of rotavirus vaccines, but the burden of norovirus-associated acute gastroenteritis in children remains to be assessed.

Noroviruses are the most frequent cause of epidemic acute gastroenteritis in the United States. Between September 2013 and August 2016, 2,715 genotyped norovirus outbreaks were submitted to CaliciNet. GII.4 Sydney viruses caused 58% of the outbreaks during these years. A GII.4 Sydney virus with a novel GII.P16 polymerase emerged in November 2015, causing 60% of all GII.4 outbreaks in the 2015-2016 season. Several genotypes detected were associated with more than one polymerase type, including GI.3, GII.2, GII.3, GII.4 Sydney, GII.13, and GII.17, four of which harbored GII.P16 polymerases. GII.P16 polymerase sequences associated with GII.2 and GII.4 Sydney viruses were nearly identical, suggesting common ancestry. Other common genotypes, each causing 5 to 17% of outbreaks in a season, included GI.3, GI.5, GII.2, GII.3, GII.6, GII.13, and GII.17 Kawasaki 308. Acquisition of alternative RNA polymerases by recombination is an important mechanism for norovirus evolution and a phenomenon that was shown to occur more frequently than previously recognized in the United States. Continued molecular surveillance of noroviruses, including typing of both polymerase and capsid genes, is important for monitoring emerging strains in our continued efforts to reduce the overall burden of norovirus disease.

Although rotavirus and norovirus cause nearly 40% of severe endemic acute gastroenteritis (AGE) in children <5 years of age in the United States, there are limited data on the etiologic role of other enteric viruses in this age group.We conducted active population-based surveillance in children presenting with AGE to hospitals, emergency departments, and primary care clinics in 3 US counties. Stool specimens from these children and from age-matched healthy controls collected between October 2008 and September 2009 were tested for enteric adenovirus, astrovirus, sapovirus, parechovirus, bocavirus, and aichivirus. Typing was performed by sequencing and phylogenetic analysis.Adenovirus, astrovirus, sapovirus, parechovirus, bocavirus, and aichivirus were detected in the stool specimens of 11.8%, 4.9%, 5.4%, 4.8%, 1.4%, and 0.2% of patients with AGE and 1.8%, 3.0%, 4.2%, 4.4%, 2.4%, and 0% of healthy controls, respectively. Adenovirus (type 41), astrovirus (types 1, 2, 3, 4, and 8), sapovirus (genogroups I and II), parechovirus (types 1, 3, 4, and 5), and bocavirus (types 1, 2, and 3) were found cocirculating.Adenovirus, astrovirus, and sapovirus infections were detected in 22.1% of the specimens from children <5 years of age who had medical visits for AGE and tested negative for rotavirus and norovirus. No causal role for parechovirus and bocavirus was found.

Implemented in 2009, the National Outbreak Reporting System provides surveillance for acute gastroenteritis outbreaks in the United States resulting from any transmission mode. Data from the first 2 years of surveillance highlight the predominant role of norovirus. The pathogen-specific transmission pathways and exposure settings identified can help inform prevention efforts.