BackgroundEffective antiviral therapy is important for tackling the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. We assessed the efficacy and safety of combined interferon beta-1b, lopinavir–ritonavir, and ribavirin for treating patients with COVID-19.MethodsThis was a multicentre, prospective, open-label, randomised, phase 2 trial in adults with COVID-19 who were admitted to six hospitals in Hong Kong. Patients were randomly assigned (2:1) to a 14-day combination of lopinavir 400 mg and ritonavir 100 mg every 12 h, ribavirin 400 mg every 12 h, and three doses of 8 million international units of interferon beta-1b on alternate days (combination group) or to 14 days of lopinavir 400 mg and ritonavir 100 mg every 12 h (control group). The primary endpoint was the time to providing a nasopharyngeal swab negative for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 RT-PCR, and was done in the intention-to-treat population. The study is registered with ClinicalTrials.gov, NCT04276688.FindingsBetween Feb 10 and March 20, 2020, 127 patients were recruited; 86 were randomly assigned to the combination group and 41 were assigned to the control group. The median number of days from symptom onset to start of study treatment was 5 days (IQR 3–7). The combination group had a significantly shorter median time from start of study treatment to negative nasopharyngeal swab (7 days [IQR 5–11]) than the control group (12 days [8–15]; hazard ratio 4·37 [95% CI 1·86–10·24], p=0·0010). Adverse events included self-limited nausea and diarrhoea with no difference between the two groups. One patient in the control group discontinued lopinavir–ritonavir because of biochemical hepatitis. No patients died during the study.InterpretationEarly triple antiviral therapy was safe and superior to lopinavir–ritonavir alone in alleviating symptoms and shortening the duration of viral shedding and hospital stay in patients with mild to moderate COVID-19. Future clinical study of a double antiviral therapy with interferon beta-1b as a backbone is warranted.FundingThe Shaw-Foundation, Richard and Carol Yu, May Tam Mak Mei Yin, and Sanming Project of Medicine.

On 31 December 2019, the World Health Organization was informed of a cluster of cases of pneumonia of unknown etiology in Wuhan, China. Subsequent investigations identified a novel coronavirus, now named severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), from the affected patients. Highly sensitive and specific laboratory diagnostics are important for controlling the rapidly evolving SARS-CoV-2-associated coronavirus disease 2019 (COVID-19) epidemic. In this study, we developed and compared the performance of three novel real-time reverse transcription-PCR (RT-PCR) assays targeting the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp)/helicase (Hel), spike (S), and nucleocapsid (N) genes of SARS-CoV-2 with that of the reported RdRp-P2 assay, which is used in >30 European laboratories.

Abstract Background Waning immunity occurs in patients who have recovered from Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). However, it remains unclear whether true re-infection occurs. Methods Whole genome sequencing was performed directly on respiratory specimens collected during 2 episodes of COVID-19 in a patient. Comparative genome analysis was conducted to differentiate re-infection from persistent viral shedding. Laboratory results, including RT-PCR Ct values and serum Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) IgG, were analyzed. Results The second episode of asymptomatic infection occurred 142 days after the first symptomatic episode in an apparently immunocompetent patient. During the second episode, there was evidence of acute infection including elevated C-reactive protein and SARS-CoV-2 IgG seroconversion. Viral genomes from first and second episodes belong to different clades/lineages. The virus genome from the first episode contained a a stop codon at position 64 of ORF8, leading to a truncation of 58 amino acids. Another 23 nucleotide and 13 amino acid differences located in 9 different proteins, including positions of B and T cell epitopes, were found between viruses from the first and second episodes. Compared to viral genomes in GISAID, the first virus genome was phylogenetically closely related to strains collected in March/April 2020, while the second virus genome was closely related to strains collected in July/August 2020. Conclusions Epidemiological, clinical, serological, and genomic analyses confirmed that the patient had re-infection instead of persistent viral shedding from first infection. Our results suggest SARS-CoV-2 may continue to circulate among humans despite herd immunity due to natural infection. Further studies of patients with re-infection will shed light on protective immunological correlates for guiding vaccine design.

Remdesivir (Veklury, Gilead Sciences, Foster City, CA, USA) and nirmatrelvir-ritonavir (Paxlovid, Pfizer, New York, NY, USA) were reported to improve the outcome of patients with mild-to-moderate COVID-19 symptoms. Preclinical data suggest that nirmatrelvir-ritonavir might be more effective than remdesivir alone or in combination with nirmatrelvir-ritonavir for people at high risk of severe COVID-19. We aimed to assess the safety and effectiveness of combining remdesivir and nirmatrelvir-ritonavir compared with using each drug alone for adults hospitalised with COVID-19.

De novo amino acid substitutions (DNS) frequently emerge among immunocompromised patients with chronic SARS-CoV-2 infection. While previous studies have reported these DNS, their significance has not been systematically studied.

Abstract With the aim of broadening immune responses against the evolving SARS-CoV-2 Omicron variants, bivalent COVID-19 mRNA vaccines that encode the ancestral and Omicron BA.5 spike proteins have been authorized for clinical use, supplanting the original monovalent counterpart in numerous countries. However, recent studies have demonstrated that administering either a monovalent or bivalent vaccine as a fourth vaccine dose results in similar neutralizing antibody titers against the latest Omicron subvariants, raising the possibility of immunological imprinting. Utilizing binding immunoassays, pseudotyped virus neutralization assays, and antigenic mapping, we investigated antibody responses from 72 participants who received three monovalent mRNA vaccine doses followed by either a bivalent or monovalent booster, or who experienced breakthrough infections with the BA.5 or BQ subvariant after vaccinations with an original monovalent vaccine. Compared to a monovalent booster, the bivalent booster did not yield noticeably higher binding titers to D614G, BA.5, and BQ.1.1 spike proteins, nor higher virus-neutralizing titers against SARS-CoV-2 variants including the predominant XBB.1.5 and the emergent XBB.1.16. However, sera from breakthrough infection cohorts neutralized Omicron subvariants significantly better. Multiple analyses of these results, including antigenic mapping, made clear that inclusion of the ancestral spike prevents the broadening of antibodies to the BA.5 component in the bivalent vaccine, thereby defeating its intended goal. Our findings suggest that the ancestral spike in the current bivalent COVID-19 vaccine is the cause of deep immunological imprinting. Its removal from future vaccine compositions is therefore strongly recommended.

Abstract Bivalent mRNA vaccine boosters expressing Omicron BA.5 spike and ancestral D614G spike were introduced to attempt to boost waning antibody titers and broaden coverage against emerging SARS-CoV-2 lineages. Previous reports showed that peak serum neutralizing antibody (NAb) titers against SARS-CoV-2 variants following bivalent booster were similar to peak titers following monovalent booster. It remains unknown whether these antibody responses would diverge over time. We assessed serum virus-neutralizing titers in 41 participants who received three monovalent mRNA vaccine doses followed by bivalent booster, monovalent booster, or BA.5 breakthrough infection at one month and three months after the last vaccine dose or breakthrough infection using pseudovirus neutralization assays against D614G and Omicron subvariants (BA.2, BA.5, BQ.1.1, and XBB.1.5). There was no significant difference at one month and three months post-booster for the two booster cohorts. BA.5 breakthrough patients exhibited significantly higher NAb titers at three months against all Omicron subvariants tested compared against monovalent and bivalent booster cohorts. There was a 2-fold drop in mean NAb titers in the booster cohorts between one and three month time points, but no discernible waning of titers in the BA.5 breakthrough cohort over the same period. Our results suggest that NAb titers after boosting with one dose of bivalent mRNA vaccine are not higher than boosting with monovalent vaccine. Perhaps inclusion of D614G spike in the bivalent booster exacerbates the challenge posed by immunological imprinting. Hope remains that a second bivalent booster could induce superior NAb responses against emerging variants.