Abstract Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) emerged in late 2019 and since evolved into a global threat with nearly 4.4 million infected people and over 290,000 confirmed deaths worldwide. 1 SARS-CoV-2 is an enveloped virus presenting spike (S) glycoproteins on its outer surface. Binding of S to host cell angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) is thought to be critical for cellular entry. The host range of the virus extends far beyond humans and non-human primates. Natural and experimental infections have confirmed high susceptibility of cats, ferrets, and hamsters, whereas dogs, mice, rats, pigs, and chickens seem refractory to SARS-CoV-2 infection. To investigate the reason for the variable susceptibility observed in different species, we have developed molecular descriptors to efficiently analyze our dynamic simulation models of complexes between SARS-CoV-2 S and ACE2. Based on our analyses we predict that: (i) the red squirrel is likely susceptible to SARS-CoV-2 infection and (ii) specific mutations in ACE2 of dogs, rats, and mice render them susceptible to SARS-CoV-2 infection.

Abstract Previous work indicated that the nucleocapsid 203 mutation increase the virulence and transmission of the SARS-CoV-2 Alpha variant. However, Delta later outcompeted Alpha and other lineages, promoting a new wave of infections. Delta also possesses a nucleocapsid 203 mutation, R203M. Large-scale epidemiological analyses suggest a synergistic effect of the 203 mutation and the spike L452R mutation, associated with Delta expansion. Viral competition experiments demonstrate the synergistic effect in fitness and infectivity. More importantly, we found that the combination of R203M and L452R brings in a 3.2-fold decrease in neutralizing titers to the neutralizing serum relative to L452R-only virus. R203M/L452R show an increased fitness after the initiation of global vaccination programmes, possibly associated with the enhanced immune evasion. Another rapidly emerging variant Omicron also bears the 203 mutation. Thus, we proposed that nucleocapsid mutations play an essential role for the rise and predominance of variants in concern.

ABSTRACT The historically dominant SARS-CoV-2 Delta variants and the currently dominant Omicron variants carry a T492I substitution within the non-structural protein 4 (NSP4). Based on a combination of in silico analyses, we predicted that the T492I mutation increases the transmissibility and adaptability of the virus. We confirmed this hypothesis by performing competition experiments in hamsters and in human airway tissue culture models. Furthermore, we show that the T492I mutation also increases the replication capacity and infectiveness of the virus, and improves its ability to evade antibody neutralization induced by previous variants. Mechanistically, the T492I mutation increases cleavage efficiency of the viral main protease NSP5 by enhancing enzyme-substrate binding, resulting in increased production of nearly all non-structural proteins processed by NSP5. Importantly, T492I mutation suppresses the viral RNA associated chemokines in monocytic macrophages, which may contribute to the attenuated pathogenicity of Omicron variants. Our results highlight the importance of the NSP4 mutation in the evolutionary dynamics of SARS-CoV-2 and identify a novel target for the development of broad-spectrum antiviral agents.

Abstract Vaccines are a cornerstone in COVID-19 pandemic management. Here, we compare immune responses to and preclinical efficacy of the mRNA vaccine BNT162b2, an adenovirus-vectored spike vaccine, and the live-attenuated-virus vaccine candidate sCPD9 after single and double vaccination in Syrian hamsters. All regimens containing sCPD9 showed superior efficacy. The robust immunity elicited by sCPD9 was evident in a wide range of immune parameters after challenge with heterologous SARS-CoV-2 including rapid viral clearance, reduced tissue damage, fast differentiation of pre-plasmablasts, strong systemic and mucosal humoral responses, and rapid recall of memory T cells from lung tissue. Our results demonstrate that use of live-attenuated vaccines may offer advantages over available COVID-19 vaccines, specifically when applied as booster, and may provide a solution for containment of the COVID-19 pandemic.

Abstract Coronavirus disease 2019 is a respiratory infectious disease caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Evidence on the pathogenesis of SARS-CoV-2 is accumulating rapidly. In addition to structural proteins such as Spike and Envelope, the functional roles of non-structural and accessory proteins in regulating viral life cycle and host immune responses remain to be understood. Here, we show that open reading frame 8 (ORF8) acts as messenger for inter-cellular communication between alveolar epithelial cells and macrophages during SARS-CoV-2 infection. Mechanistically, ORF8 is a secretory protein that can be secreted by infected epithelial cells via both conventional and unconventional secretory pathways. The unconventionally secreted ORF8 recognizes the IL17RA receptor of macrophages and induces cytokine release. However, conventionally secreted ORF8 cannot bind to IL17RA due to N-linked glycosylation. Furthermore, we found that Yip1 interacting factor homolog B (YIF1B) is a channel protein that translocates unglycosylated ORF8 into vesicles for unconventional secretion. Blocking the unconventional secretion of ORF8 via a YIF1B knockout in hACE2 mice attenuates inflammation and yields delayed mortality following SARS-CoV-2 challenge.

Abstract In late 2019, an outbreak of a severe respiratory disease caused by an emerging coronavirus, SARS-CoV-2, resulted in high morbidity and mortality in infected humans 1 . Complete understanding of COVID-19, the multi-faceted disease caused by SARS-CoV-2, requires suitable small animal models, as does the development and evaluation of vaccines and antivirals 2 . Because age-dependent differences of COVID-19 were identified in humans 3 , we compared the course of SARS-CoV-2 infection in young and aged Syrian hamsters. We show that virus replication in the upper and lower respiratory tract was independent of the age of the animals. However, older hamsters exhibited more pronounced and consistent weight loss. In situ hybridization in the lungs identified viral RNA in bronchial epithelium, alveolar epithelial cells type I and II, and macrophages. Histopathology revealed clear age-dependent differences, with young hamsters launching earlier and stronger immune cell influx than aged hamsters. The latter developed conspicuous alveolar and perivascular edema, indicating vascular leakage. In contrast, we observed rapid lung recovery at day 14 after infection only in young hamsters. We propose that comparative assessment in young versus aged hamsters of SARS-CoV-2 vaccines and treatments may yield valuable information as this small-animal model appears to mirror age-dependent differences in human patients.

T492I, a mutation encountered in SARS-CoV-2 nonstructural protein 4 (NSP4), enhances viral replication and alters nonstructural protein cleavage, causing potential evolutionary impacts. Through comprehensive comparative analyses based on evolve-and-resequence experiments of SARS-CoV-2 wild-type and Delta strains with or without T492I, we demonstrate that NSP4 T492I not only increases the mutation rate, but also accelerates the emergence of many mutations characteristic for Omicron variants. Accordingly, viral populations that evolved from ancestors with T492I, show Omicron-biased selective forces and increases in viral replication, infectivity, immune evasion capacity, potentials for cross-species transmission and receptor-binding affinity. Aside from enhanced replication, we observed stronger epistasis regarding viral replication and infectivity in T492I than in S N501Y and NSP6 ∆SGF; this facilitates the regulation of mutation types, which can drive fast evolution of Omicron specific mutations. Our results highlight the role of an important replication-enhancing mutation in regulating the evolutionary rates and mutational trends of SARS-CoV-2.