The long term outcome of nanoparticles in the organism is one of the most important concerns raised by the development of nanotechnology and nanomedicine. Little is known on the way taken by cells to process and degrade nanoparticles over time. In this context, iron oxide superparamagnetic nanoparticles benefit from a privileged status, because they show a very good tolerance profile, allowing their clinical use for MRI diagnosis. It is generally assumed that the specialized metabolism which regulates iron in the organism can also handle iron oxide nanoparticles. However the biotransformation of iron oxide nanoparticles is still not elucidated. Here we propose a multiscale approach to study the fate of nanomagnets in the organism. Ferromagnetic resonance and SQUID magnetization measurements are used to quantify iron oxide nanoparticles and follow the evolution of their magnetic properties. A nanoscale structural analysis by electron microscopy complements the magnetic follow-up of nanoparticles injected to mice. We evidence the biotransformation of superparamagnetic maghemite nanoparticles into poorly-magnetic iron species probably stored into ferritin proteins over a period of three months. A putative mechanism is proposed for the biotransformation of iron-oxide nanoparticles.