Abstract Chung-Jansen syndrome is a neurodevelopmental disorder characterized by intellectual disability, behavioral problems, obesity and dysmorphic features. It is caused by pathogenic variants in the PHIP gene that encodes for the Pleckstrin homology domain-interacting protein, which is part of an epigenetic modifier protein complex. Therefore, we hypothesized that PHIP haploinsufficiency may impact genome-wide DNA methylation (DNAm). We assessed the DNAm profiles of affected individuals with pathogenic and likely pathogenic PHIP variants with Infinium Methylation EPIC arrays and report a specific and sensitive DNAm episignature biomarker for Chung–Jansen syndrome. In addition, we observed similarities between the methylation profile of Chung–Jansen syndrome and that of functionally related and clinically partially overlapping genetic disorders, White–Kernohan syndrome (caused by variants in DDB1 gene) and Börjeson–Forssman–Lehmann syndrome (caused by variants in PHF6 gene). Based on these observations we also proceeded to develop a common episignature biomarker for these disorders. These newly defined episignatures can be used as part of a multiclass episignature classifier for screening of affected individuals with rare disorders and interpretation of genetic variants of unknown clinical significance, and provide further insights into the common molecular pathophysiology of the clinically-related Chung–Jansen, Börjeson–Forssman–Lehmann and White–Kernohan syndromes.

ABSTRACT Rubinstein–Taybi syndrome (RSTS) is a rare autosomal dominant neurodevelopmental disorder linked to haploinsufficiency of CREBBP (RSTS1) and EP300 (RSTS2) genes. Characteristic features often include distinctive facial traits, broad thumbs and toes, short stature, and various degrees of intellectual disability. The clinical presentation of RSTS is notably variable, making it challenging to establish a clear genotype–phenotype correlation, except for specific variants which cause the allelic Menke–Hennekam syndrome. Trio exome analysis, data collection via networking and GeneMatcher platforms, transcript processing analysis, and DNA methylation profiling were performed. We identified two unrelated patients with de novo variants in EP300 (NM_001429.4: c.3671+5G>C; c.3671+5_3671+8delGTAA) predicted to cause in‐frame exon 20 skipping, confirmed in one patient. In silico 3D protein modeling suggested that exon 20 deletion (comprising 27 amino acids) likely alters the structural conformation between the RING_CBP‐p300 and HAT‐KAT11 domains. Clinically, both patients displayed severe RSTS2‐like clinical features, including autism spectrum disorder, speech delay, hearing loss, microcephaly, developmental delay, and intellectual disability, alongside ocular, respiratory, and cardiovascular abnormalities. Additionally, one patient developed early‐onset colorectal cancer. DNA methylation profiling in Subject #1 confirmed RSTS but did not align with the specific episignatures for RSTS1 or RSTS2. We propose that skipping of exon 20 in EP300 is associated with a distinct form of Rubinstein–Taybi syndrome featuring clinical characteristics not fully aligning with RSTS1 or RSTS2. Our findings increase the understanding of RSTS genetic and molecular basis and stress the need for further research to establish definitive genotype–phenotype correlations.