In March 2003, a novel coronavirus (SARS-CoV) was discovered in association with cases of severe acute respiratorysyndrome (SARS). The sequence of the complete genome of SARS-CoV was determined, and the initial characterization of the viral genome is presented in this report. The genome of SARS-CoV is 29,727 nucleotides in length and has 11 open reading frames, and its genome organization is similar to that of other coronaviruses. Phylogenetic analyses and sequence comparisons showed that SARS-CoV is not closelyrelated to anyof the previouslycharacterized coronaviruses.

Abstract Background Severe acute respiratory syndrome (SARS) is caused by a newly discovered coronavirus (SARS-CoV). No effective prophylactic or post-exposure therapy is currently available. Results We report, however, that chloroquine has strong antiviral effects on SARS-CoV infection of primate cells. These inhibitory effects are observed when the cells are treated with the drug either before or after exposure to the virus, suggesting both prophylactic and therapeutic advantage. In addition to the well-known functions of chloroquine such as elevations of endosomal pH, the drug appears to interfere with terminal glycosylation of the cellular receptor, angiotensin-converting enzyme 2. This may negatively influence the virus-receptor binding and abrogate the infection, with further ramifications by the elevation of vesicular pH, resulting in the inhibition of infection and spread of SARS CoV at clinically admissible concentrations. Conclusion Chloroquine is effective in preventing the spread of SARS CoV in cell culture. Favorable inhibition of virus spread was observed when the cells were either treated with chloroquine prior to or after SARS CoV infection. In addition, the indirect immunofluorescence assay described herein represents a simple and rapid method for screening SARS-CoV antiviral compounds.

A paramyxovirus virus termed Nipah virus has been identified as the etiologic agent of an outbreak of severe encephalitis in people with close contact exposure to pigs in Malaysia and Singapore. The outbreak was first noted in late September 1998 and by mid-June 1999, more than 265 encephalitis cases, including 105 deaths, had been reported in Malaysia, and 11 cases of encephalitis or respiratory illness with one death had been reported in Singapore. Electron microscopic, serologic, and genetic studies indicate that this virus belongs to the family Paramyxoviridae and is most closely related to the recently discovered Hendra virus. We suggest that these two viruses are representative of a new genus within the family Paramyxoviridae. Like Hendra virus, Nipah virus is unusual among the paramyxoviruses in its ability to infect and cause potentially fatal disease in a number of host species, including humans.

Between February and April, 1999, an outbreak of viral encephalitis occurred among pig-farmers in Malaysia. We report findings for the first three patients who died.Samples of tissue were taken at necropsy. Blood and cerebrospinal-fluid (CSF) samples taken before death were cultured for viruses, and tested for antibodies to viruses.The three pig-farmers presented with fever, headache, and altered level of consciousness. Myoclonus was present in two patients. There were signs of brainstem dysfunction with hypertension and tachycardia. Rapid deterioration led to irreversible hypotension and death. A virus causing syncytial formation of vero cells was cultured from the CSF of two patients after 5 days; the virus stained positively with antibodies against Hendra virus by indirect immunofluorescence. IgM capture ELISA showed that all three patients had IgM antibodies in CSF against Hendra viral antigens. Necropsy showed widespread microinfarction in the central nervous system and other organs resulting from vasculitis-induced thrombosis. There was no clinical evidence of pulmonary involvement. Inclusion bodies likely to be of viral origin were noted in neurons near vasculitic blood vessels.The causative agent was a previously undescribed paramyxovirus related to the Hendra virus. Close contact with infected pigs may be the source of the viral transmission. Clinically and epidemiologically the infection is distinct from infection by the Hendra virus. We propose that this Hendra-like virus was the cause of the outbreak of encephalitis in Malaysia.

In May 1993 an outbreak of severe respiratory illness occurred in the southwestern United States. A previously unknown hantavirus was identified as the cause. In Asia hantaviruses are associated with hemorrhagic fever and renal disease. They have not been known as a cause of human disease in North America.We analyzed clinical, laboratory, and autopsy data on the first 17 persons with confirmed infection from this newly recognized strain of hantavirus.The mean age of the patients was 32.2 years (range, 13 to 64); 61 percent were women, 72 percent were Native American, 22 percent white, and 6 percent Hispanic. The most common prodromal symptoms were fever and myalgia (100 percent), cough or dyspnea (76 percent), gastrointestinal symptoms (76 percent), and headache (71 percent). The most common physical findings were tachypnea (100 percent), tachycardia (94 percent), and hypotension (50 percent). The laboratory findings included leukocytosis (median peak cell count, 26,000 per cubic millimeter), often with myeloid precursors, an increased hematocrit, thrombocytopenia (median lowest platelet count, 64,000 per cubic millimeter), prolonged prothrombin and partial-thromboplastin times, an elevated serum lactate dehydrogenase concentration, decreased serum protein concentrations, and proteinuria. Rapidly progressive acute pulmonary edema developed in 15 of the 17 patients (88 percent), and 13 patients, all of whom had profound hypotension, died (case fatality rate, 76 percent). Increases in the hematocrit and partial-thromboplastin time were predictive of death.Infection with a newly described hantavirus causes the hantavirus pulmonary syndrome, which is characterized by a brief prodromal illness followed by rapidly progressive, noncardiogenic pulmonary edema.

In July and September 2007, miners working in Kitaka Cave, Uganda, were diagnosed with Marburg hemorrhagic fever. The likely source of infection in the cave was Egyptian fruit bats (Rousettus aegyptiacus) based on detection of Marburg virus RNA in 31/611 (5.1%) bats, virus-specific antibody in bat sera, and isolation of genetically diverse virus from bat tissues. The virus isolates were collected nine months apart, demonstrating long-term virus circulation. The bat colony was estimated to be over 100,000 animals using mark and re-capture methods, predicting the presence of over 5,000 virus-infected bats. The genetically diverse virus genome sequences from bats and miners closely matched. These data indicate common Egyptian fruit bats can represent a major natural reservoir and source of Marburg virus with potential for spillover into humans.

Abstract The etiologic agent of an outbreak of pneumonia in Wuhan, China, was identified as severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in January 2020. A patient in the United States was given a diagnosis of infection with this virus by the state of Washington and the US Centers for Disease Control and Prevention on January 20, 2020. We isolated virus from nasopharyngeal and oropharyngeal specimens from this patient and characterized the viral sequence, replication properties, and cell culture tropism. We found that the virus replicates to high titer in Vero-CCL81 cells and Vero E6 cells in the absence of trypsin. We also deposited the virus into 2 virus repositories, making it broadly available to the public health and research communities. We hope that open access to this reagent will expedite development of medical countermeasures.

We retrospectively investigated two outbreaks of encephalitis in Meherpur and Naogaon, Bangladesh, which occurred in 2001 and 2003. We collected serum samples from persons who were ill, their household contacts, randomly selected residents, hospital workers, and various animals. Cases were classified as laboratory confirmed or probable. We identified 13 cases (4 confirmed, 9 probable) in Meherpur; 7 were in persons in two households. Patients were more likely than nonpatients to have close contact with other patients or have contact with a sick cow. In Naogaon, we identified 12 cases (4 confirmed, 8 probable); 7 were in persons clustered in 2 households. Two Pteropus bats had antibodies for Nipah virus. Samples from hospital workers were negative for Nipah virus antibodies. These outbreaks, the first since 1999, suggest that transmission may occur through close contact with other patients or from exposure to a common source. Surveillance and enhancement of diagnostic capacity to detect Nipah virus infection are recommended.

During January and February 2001, an outbreak of febrile illness associated with altered sensorium was observed in Siliguri, West Bengal, India. Laboratory investigations at the time of the outbreak did not identify an infectious agent. Because Siliguri is in close proximity to Bangladesh, where outbreaks of Nipah virus (NiV) infection were recently described, clinical material obtained during the Siliguri outbreak was retrospectively analyzed for evidence of NiV infection. NiV-specific immunoglobulin M (IgM) and IgG antibodies were detected in 9 of 18 patients. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assays detected RNA from NiV in urine samples from 5 patients. Sequence analysis confirmed that the PCR products were derived from NiV RNA and suggested that the NiV from Siliguri was more closely related to NiV isolates from Bangladesh than to NiV isolates from Malaysia. NiV infection has not been previously detected in India.

An outbreak of hantavirus pulmonary syndrome (HPS) in the southwestern United States was etiologically linked to a newly recognized hantavirus. Knowledge that hantaviruses are maintained in rodent reservoirs stimulated a field and laboratory investigation of 1696 small mammals of 31 species. The most commonly captured rodent, the deer mouse (Peromyscus maniculatus), had the highest antibody prevalence (30%) to four hantavirus antigens. Antibody also was detected in 10 other species of rodent and in 1 species of rabbit. Reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) products of hantavirus from rodent tissues were indistinguishable from those from human HPS patients. More than 96% of the seropositive P. maniculatus were positive by RT-PCR, suggesting chronic infection. Antibody prevalences were similar among P. maniculatus trapped from Arizona (33%), New Mexico (29%), and Colorado (29%). The numeric dominance of P. maniculatus, the high prevalence of antibody, and the RT-PCR findings implicate this species as the primary rodent reservoir for a new hantavirus in the southwestern United States.