Abstract Visceral adiposity is a risk factor for severe COVID-19, and a link between adipose tissue infection and disease progression has been proposed. Here we demonstrate that SARS-CoV-2 infects human adipose tissue and undergoes productive infection in fat cells. However, susceptibility to infection and the cellular response depends on the anatomical origin of the cells and the viral lineage. Visceral fat cells express more ACE2 and are more susceptible to SARS-CoV-2 infection than their subcutaneous counterparts. SARS-CoV-2 infection leads to inhibition of lipolysis in subcutaneous fat cells, while in visceral fat cells, it results in higher expression of pro-inflammatory cytokines. Viral load and cellular response are attenuated when visceral fat cells are infected with the SARS-CoV-2 gamma variant. A similar degree of cell death occurs 4-days after SARS-CoV-2 infection, regardless of the cell origin or viral lineage. Hence, SARS-CoV-2 infects human fat cells, replicating and altering cell function and viability in a depot- and viral lineage-dependent fashion.

Abstract Esophageal squamous cell carcinoma (ESCA) exhibits high intratumoral molecular heterogeneity posing a challenge to cancer therapy. Immune checkpoint blockade therapy has been approved for this disease, but with modest results. RNA-Seq data from paired tumor and surrounding nonmalignant tissue from 14 patients diagnosed with ESCA without previous treatment and from The Cancer Genome Atlas-ESCA cohort were analyzed. Herein, we investigated ESCA immune landscape including mutation-derived neoantigens and immune cell subpopulations. Tumor-associated antigen expression was determined by in silico analyses and confirmed by immunohistochemistry showing that PRAME, CEACAM4, and MAGEA11 proteins are expressed on tumors. Immune checkpoint molecules gene expression was higher in the tumor compared with surrounding nonmalignant tissue, but its expression varies greatly among patients. TCR repertoire and BCR transcripts analysis evidenced low clonal diversity with one TCR clone predicted to be specific for a MAGEA11-derived peptide. A high number of B-cell clones infiltrating the tumors and the abundance of these cells in tertiary lymphoid structures observed in ESCA tumors support B cells as a potential immune modulator in this tumor.

The poor prognosis of head and neck cancer (HNC) is associated with metastasis within the lymph nodes (LNs). Herein, the proteome of 140 multisite samples from a 59-HNC patient cohort, including primary and matched LN-negative or -positive tissues, saliva, and blood cells, reveals insights into the biology and potential metastasis biomarkers that may assist in clinical decision-making. Protein profiles are strictly associated with immune modulation across datasets, and this provides the basis for investigating immune markers associated with metastasis. The proteome of LN metastatic cells recapitulates the proteome of the primary tumor sites. Conversely, the LN microenvironment proteome highlights the candidate prognostic markers. By integrating prioritized peptide, protein, and transcript levels with machine learning models, we identify nodal metastasis signatures in blood and saliva. We present a proteomic characterization wiring multiple sites in HNC, thus providing a promising basis for understanding tumoral biology and identifying metastasis-associated signatures.

SARS-CoV-2 variants of concern have emerged since the COVID-19 outburst, notably the lineages detected in the UK, South Africa, and Brazil. Their increased transmissibility and higher viral load put them in the spotlight. Much has been investigated on the ability of those new variants to evade antibody recognition. However, little attention has been given to pre-existing and induced SARS-CoV-2-specific CD8+ T cell responses by new lineages. In this work, we predicted SARS-CoV-2-specific CD8+ T cell epitopes from the main variants of concern and their potential to trigger or hinder CD8+ T cell response by using HLA binding and TCR reactivity in silico predictions. Also, we estimated the population's coverage for different lineages, which accounts for the ability to present a set of peptides based on the most frequent HLA alleles of a given population. We considered binding predictions to 110 ccClass I HLA alleles from 29 countries to investigate differences in the fraction of individuals expected to respond to a given epitope set from new and previous lineages. We observed a higher population coverage for the variant detected in the UK (B.1.1.7), and South Africa (B.1.351), as well as for the Brazilian P.1 lineage, but not P.2, compared to the reference lineage. Moreover, individual mutations such as Spike N501Y and Nucleocapsid D138Y were predicted to have an overall stronger affinity through HLA-I than the reference sequence while Spike E484K shows signs of evasion. In summary, we provided evidence for the existence of potentially immunogenic and conserved epitopes across new SARS-CoV-2 variants, but also mutant peptides exhibiting diminished or abolished HLA-I binding. It also highlights the augmented population coverage for three new lineages. Whether these changes imply more T cell reactivity or potential to evade from CD8+ T cell responses requires experimental verification.

Neutrophils rapidly infiltrate sites of infection and possess several microbicidal strategies, such as neutrophil extracellular traps release and phagocytosis. Enhanced neutrophil infiltration is associated with higher susceptibility to Leishmania infection, but neutrophil effector response contribution to this phenotype is uncertain. Here, we show that neutrophils from susceptible BALB/c mice (B/c) produce more NETs in response to Leishmania major than those from resistant C57BL/6 mice (B6), which are more phagocytic. The absence of neutrophil elastase contributes to phagocytosis regulation. Microarray analysis shows enrichment of genes involved in NET formation (mpo, pi3kcg, il1b) in B/c, while B6 shows upregulation of genes involved in phagocytosis and cell death (Arhgap12, casp9, mlkl, FasL). scRNA-seq in L . major -infected B6 showed heterogeneity in the pool of intralesional neutrophils, and we identified the N1 subset as the putative subpopulation involved with phagocytosis. In vivo, imaging validates NET formation in infected B/c ears where NETing neutrophils were mainly uninfected cells. NET digestion in vivo augmented parasite lymphatic drainage. Hence, a balance between NET formation and phagocytosis in neutrophils may contribute to the divergent phenotype observed in these mice.

Introduction:Oral cavity tumors are the 5th more frequent neoplasms among men according to INCA's last estimative.The occurrence of metastatic processes during tumor development increases the chances of relapse and hamper the treatment.That said, studying the mechanisms that favour metastasis may help identifying biomarkers associated with this process and ultimately improve treatment. Objective:To analyze in silico the HPV-negative tumors from oral cavity comparing those which and without linfonodal metastasis.Methodology: 20 samples from a collaborator's cohort (AC Camargo -ACC) and 22 samples from The Cancer Genome Atlas (TCGA) were analyzed.The raw data from ACC was filtered and quality checked using FastQC and Trimmomatic, respectively.The ACC reads were then aligned against the human genome GRCh38 using star method and genes were counted with RSEM package.TCGA cohort already possess pre-processed data.Differentially expressed genes were evaluated by DESeq2, the enriched pathways by Webgestalt and tumor microenvironment by xCell.Exclusively for the TCGA available data, the HLA-I alleles were identified by Optitype and subsequent neoantigen prediction was accomplished by netMHCpan.T and B-cell receptors (TCR and BCR) repertoire were identified and analyzed by MiXCR. Results:We identified 186 DEG for the TCGA cohort, 127 for the ACC and 3 DEG shared genes, from which two of them up-regulated in the same condition: PIWIL2 (up-regulated in the non metastatic group) and ADH1B (up-regulated in the metastatic group).The immune population with the highest correlation coefficient was the memory CD4 T-cell (Pearson: -0,78 in ACC and -0,71 in TCGA) which signature is enriched in the non metastatic group.A prolymphocyte B signature had an elevated correlation coefficient (Pearson: 0,77 in TCGA cohort) with the metastatic outcome.A higher clone number of TCR alpha (p<0,01) and beta (p<0,001) chains was identified in the non metastatic group.There was no difference between mutation and neoantigen load between groups.Moreover, the sample with higher mutation burden was also the solely bearing a damaging mutation in the antigen processing and presentation pathway.In total, 4 samples had mutations in DNA repair pathways, representing the 4 with higher neoantigen burden.Pathway enrichment analysis as well as correlations between immune populations are currently underway. Conclusion:The results suggest an association between memory CD4 T-cells and metastasisfree disease.The individual analysis of each sample indicates putative mechanisms of immune escape, for example, the mutated protein in the antigen processing and presentation pathway.

Skin health and longevity are a reflection of the skin's functionality and metabolism, which are controlled by a complex connection between genetic background and environmental conditions, reflecting the tissue's epigenomic, transcriptomic, proteomic, lipidomic, glycomic, and metabolomic profiles. It is increasingly clear that the manipulation of at least some components of this complex web may be effective in promoting the functional and/or molecular rejuvenation of a biological tissue. Epigenetic markers have been consolidated as parameters to assess skin biological age, health, and function. More recently, epigenetic alterations have also been recognized as actionable targets to manipulate gene expression and therefore skin phenotype. In the Epigenetics and Cosmetics book chapter, epigenetics basics are revisited, as well as the methods to assess epigenetic changes in biological samples. The epigenetic particularities of the skin and their modifications throughout aging are presented. Biological clocks are discussed, as well as the current efforts to calculate skin biological age and to harness such information to foster cosmetic product development. Finally, commercially available cosmetic ingredients that act through epigenetic modulation are presented, as well as perspectives in the theme.