AK
Asif Khalid
Author with expertise in Pancreatic Cancer Research and Treatment
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(60% Open Access)
Cited by:
1,004
h-index:
29
/
i10-index:
49
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Pancreatic cyst fluid DNA analysis in evaluating pancreatic cysts: a report of the PANDA study

Asif Khalid et al.Jan 19, 2009
The role of pancreatic cyst fluid DNA analysis in evaluating pancreatic cysts remains unclear.Our purpose was to evaluate the utility of a detailed DNA analysis of pancreatic cyst fluid to diagnose mucinous and malignant cysts.Prospective, multicenter study.Patients with pancreatic cysts presenting for EUS evaluation.EUS-guided pancreatic cyst aspirates cytology evaluation, carcinoembryonic antigen (CEA) level determination, and a detailed DNA analysis; incorporating DNA quantification, k-ras mutation and multiple allelic loss analysis, mutational amplitude, and sequence determination.Cyst fluid analysis compared with surgical pathologic or malignant cytologic examination.The study cohort consisted of 113 patients with 40 malignant, 48 premalignant, and 25 benign cysts. Cyst fluid k-ras mutation was helpful in the diagnosis of mucinous cysts (odds ratio 20.9, specificity 96%), whereas receiver-operator characteristic curve analysis indicated optimal cutoff points for allelic loss amplitude (area under the curve [AUC] 0.79; optimal value > 65%) and CEA (AUC 0.74; optimal value >148 ng/mL). Components of DNA analysis detecting malignant cysts included allelic loss amplitude over 82% (AUC 0.9) and high DNA amount (optical density ratio >10, AUC 0.79). The criteria of a high amplitude k-ras mutation followed by allelic loss showed maximum specificity (96%) for malignancy. All malignant cysts with negative cytologic evaluation (10/40) could be diagnosed as malignant by using DNA analysis.Limited follow-up, selection bias.Elevated amounts of pancreatic cyst fluid DNA, high-amplitude mutations, and specific mutation acquisition sequences are indicators of malignancy. The presence of a k-ras mutation is also indicative of a mucinous cyst. DNA analysis should be considered when cyst cytologic examination is negative for malignancy.
0
Citation422
0
Save
0

Preoperative next-generation sequencing of pancreatic cyst fluid is highly accurate in cyst classification and detection of advanced neoplasia

Aatur Singhi et al.Sep 28, 2017
Objective DNA-based testing of pancreatic cyst fluid (PCF) is a useful adjunct to the evaluation of pancreatic cysts (PCs). Mutations in KRAS / GNAS are highly specific for intraductal papillary mucinous neoplasms (IPMNs) and mucinous cystic neoplasms (MCNs), while TP53 / PIK3CA / PTEN alterations are associated with advanced neoplasia. A prospective study was performed to evaluate preoperative PCF DNA testing. Design Over 43-months, 626 PCF specimens from 595 patients were obtained by endoscopic ultrasound (EUS)-fine needle aspiration and assessed by targeted next-generation sequencing (NGS). Molecular results were correlated with EUS findings, ancillary studies and follow-up. A separate cohort of 159 PCF specimens was also evaluated for KRAS / GNAS mutations by Sanger sequencing. Results KRAS/GNAS mutations were identified in 308 (49%) PCs, while alterations in TP53/PIK3CA/PTEN were present in 35 (6%) cases. Based on 102 (17%) patients with surgical follow-up, KRAS/GNAS mutations were detected in 56 (100%) IPMNs and 3 (30%) MCNs, and associated with 89% sensitivity and 100% specificity for a mucinous PC. In comparison, KRAS/GNAS mutations by Sanger sequencing had a 65% sensitivity and 100% specificity. By NGS, the combination of KRAS/GNAS mutations and alterations in TP53/PIK3CA/PTEN had an 89% sensitivity and 100% specificity for advanced neoplasia. Ductal dilatation, a mural nodule and malignant cytopathology had lower sensitivities (42%, 32% and 32%, respectively) and specificities (74%, 94% and 98%, respectively). Conclusions In contrast to Sanger sequencing, preoperative NGS of PCF for KRAS / GNAS mutations is highly sensitive for IPMNs and specific for mucinous PCs. In addition, the combination of TP53 / PIK3CA / PTEN alterations is a useful preoperative marker for advanced neoplasia.
0
Citation315
0
Save
0

Evaluation and Management of Autoimmune Pancreatitis: Experience at a Large US Center

Amit Raina et al.Jun 16, 2009
OBJECTIVES: Autoimmune pancreatitis (AIP) is increasingly recognized as a form of chronic pancreatitis. Systematic evaluation and management of AIP in the United States is reported only from one center. Our aim was to review the evaluation and management of AIP at a large tertiary center. METHODS: We retrospectively reviewed information on demographics, clinical presentation, laboratory and imaging findings, extrapancreatic involvement, treatment response, and recurrence in 26 patients with AIP treated at the University of Pittsburgh Medical Center from 1998 to 2007. RESULTS: The median age at presentation was 62.5 years (range: 23-86), 65% were men, and 88% were Caucasians. The most common presentation included new-onset mild abdominal pain (65%), jaundice (62%), and weight loss (42%). Pancreatic mass, enlargement, or prominence on imaging was present in 85% of the patients. Serum IgG4 (immunoglobulin-4) was elevated (>140 mg/dl) in 44% (8/18) at presentation. The most common extrapancreatic finding was extrapancreatic/intrahepatic biliary strictures (35%). Peri-pancreatic vascular complications were noted in 23% of the patients. Six patients underwent partial or complete pancreatectomy. Partial or complete response was observed for initial steroid treatment in 19 patients and for methotrexate in 1 patient. Recurrences were common, especially in patients with extrapancreatic manifestations, and usually responded to a combination of steroids and azathioprine. Any one of the commonly used diagnostic criteria (Mayo Clinic's HISORt criteria, the Japanese Pancreas Society criteria, Korean diagnostic criteria) was fulfilled in 85% of cases. CONCLUSIONS: In this second major US series, we confirm several findings previously reported in AIP. Our study highlights the presence of vascular complications in a subset of patients with AIP. The current diagnostic criteria may not identify all AIP patients.