The SARS-CoV-2 B.1.617 lineage was identified in October 2020 in India1–5. Since then, it has become dominant in some regions of India and in the UK, and has spread to many other countries6. The lineage includes three main subtypes (B1.617.1, B.1.617.2 and B.1.617.3), which contain diverse mutations in the N-terminal domain (NTD) and the receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein that may increase the immune evasion potential of these variants. B.1.617.2—also termed the Delta variant—is believed to spread faster than other variants. Here we isolated an infectious strain of the Delta variant from an individual with COVID-19 who had returned to France from India. We examined the sensitivity of this strain to monoclonal antibodies and to antibodies present in sera from individuals who had recovered from COVID-19 (hereafter referred to as convalescent individuals) or who had received a COVID-19 vaccine, and then compared this strain with other strains of SARS-CoV-2. The Delta variant was resistant to neutralization by some anti-NTD and anti-RBD monoclonal antibodies, including bamlanivimab, and these antibodies showed impaired binding to the spike protein. Sera collected from convalescent individuals up to 12 months after the onset of symptoms were fourfold less potent against the Delta variant relative to the Alpha variant (B.1.1.7). Sera from individuals who had received one dose of the Pfizer or the AstraZeneca vaccine had a barely discernible inhibitory effect on the Delta variant. Administration of two doses of the vaccine generated a neutralizing response in 95% of individuals, with titres three- to fivefold lower against the Delta variant than against the Alpha variant. Thus, the spread of the Delta variant is associated with an escape from antibodies that target non-RBD and RBD epitopes of the spike protein. The SARS-CoV-2 Delta variant partially evades neutralization by several monoclonal antibodies and by sera from individuals who have had COVID-19, but two doses of anti-COVID-19 vaccines still generate a strong neutralizing response.

The SARS-CoV-2 Omicron variant was first identified in November 2021 in Botswana and South Africa1–3. It has since spread to many countries and is expected to rapidly become dominant worldwide. The lineage is characterized by the presence of around 32 mutations in spike—located mostly in the N-terminal domain and the receptor-binding domain—that may enhance viral fitness and enable antibody evasion. Here we isolated an infectious Omicron virus in Belgium from a traveller returning from Egypt. We examined its sensitivity to nine monoclonal antibodies that have been clinically approved or are in development4, and to antibodies present in 115 serum samples from COVID-19 vaccine recipients or individuals who have recovered from COVID-19. Omicron was completely or partially resistant to neutralization by all monoclonal antibodies tested. Sera from recipients of the Pfizer or AstraZeneca vaccine, sampled five months after complete vaccination, barely inhibited Omicron. Sera from COVID-19-convalescent patients collected 6 or 12 months after symptoms displayed low or no neutralizing activity against Omicron. Administration of a booster Pfizer dose as well as vaccination of previously infected individuals generated an anti-Omicron neutralizing response, with titres 6-fold to 23-fold lower against Omicron compared with those against Delta. Thus, Omicron escapes most therapeutic monoclonal antibodies and, to a large extent, vaccine-elicited antibodies. However, Omicron is neutralized by antibodies generated by a booster vaccine dose. An isolate of the Omicron variant of SARS-COV-2 was completely or partially resistant to neutralization by all nine clinically approved monoclonal antibodies tested.

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.7 and B.1.351 variants were first identified in the United Kingdom and South Africa, respectively, and have since spread to many countries. These variants harboring diverse mutations in the gene encoding the spike protein raise important concerns about their immune evasion potential. Here, we isolated infectious B.1.1.7 and B.1.351 strains from acutely infected individuals. We examined sensitivity of the two variants to SARS-CoV-2 antibodies present in sera and nasal swabs from individuals infected with previously circulating strains or who were recently vaccinated, in comparison with a D614G reference virus. We utilized a new rapid neutralization assay, based on reporter cells that become positive for GFP after overnight infection. Sera from 58 convalescent individuals collected up to 9 months after symptoms, similarly neutralized B.1.1.7 and D614G. In contrast, after 9 months, convalescent sera had a mean sixfold reduction in neutralizing titers, and 40% of the samples lacked any activity against B.1.351. Sera from 19 individuals vaccinated twice with Pfizer Cominarty, longitudinally tested up to 6 weeks after vaccination, were similarly potent against B.1.1.7 but less efficacious against B.1.351, when compared to D614G. Neutralizing titers increased after the second vaccine dose, but remained 14-fold lower against B.1.351. In contrast, sera from convalescent or vaccinated individuals similarly bound the three spike proteins in a flow cytometry-based serological assay. Neutralizing antibodies were rarely detected in nasal swabs from vaccinees. Thus, faster-spreading SARS-CoV-2 variants acquired a partial resistance to neutralizing antibodies generated by natural infection or vaccination, which was most frequently detected in individuals with low antibody levels. Our results indicate that B1.351, but not B.1.1.7, may increase the risk of infection in immunized individuals.

Abstract SARS-CoV-2 B.1.1.7 and B.1.351 variants emerged respectively in United Kingdom and South Africa and spread in many countries. Here, we isolated infectious B.1.1.7 and B.1.351 strains and examined their sensitivity to anti-SARS-CoV-2 antibodies present in sera and nasal swabs, in comparison with a D614G reference virus. We established a novel rapid neutralization assay, based on reporter cells that become GFP+ after overnight infection. B.1.1.7 was neutralized by 79/83 sera from convalescent patients collected up to 9 months post symptoms, almost similar to D614G. There was a mean 6-fold reduction in titers and even loss of activity against B.1.351 in 40% of convalescent sera after 9 months. Early sera from 19 vaccinated individuals were almost as potent against B.1.1.7 but less efficacious against B.1.351, when compared to D614G. Nasal swabs from vaccine recipients were not neutralizing, except in individuals who were diagnosed COVID-19+ before vaccination. Thus, faster-spreading variants acquired a partial resistance to humoral immunity generated by natural infection or vaccination, mostly visible in individuals with low antibody levels.

Convergent evolution of SARS-CoV-2 Omicron BA.2, BA.4 and BA.5 lineages has led to the emergence of several new subvariants, including BA.2.75.2, BA.4.6. and BQ.1.1. The subvariants BA.2.75.2 and BQ.1.1 are expected to become predominant in many countries in November 2022. They carry an additional and often redundant set of mutations in the spike, likely responsible for increased transmissibility and immune evasion. Here, we established a viral amplification procedure to easily isolate Omicron strains. We examined their sensitivity to 6 therapeutic monoclonal antibodies (mAbs) and to 72 sera from Pfizer BNT162b2-vaccinated individuals, with or without BA.1/BA.2 or BA.5 breakthrough infection. Ronapreve (Casirivimab and Imdevimab) and Evusheld (Cilgavimab and Tixagevimab) lost any antiviral efficacy against BA.2.75.2 and BQ.1.1, whereas Xevudy (Sotrovimab) remained weakly active. BQ.1.1 was also resistant to Bebtelovimab. Neutralizing titers in triply vaccinated individuals were low to undetectable against BQ.1.1 and BA.2.75.2, 4 months after boosting. A BA.1/BA.2 breakthrough infection increased these titers, which remained about 18-fold lower against BA.2.75.2 and BQ.1.1, than against BA.1. Reciprocally, a BA.5 breakthrough infection increased more efficiently neutralization against BA.5 and BQ.1.1 than against BA.2.75.2. Thus, the evolution trajectory of novel Omicron subvariants facilitated their spread in immunized populations and raises concerns about the efficacy of most currently available mAbs.

Abstract SARS-CoV-2 lineages are continuously evolving. As of December 2021, the AY.4.2 Delta sub-lineage represented 20 % of sequenced strains in UK and has been detected in dozens of countries. It has since then been supplanted by the Omicron variant. AY.4.2 displays three additional mutations (T95I, Y145H and A222V) in the N-terminal domain (NTD) of the spike when compared to the original Delta variant (B.1.617.2) and remains poorly characterized. Here, we analyzed the fusogenicity of the AY.4.2 spike and the sensitivity of an authentic AY.4.2 isolate to neutralizing antibodies. The AY.4.2 spike exhibited similar fusogenicity and binding to ACE2 than Delta. The sensitivity of infectious AY.4.2 to a panel of monoclonal neutralizing antibodies was similar to Delta, except for the anti-RBD Imdevimab, which showed incomplete neutralization. Sensitivity of AY.4.2 to sera from individuals having received two or three doses of Pfizer or two doses of AstraZeneca vaccines was reduced by 1.7 to 2.1 fold, when compared to Delta. Our results suggest that mutations in the NTD remotely impair the efficacy of anti-RBD antibodies. The temporary spread of AY.4.2 was not associated with major changes in spike function but rather to a partially reduced neutralization sensitivity.

Il primo paziente ufficiale con infezione respiratoria da SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) è stato segnalato il 17 novembre 2019 a Wuhan (Cina). Pochi mesi dopo, si sviluppa la pandemia e l'importanza dei disturbi olfattivi appare come un indicatore della malattia dopo che il virus ha presentato una mutazione sotto forma di variante G614. Poi la prevalenza della disosmia subisce variazioni significative a seconda delle varianti (Alfa, Gamma, Omicron). La percentuale di recupero dell'olfatto varia tra gli studi; è in media dell'80% a 3 mesi e del 95% a 2 anni. La fisiopatologia della disosmia si basa su un danno preferenziale alle cellule di sostegno, talvolta associato a un danno dei neuroni olfattivi primari. Il danno centrale è dibattuto, ma le riorganizzazioni funzionali olfattive centrali quando la perdita olfattiva persiste stanno cominciando a essere dimostrate dalla risonanza magnetica funzionale. Sono stati descritti con una bassa prevalenza anche altri sintomi oto-rino-laringoiatrici legati all'infezione da SARS-CoV-2: disturbi dell'equilibrio, vertigini, acufeni e sordità neurosensoriale. Citiamo per dovere di cronaca le complicanze laringee legate all'intubazione prolungata.

Recently, both the WHO/IARC (World Health Organisation/International Agency for Research on Cancer) and the American Joint Committee on Cancer (AJCC) have classified the oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC) on the basis of HPV status. For this purpose, the WHO/IARC recommended direct molecular HPV testing. In practice, formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) biopsy specimens are frequently the only available samples. We herein compared in parallel two commercially available molecular assays that were firstly designed for cervical HPV detection and genotyping: Inno-Lipa® HPV genotyping extra II assay (Fujirebio, Gent, Belgium) (IL) and AnyplexTM II HPV 28 (Seegene, Seoul, South Korea) (AP28). Both assays were carried out on the same DNA extracts obtained from prospectively collected FFPE biopsies from OPSCC origin and results were compared. A total of 55 samples were tested. By IL assay, chosen as reference assay, 27 (49.1%) biopsies were positive for HPV16, 10 (18.2%) were positive for HPV but negative for HPV16, and 18 (32.7%) were negative for HPV. A valid result with AP28 was obtained for 51 biopsy samples (92.7%). Among 37 HPV-positive samples by IL, 33 (89.2%) were positive by AP28. The agreement between both assays was good (Cohen's k = 0.78). Among the six discrepancies between assays, always associated with low HPV16 viral load, four biopsies positive for HPV16 by IL could not be detected by AP28. Taken together, these observations demonstrate that both assays could be used in routine for HPV detection and genotyping on FFPE-biopsy samples of head and neck tumour.

Abstract The SARS-CoV-2 B.1.617 lineage emerged in October 2020 in India 1–6 . It has since then become dominant in some indian regions and further spread to many countries. The lineage includes three main subtypes (B1.617.1, B.1617.2 and B.1.617.3), which harbour diverse Spike mutations in the N-terminal domain (NTD) and the receptor binding domain (RBD) which may increase their immune evasion potential. B.1.617.2 is believed to spread faster than the other versions. Here, we isolated infectious B.1.617.2 from a traveller returning from India. We examined its sensitivity to monoclonal antibodies (mAbs) and to antibodies present in sera from COVID-19 convalescent individuals or vaccine recipients, in comparison to other viral lineages. B.1.617.2 was resistant to neutralization by some anti-NTD and anti-RBD mAbs, including Bamlanivimab, which were impaired in binding to the B.1.617.2 Spike. Sera from convalescent patients collected up to 12 months post symptoms and from Pfizer Comirnaty vaccine recipients were 3 to 6 fold less potent against B.1.617.2, relative to B.1.1.7. Sera from individuals having received one dose of AstraZeneca Vaxzevria barely inhibited B.1.617.2. Thus, B.1.617.2 spread is associated with an escape to antibodies targeting non-RBD and RBD Spike epitopes.

The SARS-CoV-2 Omicron variant was first identified in November 2021 in Botswana and South Africa 1,2 . It has in the meantime spread to many countries and is expected to rapidly become dominant worldwide. The lineage is characterized by the presence of about 32 mutations in the Spike, located mostly in the N-terminal domain (NTD) and the receptor binding domain (RBD), which may enhance viral fitness and allow antibody evasion. Here, we isolated an infectious Omicron virus in Belgium, from a traveller returning from Egypt. We examined its sensitivity to 9 monoclonal antibodies (mAbs) clinically approved or in development 3 , and to antibodies present in 90 sera from COVID-19 vaccine recipients or convalescent individuals. Omicron was totally or partially resistant to neutralization by all mAbs tested. Sera from Pfizer or AstraZeneca vaccine recipients, sampled 5 months after complete vaccination, barely inhibited Omicron. Sera from COVID-19 convalescent patients collected 6 or 12 months post symptoms displayed low or no neutralizing activity against Omicron. Administration of a booster Pfizer dose as well as vaccination of previously infected individuals generated an anti-Omicron neutralizing response, with titers 5 to 31 fold lower against Omicron than against Delta. Thus, Omicron escapes most therapeutic monoclonal antibodies and to a large extent vaccine-elicited antibodies.