While there has been significant progress in controlling falciparum malaria in the Lao People's Democratic Republic (PDR), sporadic cases persist in southern provinces where the extent and patterns of transmission remain largely unknown. To assess parasite transmission in this area, 53 Plasmodium falciparum (Pf) positive cases detected through active test and treat campaigns from December 2017 to November 2018 were sequenced, targeting 204 highly polymorphic amplicons. Two R packages, MOIRE and Dcifer, were applied to assess the multiplicity of infections (MOI), effective MOI (eMOI), within-host parasite relatedness, and between-host parasite relatedness ([Formula: see text]). Genomic data were integrated with survey data to characterize the temporal and spatial structures of identified clusters. The positive cases were mainly captured during the focal test and treat campaign conducted in 2018, and in the Pathoomphone area, which had the highest test positivity and forest activity. About 30% of the cases were polyclonal infections, with over half of theses (63%) showing within-host relatedness greater than 0.6, suggesting that cotransmission rather than superinfection was primarily responsible for maintaining polyclonality. A large majority of cases (81%) were infected by parasites genetically linked to one or more other cases. We identified five genetically distinct clusters in forest fringe villages within the Pathoomphone district, characterized by a high degree of genetic relatedness between parasites (mean [Formula: see text] = 0.8). Four smaller clusters of 2-3 cases linked Moonlapamok and Pathoomphone districts, with an average [Formula: see text] of 0.6, suggesting cross-district transmission. Most of the clustered cases occurred within 20 km and 2 months of each other, consistent with focal transmission. Transmission clusters identified in this study confirm the role of ongoing focal parasite transmission occurring within the forest or forest-fringe in the highly mobile population.

Lao People’s Democratic Republic (Lao PDR) has made significant progress in reducing malaria in recent years. In the Greater Mekong Subregion, forest-going is often a risk factor contributing to continuing malaria transmission. This study assessed forest-going and other potential risk factors for malaria cases in Champasak Province, Lao PDR. Routine passive surveillance data from August 2017 to December 2018 were extracted from health facilities in three districts for a case-control study; at the time of presentation, all fever cases were asked to report any recent forest travel. Multivariable logistic regression was used to assess the relationship between forest-going and malaria infection while controlling for other covariates. Of 2933 fever cases with data available on forest-sleeping and malaria diagnosis from 25 health facilities, 244 (8%) tested positive (cases), and 2689 (92%) tested negative (controls). Compared with spending 0–2 nights in the forest, spending 3–7 nights in the forest was associated with 9.7 times the odds of having a malaria infection (95% CI: 4.67–20.31, p < 0.001) when adjusting for gender, occupation, and season. Forest-going, especially longer trips, is associated with increased risk for confirmed symptomatic malaria in southern Lao PDR, and appropriate and targeted intervention efforts are needed to protect this high-risk population.