Abstract The main goal of this collaborative effort is to provide genome wide data for the previously underrepresented population in Eastern Europe, and to provide cross-validation of the data from genome sequences and genotypes of the same individuals acquired by different technologies. We collected 97 genome-grade DNA samples from consented individuals representing major regions of Ukraine that were consented for the public data release. DNBSEQ-G50 sequences, and genotypes by an Illumina GWAS chip were cross-validated on multiple samples, and additionally referenced to one sample that has been resequenced by Illumina NovaSeq6000 S4 at high coverage. The genome data has been searched for genomic variation represented in this population, and a number of variants have been reported: large structural variants, indels, CNVs, SNPs and microsatellites. This study provides the largest to-date survey of genetic variation in Ukraine, creating a public reference resource aiming to provide data for historic and medical research in a large understudied population. While most of the common variation is shared with other European populations, this survey of population variation contributes a number of novel SNPs and structural variants that have not been reported in the gnomAD/1KG databases representing global distribution of genomic variation. These endemic variants will become a valuable resource for designing future population and clinical studies, help address questions about ancestry and admixture, and will fill a missing place in the puzzle characterizing human population diversity in Eastern Europe. Our results indicate that genetic diversity of the Ukrainian population is uniquely shaped by the evolutionary and demographic forces, and cannot be ignored in the future genetic and biomedical studies. This data will contribute a wealth of new information bringing forth different risk and/or protective alleles. The newly discovered low frequency and local variants can be added to the current genotyping arrays for genome wide association studies, clinical trials, and in genome assessment of proliferating cancer cells.

Abstract We present a multi-layered data source (ROUA Database) providing the results of Whole Genome Sequencing of two human populations in the Carpathian Mountains region, specifically Ukraine’s Transcarpathia and Romania’s Satu Mare and Baia Mare provinces, areas previously underexplored in population genomics. The database contains the raw and annotated files of the whole genome sequences from 300 individuals from these regions, including annotations of common and unique genetic variants following a sampling protocol designed to capture the genetic diversity of Ukrainians and Romanians, including minority groups like Wallachians and Roma. The data is hosted on a dedicated web resource. We provide information on how to access to results of primary and secondary analysis of the data, including comparative analysis with previously published populations from Ukraine, and populations from International Genome Sample Resource and Human Genome Diversity Project. The free research access to this database is contributing to growing understanding of human genetic diversity in Central Europe. This effort emphasizes the potential for reuse of the generated data, advocating for open access to support future research in genomics, bioinformatics, and personalized medicine.