Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
QL
Qin‐Wen Liu
Author with expertise in Genomic Landscape of Cancer and Mutational Signatures
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(67% Open Access)
Cited by:
531
h-index:
19
/
i10-index:
26
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

High-intensity sequencing reveals the sources of plasma circulating cell-free DNA variants

Pedram Razavi et al.Nov 25, 2019
Accurate identification of tumor-derived somatic variants in plasma circulating cell-free DNA (cfDNA) requires understanding of the various biological compartments contributing to the cfDNA pool. We sought to define the technical feasibility of a high-intensity sequencing assay of cfDNA and matched white blood cell DNA covering a large genomic region (508 genes; 2 megabases; >60,000× raw depth) in a prospective study of 124 patients with metastatic cancer, with contemporaneous matched tumor tissue biopsies, and 47 controls without cancer. The assay displayed high sensitivity and specificity, allowing for de novo detection of tumor-derived mutations and inference of tumor mutational burden, microsatellite instability, mutational signatures and sources of somatic mutations identified in cfDNA. The vast majority of cfDNA mutations (81.6% in controls and 53.2% in patients with cancer) had features consistent with clonal hematopoiesis. This cfDNA sequencing approach revealed that clonal hematopoiesis constitutes a pervasive biological phenomenon, emphasizing the importance of matched cfDNA–white blood cell sequencing for accurate variant interpretation. Ultra-sensitive cell-free DNA (cfDNA) sequencing uncovers clonal hematopoiesis as a major source of somatic cfDNA variants in healthy individuals and patients with cancer, and underscores the importance of matched white blood cell DNA sequencing in liquid biopsy procedures.
0
Citation531
0
Save
0

Pristimerin Promotes Ubiquitination of HSPA8 and Activates the VAV1/ERK Pathway to Suppress TNBC Proliferation

Qin‐Wen Liu et al.Jan 15, 2025
Abstract Triple‐negative breast cancer (TNBC) is a subtype of breast cancer with a poor prognosis. The natural compound pristimerin has shown promising anti‐tumor effect. Here, it is found that pristimerin significantly triggered the activation of autophagy initiation and induced apoptosis in TNBC. Mechanistically, RNA sequencing revealed that pristimerin activated mitogen‐activated protein kinase/extracelluar regulated protein kinases (MAPK/ERK) pathway. Drug affinity responsive target stability and mass spectrometry techniques are employed to confirm the direct binding target of pristimerin. Heat shock protein family A member 8 (HSPA8) is identified and verified by cellular thermal shift assays and surface plasmon resonance assays. The further results suggested that pristimerin promoted the ubiquitination and degradation of HSPA8, leading to a decrease in the degradation of Vac Guanine Nucleotide Exchange Factor 1 (VAV1), a downstream client protein of HSPA8 which plays a crucial role in activating the ERK pathway. Importantly, knockdown of HSPA8 or VAV1 significantly impaired the anticancer activity of pristimerin on TNBC cells. Additionally, pristimerin significantly inhibited the migration and invasion of TNBC cells and enhanced the sensitivity of TNBC cells to doxorubicin. Collectively, this study provides the initial evidence that pristimerin directly targets HSPA8 to activate the VAV1/ERK pathway, thereby promoting cell autophagy and apoptosis.