While Fe–N–C materials are a promising alternative to platinum for catalysing the oxygen reduction reaction in acidic polymer fuel cells, limited understanding of their operando degradation restricts rational approaches towards improved durability. Here we show that Fe–N–C catalysts initially comprising two distinct FeNx sites (S1 and S2) degrade via the transformation of S1 into iron oxides while the structure and number of S2 were unmodified. Structure–activity correlations drawn from end-of-test 57Fe Mössbauer spectroscopy reveal that both sites initially contribute to the oxygen reduction reaction activity but only S2 substantially contributes after 50 h of operation. From in situ 57Fe Mössbauer spectroscopy in inert gas coupled to calculations of the Mössbauer signature of FeNx moieties in different electronic states, we identify S1 to be a high-spin FeN4C12 moiety and S2 a low- or intermediate-spin FeN4C10 moiety. These insights lay the groundwork for rational approaches towards Fe–N–C cathodes with improved durability in acidic fuel cells. Fe–N–C materials are a promising alternative to platinum for catalysing the oxygen reduction reaction in acidic polymer fuel cells. Now, a 57Fe Mössbauer study reveals that while these catalysts initially comprise two distinct FeNx sites, a high-spin FeN4C12 and a low- or intermediate-spin FeN4C10, only the latter is durable in operating conditions.