The MECT1/MAML2 translocation is identified in a large proportion of mucoepidermoid carcinomas (MEC) of the salivary gland and is an emerging favorable prognosticator. However, there are conflicting data on this translocation's specificity, restriction to low/intermediate MEC, and strength as a prognosticator. We present our experience with the MECT1/MAML2 translocation in a large cohort of MECs to address these issues. We analyzed 55 salivary MEC and 36 potential MEC mimics (24 Warthin tumors, 5 oncocytomas, 3 squamous cell carcinomas, 2 squamoid salivary duct carcinomas, 1 lymphoepithelial cyst, 1 Schneiderian carcinoma ex papilloma) for presence of the MECT1/MAML2 translocation by fluorescent in-situ hybridization (FISH) and real-time RT-PCR. Overall, MECT1/MAML2 translocation was present in 36/55 (66%) of MEC whereas all 36 non-MEC were negative for translocation. Low or intermediate-grade MEC had a higher frequency of translocation (75%) than high-grade MEC (46%) (P=0.039). Translocation positive cases had a better disease-specific survival (log rank P=0.026) although 2 patients still died of disease. Within high-grade MEC, MECT1/MAML2 positive tumors had lower rates of anaplasia (P=0.001), and mitotic counts (P=0.012). Thus, MECT1/MAML2 translocation is highly specific for MEC and imparts a better prognosis. However, it is frequent even within high-grade MEC and can be seen in lethal cases suggesting that translocation status should not supersede conventional parameters. There are 2 distinct subgroups within high-grade MEC, and the translocation negative tumors may actually be more appropriately categorized as another tumor type (such as adenosquamous carcinoma).

Significance Thyroid cancer is common and has an excellent outcome in many cases, although a proportion of these tumors have a progressive clinical course and high mortality. Using whole-transcriptome (RNA-sequencing) analysis, we discovered previously unknown genetic events, anaplastic lymphoma kinase ( ALK ) gene fusions, in thyroid cancer and demonstrate that they occur more often in aggressive cancers. The most common fusion identified in these tumors involved the striatin ( STRN ) gene, and we show that it is transforming and tumorigenic in vivo. Finally, we demonstrate that the kinase activity of STRN-ALK can be blocked by ALK inhibitors, raising a possibility that ALK fusions may be used as a therapeutic target for patients with the most aggressive and frequently lethal forms of thyroid cancer.

In their previous analysis of papillary thyroid carcinomas (PTCs) from an Ukrainian-American cohort that was exposed to iodine-131 ((131) I) from the Chernobyl accident, the authors identified RET/PTC rearrangements and other driver mutations in 60% of tumors.In this study, the remaining mutation-negative tumors from that cohort were analyzed using RNA sequencing (RNA-Seq) and reverse transcriptase-polymerase chain reaction to identify novel chromosomal rearrangements and to characterize their relation with radiation dose.The ETS variant gene 6 (ETV6)-neurotrophin receptor 3 (NTRK3) rearrangement (ETV6-NTRK3) was identified by RNA-Seq in a tumor from a patient who received a high (131) I dose. Overall, the rearrangement was detected in 9 of 62 (14.5%) post-Chernobyl PTCs and in 3 of 151 (2%) sporadic PTCs (P = .019). The most common fusion type was between exon 4 of ETV6 and exon 14 of NTRK3. The prevalence of ETV6-NTRK3 rearrangement in post-Chernobyl PTCs was associated with increasing (131) I dose, albeit at borderline significance (P = .126). The group of rearrangement-positive PTCs (ETV6-NTRK3, RET/PTC, PAX8-PPARγ) was associated with significantly higher dose response compared with the group of PTCs with point mutations (BRAF, RAS; P < .001). In vitro exposure of human thyroid cells to 1 gray of (131) I and γ-radiation resulted in the formation of ETV6-NTRK3 rearrangement at a rate of 7.9 × 10(-6) cells and 3.0 × 10(-6) cells, respectively.The authors report the occurrence of ETV6-NTRK3 rearrangements in thyroid cancer and demonstrate that this rearrangement is significantly more common in tumors associated with exposure to (131) I and has a borderline significant dose response. Moreover, ETV6-NTRK3 rearrangement can be directly induced in thyroid cells by ionizing radiation in vitro and, thus, may represent a novel mechanism of radiation-induced carcinogenesis.