HIV-Integrase (IN) has proven to be a viable target for highly specific HIV-1 therapy. We aimed to characterize the HIV-1 IN gene in a South African context and identify resistance-associated mutations (RAMs) against available first and second generation Integrase strand-transfer inhibitors (InSTIs). We performed genetic analyses on 91 treatment-naïve HIV-1 infected patients, as well as 314 treatment-naive South African HIV-1 IN-sequences, downloaded from Los Alamos HIV Sequence Database. Genotypic analyses revealed the absence of major RAMs in the cohort collected before the broad availability of combination antiretroviral therapy (cART) and INSTI in South Africa, however, occurred at a rate of 2.85% (9/314) in database derived sequences. RAMs were present at IN-positions 66, 92, 143, 147 and 148, all of which may confer resistance to Raltegravir (RAL) and Elvitegravir (EVG), but are unlikely to affect second-generation Dolutegravir (DTG), except mutations in the Q148 pathway. Furthermore, protein modeling showed, naturally occurring polymorphisms impact the stability of the intasome-complex and therefore may contribute to an overall potency against InSTIs. Our data suggest the prevalence of InSTI RAMs, against InSTIs, is low in South Africa, but natural polymorphisms and subtype-specific differences may influence the effect of individual treatment regimens.

Abstract The COVID‐19 pandemic has raised important universal public health challenges. Conceiving ethical responses to these challenges is a public health imperative but must take context into account. This is particularly important in sub‐Saharan Africa (SSA). In this paper, we examine how some of the ethical recommendations offered so far in high‐income countries might appear from a SSA perspective. We also reflect on some of the key ethical challenges raised by the COVID‐19 pandemic in low‐income countries suffering from chronic shortages in health care resources, and chronic high morbidity and mortality from non‐COVID‐19 causes. A parallel is drawn between the distribution of severity of COVID‐19 disease and the classic “Fortune at the bottom of the pyramid” model that is relevant in SSA. Focusing allocation of resources during COVID‐19 on the ‘thick’ part of the pyramid in Low‐to‐Middle Income Countries (LMICs) could be ethically justified on utilitarian and social justice grounds, since it prioritizes a large number of persons who have been economically and socially marginalized. During the pandemic, importing allocation frameworks focused on the apex of the pyramid from the global north may therefore not always be appropriate. In a post‐COVID‐19 world, we need to think strategically about how health care systems can be financed and structured to ensure broad access to adequate health care for all who need it. The root problems underlying health inequity, exposed by COVID‐19, must be addressed, not just to prepare for the next pandemic, but to care for people in resource poor settings in non‐pandemic times.

The South African national combination antiretroviral therapy (cART) roll-out program started in 2006, with over 4.4 million people accessing treatment since it was first introduced. HIV-1 drug resistance can hamper the success of cART. This study determined the patterns of HIV-1 drug-resistance associated mutations (RAMs) in People Living with HIV-1 (PLHIV-1). Receiving first (for children below 3 years of age) and second-line (for adults) cART regimens in South Africa. During 2017 and 2018, 110 patients plasma samples were selected, 96 samples including those of 17 children and infants were successfully analyzed. All patients were receiving a boosted protease inhibitor (bPI) as part of their cART regimen. The viral sequences were analyzed for RAMs through genotypic resistance testing. We performed genotypic resistance testing (GRT) for Protease inhibitors (PIs), Reverse transcriptase inhibitors (RTIs) and Integrase strand transfer inhibitors (InSTIs). Viral sequences were subtyped using REGAv3 and COMET. Based on the PR/RT sequences, HIV-1 subtypes were classified as 95 (99%) HIV-1 subtype C (HIV-1C) while one sample as 02_AG. Integrase sequencing was successful for 89 sequences, and all the sequences were classified as HIV-1C (99%, 88/89) except one sequence classified CRF02_AG, as observed in PR/RT. Of the 96 PR/RT sequences analyzed, M184V/I (52/96; 54%) had the most frequent RAM nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NRTI). The most frequent non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NNRTI) RAM was K103N/S (40/96, 42%). Protease inhibitor (PI) RAMs M46I and V82A were present in 12 (13%) of the sequences analyzed. Among the InSTI major RAM two (2.2%) sequences have Y143R and T97A mutations while one sample had T66I. The accessory RAM E157Q was identified in two (2.2%). The data indicates that the majority of the patients failed on bPIs didn't have any mutation; therefore adherence could be major issue in these groups of individuals. We propose continued viral load monitoring for better management of infected PLHIV.

Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) integrase (IN) integrates viral DNA into the host genome using its 3'-end processing and strand-transfer activities. Due to the importance of HIV-1 IN, it is targeted by the newest class of approved drugs known as integrase strand transfer inhibitors (INSTIs). INSTIs are efficient in maintaining low viral load; however, as with other approved antivirals, resistance mutations emerge in patients receiving INSTI-containing therapy. As INSTIs are becoming increasingly accessible worldwide, it is important to understand the mechanism(s) of INSTI susceptibility. There is strong evidence suggesting differences in the patterns and mechanisms of drug resistance between HIV-1 subtype B, which dominates in U.S.A, Western Europe and Australia, and non-B infections that are most prevalent in countries of Africa and Asiawhich dominates in resource-rich settings, and non-B infections that are most prevalent in low- and middle-income countries. IN polymorphisms and other genetic differences among diverse subtypes are likely responsible for these different patterns, but lack of a full-length high-resolution structure of HIV-1 IN has been a roadblock in understanding the molecular mechanisms of INSTI resistance and the impact of polymorphisms on therapy outcome. A recently reported full-length medium-resolution cryoEM structure of HIV-1 IN provides insights into understanding the mechanism of integrase function and the impact of genetic variation on the effectiveness of INSTIs. Here we use molecular modeling to explore the structural impact of IN polymorphisms on the IN reaction mechanism and INSTI susceptibility.

In the midst of an unprecedented public health crisis, extraordinary containment measures must be implemented. These include both isolation and quarantine, either on a voluntary basis or enforced. In the transition from voluntary to mandatory isolation, conflicts arise at the intersection of ethics, human rights and the law. The Siracusa Principles adopted by the United Nations Economic and Social Council in 1985 and enshrined in international human rights legislation and guidelines specify conditions under which civil liberties may be infringed. In order for isolation processes in South Africa to claim legitimacy, it is important that these principles as well as national laws and constitutional rights are embedded in state action.

Clinical Ethics Committees (CECs) are well established at healthcare institutions in resource-rich countries. However, there is limited information on established CECs in resource poor countries, especially in Africa. This study aimed to establish baseline data regarding existing formal CECs in Africa to raise awareness of and to encourage the establishment of CECs or Clinical Ethics Consultation Services (CESs) on the continent.A descriptive study was undertaken using an online questionnaire via SunSurveys to survey healthcare professionals and bioethicists in Africa. Data were subjected to descriptive analysis and Fischer's exact test was applied to determine associations. Texts from the open-ended questions were thematically analysed.In total 109 participants from 37 African countries completed the survey in December 2019. A significant association was found between participants' bioethics qualification or training and involvement in clinical ethics (p = 0.005). All participants were familiar with Research Ethics Committees (RECs), and initially conflated RECs with CECs. When CECs were explained in detail, approximately 85.3% reported that they had no formal CECs in their institutions. The constraints to developing CECs included lack of training, limited resources, and lack of awareness of CECs. However, the majority of participants (81.7%) were interested in establishing CECs. Participants listed assistance required in establishing CECs including funding, resources, capacity building and collaboration with other known CECs. The results do not reflect CECs established since the onset of COVID-19 in Africa.This study provides a first look into CECs in Africa and found very few formal CECs on the continent indicating an urgent need for the establishment of CECs or CESs in Africa. While the majority of healthcare professionals and bioethicists are aware of ethical dilemmas in healthcare, the concept of formal CECs is foreign. This study served to raise awareness of CECs. Research ethics and RECs overshadow CECs in Africa because international funders from the global north support capacity development in research ethics and establish RECs to approve the research they fund in Africa. Raising awareness via educational opportunities, research and conferences about CECs and their role in improving the quality of health care in Africa is sorely needed.

The World Health Organization (WHO) has put forth recommendations for the use of integrase (IN) strand transfer inhibitors (INSTIs) to be part of the first-line combination antiretroviral therapy regimen to treat HIV infections. The knowledge of pretreatment drug resistance against INSTIs is still scarce in resource-limited settings (RLS). We characterized the integrase gene to identify resistance-associated mutations (RAMs) in 56 INSTI-naive patient viral sequences from Cameroon. Study analysis used 37 sequences with fragment size ≥500 bp or of good quality .The majority of the sequences were identified as CRF02_AG 54.% (n = 20/37) and 45.9% (n = 17/37), other subtype viral sequences include (A, CRF36_cpx, F,G, and C). A total of 18.9% (n = 7/37) of the sequences had RAMs, with only 5.4% (n = 2/37) having major RAMs (Y143R/C/D/G and P145S), against INSTIs. Accessory RAMs were present in 8.1% (n = 3/37) of the sequences, of which one sequence contained solely E157Q, and another Q95K. One patient sequence had three accessory RAMs (G140E, E157Q, and G163R). We identified major RAMs to INSTIs, which might have a potential clinical impact to dolutegravir rollout in RLS, including Cameroon. This is the first study to describe RAMs among INSTI-naive people living with HIV-1 (PLHIV-1) infected with CRF02_AG and other subtypes in Cameroon.

Abstract The Covid‐19 pandemic has sparked rapid and voluminous production of bioethics commentary in popular media and academic publications. Many of the discussions are new twists on an old theme: how to fairly allocate scarce medical resources, such as ventilators and intensive care unit beds. In this essay, we do not add another allocation scheme to the growing pile, partly out of appreciation that such schemes should be products of inclusive and transparent community engagement and partly out of recognition of their limited utility for physicians working in the field. Instead, we make the more modest claim that context matters when making such decisions and, more specifically, that recommendations from high‐income countries about fair allocation during Covid‐19 should not be cut and pasted into low‐income settings. We offer a few examples of why seemingly universal, well‐intentioned ethical recommendations could have adverse consequences if unreflectively applied in sub‐Saharan Africa .

As COVID-19 spreads rapidly across Africa, causing havoc to economies and disruption to already fragile healthcare systems, it is becoming clear that despite standardised global health strategies, national and local government responses must be tailored to their individual settings. Some African countries have adopted stringent measures such as national lockdown, quarantine or isolation, in combination with good hand hygiene, mandatory wearing of masks and physical distancing, to prevent an impending healthcare crisis. The impact of stringent measures in low- to middle-income African countries has bought time for healthcare facilities to prepare for the onslaught of COVID-19 cases, but some measures have been challenging to implement. In some settings, public health measures have been associated with serious violations of individual rights owing to abuse of power and gaps in implementation of well-intentioned policy. Collateral damage with regard to non-COVID-19 diseases that were suboptimally managed in pre-pandemic times may mean that lives lost from other diseases could exceed those saved from COVID-19. While individuals complying with lockdown regulations have embraced an acceptance of the concept of the common good, at a broad community level many are finding the transition from individualism to collective thinking required during a pandemic difficult to navigate. In this article, we look at government responses to the pandemic in six African countries (Malawi, South Africa, Uganda, Zambia, Zimbabwe and Botswana), and highlight ethical concerns arising in these contexts.