KB
Kaustav Bera
Author with expertise in Radiomics in Medical Imaging Analysis
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(75% Open Access)
Cited by:
745
h-index:
27
/
i10-index:
50
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Perinodular and Intranodular Radiomic Features on Lung CT Images Distinguish Adenocarcinomas from Granulomas

Niha Beig et al.Dec 26, 2018
Purpose To evaluate ability of radiomic (computer-extracted imaging) features to distinguish non-small cell lung cancer adenocarcinomas from granulomas at noncontrast CT. Materials and Methods For this retrospective study, screening or standard diagnostic noncontrast CT images were collected for 290 patients (mean age, 68 years; range, 18–92 years; 125 men [mean age, 67 years; range, 18–90 years] and 165 women [mean age, 68 years; range, 33–92 years]) from two institutions between 2007 and 2013. Histopathologic analysis was available for one nodule per patient. Corresponding nodule of interest was identified on axial CT images by a radiologist with manual annotation. Nodule shape, wavelet (Gabor), and texture-based (Haralick and Laws energy) features were extracted from intra- and perinodular regions. Features were pruned to train machine learning classifiers with 145 patients. In a test set of 145 patients, classifier results were compared against a convolutional neural network (CNN) and diagnostic readings of two radiologists. Results Support vector machine classifier with intranodular radiomic features achieved an area under the receiver operating characteristic curve (AUC) of 0.75 on the test set. Combining radiomics of intranodular with perinodular regions improved the AUC to 0.80. On the same test set, CNN resulted in an AUC of 0.76. Radiologist readers achieved AUCs of 0.61 and 0.60, respectively. Conclusion Radiomic features from intranodular and perinodular regions of nodules can distinguish non-small cell lung cancer adenocarcinomas from benign granulomas at noncontrast CT. © RSNA, 2018 Online supplemental material is available for this article. See also the editorial by Nishino in this issue.
0

Association of Peritumoral Radiomics With Tumor Biology and Pathologic Response to Preoperative Targeted Therapy for HER2 (ERBB2)–Positive Breast Cancer

Nathaniel Braman et al.Apr 19, 2019

Importance

 There has been significant recent interest in understanding the utility of quantitative imaging to delineate breast cancer intrinsic biological factors and therapeutic response. No clinically accepted biomarkers are as yet available for estimation of response to human epidermal growth factor receptor 2 (currently known asERBB2, but referred to asHER2in this study)–targeted therapy in breast cancer. 

Objective

 To determine whether imaging signatures on clinical breast magnetic resonance imaging (MRI) could noninvasively characterizeHER2-positive tumor biological factors and estimate response toHER2-targeted neoadjuvant therapy. 

Design, Setting, and Participants

 In a retrospective diagnostic study encompassing 209 patients with breast cancer, textural imaging features extracted within the tumor and annular peritumoral tissue regions on MRI were examined as a means to identify increasingly granular breast cancer subgroups relevant to therapeutic approach and response. First, among a cohort of 117 patients who received an MRI prior to neoadjuvant chemotherapy (NAC) at a single institution from April 27, 2012, through September 4, 2015, imaging features that distinguishedHER2+ tumors from other receptor subtypes were identified. Next, among a cohort of 42 patients withHER2+ breast cancers with available MRI and RNaseq data accumulated from a multicenter, preoperative clinical trial (BrUOG 211B), a signature of the response-associatedHER2-enriched (HER2-E) molecular subtype withinHER2+ tumors (n = 42) was identified. The association of this signature with pathologic complete response was explored in 2 patient cohorts from different institutions, where all patients receivedHER2-targeted NAC (n = 28, n = 50). Finally, the association between significant peritumoral features and lymphocyte distribution was explored in patients within the BrUOG 211B trial who had corresponding biopsy hematoxylin-eosin–stained slide images. Data analysis was conducted from January 15, 2017, to February 14, 2019. 

Main Outcomes and Measures

 Evaluation of imaging signatures by the area under the receiver operating characteristic curve (AUC) in identifyingHER2+ molecular subtypes and distinguishing pathologic complete response (ypT0/is) to NAC withHER2-targeting. 

Results

 In the 209 patients included (mean [SD] age, 51.1 [11.7] years), features from the peritumoral regions better discriminatedHER2-E tumors (maximum AUC, 0.85; 95% CI, 0.79-0.90; 9-12 mm from the tumor) compared with intratumoral features (AUC, 0.76; 95% CI, 0.69-0.84). A classifier combining peritumoral and intratumoral features identified theHER2-E subtype (AUC, 0.89; 95% CI, 0.84-0.93) and was significantly associated with response toHER2-targeted therapy in both validation cohorts (AUC, 0.80; 95% CI, 0.61-0.98 and AUC, 0.69; 95% CI, 0.53-0.84). Features from the 0- to 3-mm peritumoral region were significantly associated with the density of tumor-infiltrating lymphocytes (R2 = 0.57; 95% CI, 0.39-0.75;P = .002). 

Conclusions and Relevance

 A combination of peritumoral and intratumoral characteristics appears to identify intrinsic molecular subtypes ofHER2+ breast cancers from imaging, offering insights into immune response within the peritumoral environment and suggesting potential benefit for treatment guidance.
0
Citation238
0
Save
0

Changes in CT Radiomic Features Associated with Lymphocyte Distribution Predict Overall Survival and Response to Immunotherapy in Non–Small Cell Lung Cancer

Mohammadhadi Khorrami et al.Nov 12, 2019
No predictive biomarkers can robustly identify patients with non-small cell lung cancer (NSCLC) who will benefit from immune checkpoint inhibitor (ICI) therapies. Here, in a machine learning setting, we compared changes ("delta") in the radiomic texture (DelRADx) of CT patterns both within and outside tumor nodules before and after two to three cycles of ICI therapy. We found that DelRADx patterns could predict response to ICI therapy and overall survival (OS) for patients with NSCLC. We retrospectively analyzed data acquired from 139 patients with NSCLC at two institutions, who were divided into a discovery set (D1 = 50) and two independent validation sets (D2 = 62, D3 = 27). Intranodular and perinodular texture descriptors were extracted, and the relative differences were computed. A linear discriminant analysis (LDA) classifier was trained with 8 DelRADx features to predict RECIST-derived response. Association of delta-radiomic risk score (DRS) with OS was determined. The association of DelRADx features with tumor-infiltrating lymphocyte (TIL) density on the diagnostic biopsies (n = 36) was also evaluated. The LDA classifier yielded an AUC of 0.88 ± 0.08 in distinguishing responders from nonresponders in D1, and 0.85 and 0.81 in D2 and D3 DRS was associated with OS [HR: 1.64; 95% confidence interval (CI), 1.22-2.21; P = 0.0011; C-index = 0.72). Peritumoral Gabor features were associated with the density of TILs on diagnostic biopsy samples. Our results show that DelRADx could be used to identify early functional responses in patients with NSCLC.
0
Citation235
0
Save