Abstract Currently circulating SARS-CoV-2 variants have acquired convergent mutations at hot spots in the receptor-binding domain 1 (RBD) of the spike protein. The effects of these mutations on viral infection and transmission and the efficacy of vaccines and therapies remains poorly understood. Here we demonstrate that recently emerged BQ.1.1 and XBB.1.5 variants bind host ACE2 with high affinity and promote membrane fusion more efficiently than earlier Omicron variants. Structures of the BQ.1.1, XBB.1 and BN.1 RBDs bound to the fragment antigen-binding region of the S309 antibody (the parent antibody for sotrovimab) and human ACE2 explain the preservation of antibody binding through conformational selection, altered ACE2 recognition and immune evasion. We show that sotrovimab binds avidly to all Omicron variants, promotes Fc-dependent effector functions and protects mice challenged with BQ.1.1 and hamsters challenged with XBB.1.5. Vaccine-elicited human plasma antibodies cross-react with and trigger effector functions against current Omicron variants, despite a reduced neutralizing activity, suggesting a mechanism of protection against disease, exemplified by S309. Cross-reactive RBD-directed human memory B cells remained dominant even after two exposures to Omicron spikes, underscoring the role of persistent immune imprinting.

SARS-CoV-2 Omicron sublineages carry distinct spike mutations and represent an antigenic shift resulting in escape from antibodies induced by previous infection or vaccination. We show that hybrid immunity or vaccine boosters result in potent plasma neutralizing activity against Omicron BA.1 and BA.2 and that breakthrough infections, but not vaccination-only, induce neutralizing activity in the nasal mucosa. Consistent with immunological imprinting, most antibodies derived from memory B cells or plasma cells of Omicron breakthrough cases cross-react with the Wuhan-Hu-1, BA.1 and BA.2 receptor-binding domains whereas Omicron primary infections elicit B cells of narrow specificity. While most clinical antibodies have reduced neutralization of Omicron, we identified an ultrapotent pan-variant antibody, that is unaffected by any Omicron lineage spike mutations and is a strong candidate for clinical development.

Abstract The COVID-19 pandemic brought a new set of unprecedented challenges not only for healthcare, education, and everyday jobs but also in terms of academic conferences. In this study, we investigate the effect of the broad adoption of virtual platforms for academic conferences as a response to COVID-19 restrictions. We show that virtual platforms enable higher participation from underrepresented minority groups, increased inclusion, and broader geographic distribution. We also discuss emerging challenges associated with the virtual conference format resulting in a decreased engagement of social activities, limited possibilities of cross-fertilization between participants, and reduced peer-to-peer interactions. Lastly, we conclude that a novel comprehensive approach needs to be adopted by the conference organizers to ensure increased accessibility, diversity, and inclusivity of post-pandemic conferences. Our findings provide evidence favoring a hybrid format for future conferences, marrying the strength of both in-person and virtual platforms.

Abstract Recent advances in high-throughput sequencing technologies have made it possible to collect and share a massive amount of omics data, along with its associated metadata. Enhancing metadata availability is critical to ensure data reusability and reproducibility and to facilitate novel biomedical discoveries through effective data reuse. Yet, incomplete metadata accompanying public omics data limits the reproducibility and reusability of millions of omics samples. In this study, we performed a comprehensive assessment of metadata completeness shared in both scientific publications and/or public repositories by analyzing over 253 studies encompassing over 164 thousands samples. We observed that studies often omit over a quarter of important phenotypes, with an average of only 74.8% of them shared either in the text of publication or the corresponding repository. Notably, public repositories alone contained 62% of the metadata, surpassing the textual content of publications by 3.5%. Only 11.5% of studies completely shared all phenotypes, while 37.9% shared less than 40% of the phenotypes. Studies involving non-human samples were more likely to share metadata than studies involving human samples. We observed similar results on the extended dataset spanning 2.1 million samples across over 61,000 studies from the Gene Expression Omnibus repository. The limited availability of metadata reported in our study emphasizes the necessity for improved metadata sharing practices and standardized reporting. Finally, we discuss the numerous benefits of improving the availability and quality of metadata to the scientific community abd beyond, supporting data-driven decision-making and policy development in the field of biomedical research.

Currently circulating SARS-CoV-2 variants acquired convergent mutations at receptor-binding domain (RBD) hot spots 1 . Their impact on viral infection, transmission, and efficacy of vaccines and therapeutics remains poorly understood. Here, we demonstrate that recently emerged BQ.1.1. and XBB.1 variants bind ACE2 with high affinity and promote membrane fusion more efficiently than earlier Omicron variants. Structures of the BQ.1.1 and XBB.1 RBDs bound to human ACE2 and S309 Fab (sotrovimab parent) explain the altered ACE2 recognition and preserved antibody binding through conformational selection. We show that sotrovimab binds avidly to all Omicron variants, promotes Fc-dependent effector functions and protects mice challenged with BQ.1.1, the variant displaying the greatest loss of neutralization. Moreover, in several donors vaccine-elicited plasma antibodies cross-react with and trigger effector functions against Omicron variants despite reduced neutralizing activity. Cross-reactive RBD-directed human memory B cells remained dominant even after two exposures to Omicron spikes, underscoring persistent immune imprinting. Our findings suggest that this previously overlooked class of cross-reactive antibodies, exemplified by S309, may contribute to protection against disease caused by emerging variants through elicitation of effector functions.