Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
DB
Dibyajyoti Behera
Author with expertise in Global Challenge of Antibiotic Resistance in Bacteria
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(75% Open Access)
Cited by:
24
h-index:
5
/
i10-index:
1
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Evaluation of Community Structures and their Physicochemical Correlation with Five Hot Springs in India

Sangita Dixit et al.Jul 23, 2021
Thermal springs have been the most resourceful ecological niches to understand the intricacies of the microbial community structure building. In the present study, the microbial community structure was investigated in five ecologically different hot springs. The highest number of OTUs was observed at low temperatures (42 °C) whereas an increasing number of unclassified bacteria was observed with a temperature rise. The statistical correlation predicted that temperature, total dissolved solids and ions were the primary environmental factors in controlling the community composition and diversity. The relative abundance of Proteobacteria, Cyanobacteria showed a positive correlation with moderate temperature whereas growth of Chloroflexi and Nitrospira was unstable at 65 °C. The observed LCBD was negatively correlated to the bacteria richness. A high relative abundance of Planctomycetes was restricted to Odisha hot springs (AT, TP, and DJ). We further hypothesize that abundance of most common cellulose-degrading bacteria such as Acinetobacter, Pseudomonas and Aeromonas only in DJ hot spring is possibly due to the high carbon content of the runoff water received from dense pandanus forest around it and could be a prospective source of industrially relevant cellulase after detailed characterization. The present study concludes that the association of physicochemical components with key species drive the microbial community structure.
0
Citation7
0
Save
0

Molecular prevalence of resistance determinants, virulence factors and capsular serotypes among colistin resistance carbapenemase producing Klebsiella pneumoniae: a multi-centric retrospective study

Aradhana Das et al.Dec 28, 2021
The emergence of colistin-carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CCR-Kp) in bloodstream infection results in high mortality, and virulence factor contributes further to the difficulty of treatment. A total of 158 carbapenem-resistant K. pneumoniae (CRKP) isolates causing bloodstream infection were collected from three Indian tertiary care hospitals during the 9-month study period, of which 27 isolates exhibited resistance to both colistin and carbapenem antibiotics. In this study, all the strains were characterized for antimicrobial resistance, virulence factors and capsular serotypes that facilitate the development of colistin and carbapenem-resistant K.pneumoniae (CCR-Kp) in bloodstream infection. Fourteen isolates displayed extremely drug resistance (XDR), susceptible only to tigecycline, and the remaining 13 isolates displayed multidrug resistance (MDR). The gene prevalence analysis for CCR-Kp isolates showed the predominance of blaKPC (81.48%) followed by blaNDM (62.96%), blaVIM (37.03%) and blaIMP (18.51%) genes. The distribution of virulence genes was found to be fimH (81.48%), wabG (59.25%), mrkD (55.56%), entB (48.15%), irp1 (33.33%), and rmpA (18.52%). The capsular serotypes K1, K2, K5 and K54 have been identified in 16 isolates. The absence of plasmid-mediated colistin resistance (mcr) genes implies the involvement of other mechanisms. The ERIC and (GTG)5 molecular typing methods detected 18 and 22 distinct clustering patterns among the CCR-Kp isolates, respectively. A strong correlation between ERIC and (GTG)5 genotyping method was established with antimicrobial resistance patterns and virulence determinants at P < 0.05, while no correlation was found with capsular serotyping. Similar virulence and resistance typing among the isolates suggest hospital-acquired infection in a health care setup. These outcomes will advance our awareness of CCR-Kp outbreaks associated with tertiary care hospitals and help forecast their occurrence in the near future.
0
Citation4
0
Save
0

Characterization and Comparative Genomic Analysis of a Highly Colistin-Resistant Chryseobacterium gallinarum: a Rare, Uncommon Pathogen

Mahendra Gaur et al.Jul 14, 2022
For the first time, we describe the whole genome of a yellow-pigmented, capsule-producing, pathogenic, and colistin-resistant Chryseobacterium gallinarum strain MGC42 isolated from a patient with urinary tract infection in India. VITEK 2 automated system initially identified this isolate as C. indologenes. However, 16S rRNA gene sequencing revealed that MGC42 shared 99.67% sequence identity with C. gallinarum-type strain DSM 27622. The draft genome of the strain MGC42 was 4,455,926 bp long with 37.08% Guanine-Cytosine (GC) content and was devoid of any plasmid. Antibiotic resistance, virulence, and toxin genes were predicted by implementing a machine learning classifier. Potential homologs of 340 virulence genes including hemolysin secretion protein D, metalloprotease, catalase peroxidases and autotransporter adhesins, type VI secretion system (T6SS) spike proteins, and 27 toxin factors including a novel toxin domain Ntox23 were identified in the genome. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) orthologs of 110 transporter proteins were predicted that were in agreement with moderate efflux activity. Twelve antibiotic resistance genes including two potentially novel putative β-lactamase genes sharing low similarity with known β-lactamase genes were also identified in the genome of this strain. The strain MGC42 was also resistant to several classes of antibiotics along with carbapenems and polymyxin. We also identified mutations in the orthologs of pmrB (M384T) and lpxD (I66V) that might be responsible for colistin resistance. The MGC42 strain shared 683 core genes with other environmental and clinical strains of Chryseobacterium species. Our findings suggest that the strain MGC42 is a multidrug-resistant, virulent pathogen and recommend 16S rRNA gene sequencing to identify clinical specimens of Chryseobacterium species.
0
Citation4
0
Save
0

Taxonomic Assignment-Based Genome Reconstruction from Apical Periodontal Metagenomes to Identify Antibiotic Resistance and Virulence Factors

K. Kumari et al.Jan 9, 2023
Primary apical periodontitis occurs due to various insults to the dental pulp including microbial infections, physical and iatrogenic trauma, whereas inadequate elimination of intraradicular infection during root canal treatment may lead to secondary apical periodontitis. We explored the complex intra-radicular microbial communities and their functional potential through genome reconstruction. We applied shotgun metagenomic sequencing, binning and functional profiling to identify the significant contributors to infection at the acute and chronic apical periodontal lesions. Our analysis revealed the five classified clusters representing Enterobacter, Enterococcus, Lacticaseibacillus, Pseudomonas, Streptococcus and one unclassified cluster of contigs at the genus level. Of them, the major contributors were Pseudomonas, with 90.61% abundance in acute conditions, whereas Enterobacter followed by Enterococcus with 69.88% and 15.42% abundance, respectively, in chronic conditions. Enterobacter actively participated in antibiotic target alteration following multidrug efflux-mediated resistance mechanisms, predominant in the chronic stage. The prediction of pathways involved in the destruction of the supportive tissues of the tooth in Enterobacter and Pseudomonas support their crucial role in the manifestation of respective disease conditions. This study provides information about the differential composition of the microbiome in chronic and acute apical periodontitis. It takes a step to interpret the role of a single pathogen, solely or predominantly, in establishing endodontic infection types through genome reconstruction following high throughput metagenomic DNA analysis. The resistome prediction sheds a new light on the therapeutic treatment guidelines for endodontists. However, it needs further conclusive research to support this outcome using a larger number of samples with similar etiological conditions, but different demographic origin.
0
Citation3
0
Save
0

Urban wastewater contributes to the emergence of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CRKP) in an urban receiving river in eastern India

Saubhagini Sahoo et al.Dec 13, 2022
The present study revealed the emergence of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CRKP) and the associated driving factors in an urban river system surrounding Cuttack city, Odisha. The high contamination factor and contamination degree indicate poor water quality. The CRKP isolates showed 100% resistance against piperacillin, amoxicillin-clavulanic acid, piperacillin-tazobactam, ceftriaxone, ceftazidime, meropenem, and imipenem but less resistance to colistin (12.85%). Among the CRKP isolates, carbapenemase genes blaNDM, blaOXA-48-like, and blaKPC were detected in 94.28%, 35%, and 10% of isolates, respectively. The resistance genes (blaNDM, blaTEM, and blaCTX-M) were found to be significantly correlated with toxic metals (As, Cd, Co, Cu, Fe, Mn, Pb) (P < 0.05). Detection of virulence factors (yersiniabactin and aerobactin) and capsular serotypes (K1, K2, and K54 types) explain the pathogenicity of CRKP isolates. Enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR based molecular typing separated the CRKP strains into 13 clusters, of which VI and XI clusters showed similar resistance and virulence determinants, indicating the dissemination of clones from wastewater to the river system. Our results provide first-hand information on assessing risks to public health posed by the CRKP isolates and toxic metals in the Kathajodi River. Molecular surveillance of nearby hospitals for the prevalence of CRKP will help trace their transmission route.
0
Citation2
0
Save
0

Evaluation of Community Structures and their Physicochemical Correlation with Five Hot Springs in India

Sangita Dixit et al.Jan 1, 2021
Thermal springs have been the most resourceful ecological niches to understand the intricacies of the microbial community structure building. In the present study, the microbial community structure was investigated in five ecologically different hot springs. The highest number of OTUs was observed at low temperatures (42 °C) whereas an increasing number of unclassified bacteria was observed with a temperature rise. The statistical correlation predicted that temperature, total dissolved solids and ions were the primary environmental factors in controlling the community composition and diversity. The relative abundance of Proteobacteria, Cyanobacteria showed a positive correlation with moderate temperature whereas growth of Chloroflexi and Nitrospira was unstable at 65 °C. The observed LCBD was negatively correlated to the bacteria richness. A high relative abundance of Planctomycetes was restricted to Odisha hot springs (AT, TP, and DJ). We further hypothesize that abundance of most common cellulose-degrading bacteria such as AcinetobacterPseudomonas and Aeromonas only in DJ hot spring is possibly due to the high carbon content of the runoff water received from dense pandanus forest around it and could be a prospective source of industrially relevant cellulase after detailed characterization. The present study concludes that the association of physicochemical components with key species drive the microbial community structure.