Abstract X-ray microcomputed tomography (μCT) is an invaluable tool for visualizing plant root systems within their natural soil environment noninvasively. However, variations in the x-ray attenuation values of root material and the overlap in attenuation values between roots and soil caused by water and organic materials represent major challenges to data recovery. We report the development of automatic root segmentation methods and software that view μCT data as a sequence of images through which root objects appear to move as the x-y cross sections are traversed along the z axis of the image stack. Previous approaches have employed significant levels of user interaction and/or fixed criteria to distinguish root and nonroot material. RooTrak exploits multiple, local models of root appearance, each built while tracking a specific segment, to identify new root material. It requires minimal user interaction and is able to adapt to changing root density estimates. The model-guided search for root material arising from the adoption of a visual-tracking framework makes RooTrak less sensitive to the natural ambiguity of x-ray attenuation data. We demonstrate the utility of RooTrak using μCT scans of maize (Zea mays), wheat (Triticum aestivum), and tomato (Solanum lycopersicum) grown in a range of contrasting soil textures. Our results demonstrate that RooTrak can successfully extract a range of root architectures from the surrounding soil and promises to facilitate future root phenotyping efforts.

White button mushrooms are an important crop globally, and due to the role of peat in current cultivation practices, the industry is under increasing pressure to find suitable alternatives. Peat functions as “casing”, a surface layer that, amongst other functions, provides available water to the fungal mycelium and is considered essential for mushroom growth. This research aimed to determine the potential of bark as an alternative casing material and its suitability for commercial mushroom production. Two experiments were conducted, comparing two types of commercially available peat casing with bark-based casings. The bark casing in Experiment A was found to be statistically similar to the peat casing in terms of yield and quality. The two bark casings in Experiment B failed to produce a 1st flush of mushrooms, and total yields were significantly lower compared to the peat casings, highlighting the fact that the consistency of the bark material across both experiments was variable. There were several issues associated with the bark casing, which included water stress and cropping delays, all of which would be unacceptable from a commercial perspective. Further research is required to refine bark-based casing, focusing on a better consistency of the bark feedstock and reduction of contamination risk. This work contributes to ongoing research and development to address the dependency of mushroom production on peat.