Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
CV
Charles Vanderburg
Author with expertise in Comprehensive Integration of Single-Cell Transcriptomic Data
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
33
(88% Open Access)
Cited by:
10,388
h-index:
40
/
i10-index:
70
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Exosomal cell-to-cell transmission of alpha synuclein oligomers

Karin Danzer et al.Aug 24, 2012
Aggregation of alpha-synuclein (αsyn) and resulting cytotoxicity is a hallmark of sporadic and familial Parkinson's disease (PD) as well as dementia with Lewy bodies, with recent evidence implicating oligomeric and pre-fibrillar forms of αsyn as the pathogenic species. Recent in vitro studies support the idea of transcellular spread of extracellular, secreted αsyn across membranes. The aim of this study is to characterize the transcellular spread of αsyn oligomers and determine their extracellular location.Using a novel protein fragment complementation assay where αsyn is fused to non-bioluminescent amino-or carboxy-terminus fragments of humanized Gaussia Luciferase we demonstrate here that αsyn oligomers can be found in at least two extracellular fractions: either associated with exosomes or free. Exosome-associated αsyn oligomers are more likely to be taken up by recipient cells and can induce more toxicity compared to free αsyn oligomers. Specifically, we determine that αsyn oligomers are present on both the outside as well as inside of exosomes. Notably, the pathway of secretion of αsyn oligomers is strongly influenced by autophagic activity.Our data suggest that αsyn may be secreted via different secretory pathways. We hypothesize that exosome-mediated release of αsyn oligomers is a mechanism whereby cells clear toxic αsyn oligomers when autophagic mechanisms fail to be sufficient. Preventing the early events in αsyn exosomal release and uptake by inducing autophagy may be a novel approach to halt disease spreading in PD and other synucleinopathies.
0

Validating novel tau positron emission tomography tracer [F‐18]‐AV‐1451 (T807) on postmortem brain tissue

Marta Marquié et al.Sep 7, 2015
To examine region- and substrate-specific autoradiographic and in vitro binding patterns of positron emission tomography tracer [F-18]-AV-1451 (previously known as T807), tailored to allow in vivo detection of paired helical filament-tau-containing lesions, and to determine whether there is off-target binding to other amyloid/non-amyloid proteins.We applied [F-18]-AV-1451 phosphor screen autoradiography, [F-18]-AV-1451 nuclear emulsion autoradiography, and [H-3]-AV-1451 in vitro binding assays to the study of postmortem samples from patients with a definite pathological diagnosis of Alzheimer disease, frontotemporal lobar degeneration-tau, frontotemporal lobar degeneration-transactive response DNA binding protein 43 (TDP-43), progressive supranuclear palsy, corticobasal degeneration, dementia with Lewy bodies, multiple system atrophy, cerebral amyloid angiopathy and elderly controls free of pathology.Our data suggest that [F-18]-AV-1451 strongly binds to tau lesions primarily made of paired helical filaments in Alzheimer brains (eg, intraneuronal and extraneuronal tangles and dystrophic neurites), but does not seem to bind to a significant extent to neuronal and glial inclusions mainly composed of straight tau filaments in non-Alzheimer tauopathy brains or to lesions containing β-amyloid, α-synuclein, or TDP-43. [F-18]-AV-1451 off-target binding to neuromelanin- and melanin-containing cells and, to a lesser extent, to brain hemorrhagic lesions was identified.Our data suggest that [F-18]-AV-1451 holds promise as a surrogate marker for the detection of brain tau pathology in the form of tangles and paired helical filament-tau-containing neurites in Alzheimer brains but also point to its relatively lower affinity for lesions primarily made of straight tau filaments in non-Alzheimer tauopathy cases and to the existence of some [F-18]-AV-1451 off-target binding. These findings provide important insights for interpreting in vivo patterns of [F-18]-AV-1451 retention.
0
Citation567
0
Save
0

Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram

Tommaso Biancalani et al.Oct 28, 2021
Charting an organs’ biological atlas requires us to spatially resolve the entire single-cell transcriptome, and to relate such cellular features to the anatomical scale. Single-cell and single-nucleus RNA-seq (sc/snRNA-seq) can profile cells comprehensively, but lose spatial information. Spatial transcriptomics allows for spatial measurements, but at lower resolution and with limited sensitivity. Targeted in situ technologies solve both issues, but are limited in gene throughput. To overcome these limitations we present Tangram, a method that aligns sc/snRNA-seq data to various forms of spatial data collected from the same region, including MERFISH, STARmap, smFISH, Spatial Transcriptomics (Visium) and histological images. Tangram can map any type of sc/snRNA-seq data, including multimodal data such as those from SHARE-seq, which we used to reveal spatial patterns of chromatin accessibility. We demonstrate Tangram on healthy mouse brain tissue, by reconstructing a genome-wide anatomically integrated spatial map at single-cell resolution of the visual and somatomotor areas. Tangram is a versatile tool for aligning single-cell and single-nucleus RNA-seq data to spatially resolved transcriptomics data using deep learning.
0
Citation410
0
Save
0

De-repression of FOXO3a death axis by microRNA-132 and -212 causes neuronal apoptosis in Alzheimer's disease

Hon Wong et al.Apr 11, 2013
Alzheimer's disease (AD) is a multifactorial and fatal neurodegenerative disorder for which the mechanisms leading to profound neuronal loss are incompletely recognized. MicroRNAs (miRNAs) are recently discovered small regulatory RNA molecules that repress gene expression and are increasingly acknowledged as prime regulators involved in human brain pathologies. Here we identified two homologous miRNAs, miR-132 and miR-212, downregulated in temporal cortical areas and CA1 hippocampal neurons of human AD brains. Sequence-specific inhibition of miR-132 and miR-212 induces apoptosis in cultured primary neurons, whereas their overexpression is neuroprotective against oxidative stress. Using primary neurons and PC12 cells, we demonstrate that miR-132/212 controls cell survival by direct regulation of PTEN, FOXO3a and P300, which are all key elements of AKT signaling pathway. Silencing of these three target genes by RNAi abrogates apoptosis caused by the miR-132/212 inhibition. We further demonstrate that mRNA and protein levels of PTEN, FOXO3a, P300 and most of the direct pro-apoptotic transcriptional targets of FOXO3a are significantly elevated in human AD brains. These results indicate that the miR-132/miR-212/PTEN/FOXO3a signaling pathway contributes to AD neurodegeneration.
0
Citation262
0
Save
Load More