Abstract The emergence and rapid spread of SARS-CoV-2 variants may impact vaccine efficacy significantly 1 . The Omicron variant termed BA.2, which differs genetically substantially from BA.1, is currently replacing BA.1 in several countries, but its antigenic characteristics have not yet been assessed 2,3 . Here, we used antigenic cartography to quantify and visualize antigenic differences between SARS-CoV-2 variants using hamster sera obtained after primary infection. Whereas early variants are antigenically similar, clustering relatively close to each other in antigenic space, Omicron BA.1 and BA.2 have evolved as two distinct antigenic outliers. Our data show that BA.1 and BA.2 both escape (vaccine-induced) antibody responses as a result of different antigenic characteristics. Close monitoring of the antigenic changes of SARS-CoV-2 using antigenic cartography can be helpful in the selection of future vaccine strains.

Clinical responses to EGFR tyrosine kinase inhibitors are restricted only to tumors harboring specific activating mutations and even then, not all tyrosine kinase inhibitors provide clinical benefit. We here show that the addition of EGFR-TKIs results in a strong and rapid intracellular accumulation of the protein. However, this accumulation was observed only in the context of a combination of a TKI-sensitive mutation with a clinically effective TKI: TKI-insensitive mutations did not show this accumulation nor did clinically ineffective TKIs induce accumulation. All TKIs effectively inhibited EGFR phosphorylation and downstream pathway activation, irrespective of the mutation present in EGFR. The discrepancy between molecular activity of TKIs and their efficacy in patients therefore is mimicked by the mutation- and TKI-specificity of intracellular accumulation. Using this intracellular accumulation as assay, we were able to predict response to gefitinib in a panel of cell-lines (harboring different EGFR mutations) and predicted clinical benefit to EGFR TKIs on a cohort of unselected pulmonary adenocarcinoma patients (hazard ratio 0.21, P=0.0004). Even in patients harboring rare mutations with unknown TKI-sensitivity, intracellular accumulation was predictive of the clinical response. The intracellular accumulation depended on a continued presence of TKI indicating that TKIs exert a continued effect on the protein even after its dephosphorylation. It is therefore possible that accumulation is caused by conformational changes induced by both the mutation and the TKI and this change induces a block in intracellular trafficking. Interestingly, intracellular accumulation was observed independent of the genetic background of the cell, indicating that accumulation is almost entirely dictated by the combination of mutation and TKI. Our results therefore suggest that TKI-sensitivity is tumor-type independent.

Abstract Somatic mutations in the isocitrate dehydrogenase genes IDH1 and IDH2 occur at high frequency in several tumour types. Even though these mutations are confined to distinct hotspots, we show that gliomas are the only tumour type with an exceptionally high percentage of IDH1 R132H mutations. This high prevalence is important as IDH1 R132H is presumed to be relatively poor at producing D-2-hydroxyglutarate (D-2HG) whereas high concentrations of this oncometabolite are required to inhibit TET2 DNA demethylating enzymes. Indeed, patients harbouring IDH1 R132H mutated tumours have lower levels of genome-wide DNA-methylation, and an associated increased gene expression, compared to tumours with other IDH1/2 mutations (“non-R132H mutations”). This reduced methylation is seen in multiple tumour types and thus appears independent of site of origin. For 1p/19q non-codeleted glioma patients, we show that this difference is clinically relevant: in samples of the randomised phase III CATNON trial, patients harbouring non-R132H mutated tumours have better outcome (HR 0.41, 95% CI [0.24, 0.71], p=0.0013). Non-R132H mutated tumours also had a significantly lower proportion of tumours assigned to prognostically poor DNA-methylation classes (p<0.001). IDH mutation-type was independent in a multivariable model containing known clinical and molecular prognostic factors. To confirm these observations, we validated the prognostic effect of IDH mutation type on a large independent dataset. The observation that non-R132H mutated 1p/19q non-codeleted gliomas have a more favourable prognosis than their IDH1 R132H mutated counterpart is clinically relevant and should be taken into account for patient prognostication. Single sentence summary Astrocytoma patients with tumours harbouring IDH mutations other than p.R132H have increased DNA methylation levels and longer survival