Abstract Monkeypox has been spreading worldwide since May 2022, when the World Health Organization (WHO) declared the outbreak of a “Public health emergency of international concern”. The spread of monkeypox has posed a serious threat to the health of people all over the world but few studies have been carried out on it, and the molecular mechanism of monkeypox after infection remains unclear. We therefore implemented a transcriptome analysis to identify signaling pathways and biomarkers in monkeypox-infected cells to help understand monkeypox-host cell interactions. In this study, the dataset GSE36854 and GSE11234 were obtained from GEO. Among them, 84 significantly different genes were identified in the dataset GSE36854, followed by KEGG, GO analysis protein-protein interaction (PPI) construction and Hub gene extraction. We also analyzed the expression regulation patterns of hub genes and screened the drugs targeting the hub genes. The results showed that monkeypox-infected cells significantly activated the cellular immune response, and induced inflammatory response. IER3, IFIT2, IL11, ZC3H12A, EREG, IER2, NFKBIE, FST, IFIT1 and AREG were the top 10 hub genes, in which anti-viral gene IFIT1 and IFIT2 were significantly suppressed. AP-26113 and itraconazole promoting the expression of IFIT1 and IFIT2 may be used as new candidates for the treatment of monkeypox viral infection. Our results provide a new entry point for understanding the mode of interaction between monkeypox virus and its host.

Major depressive disorder (MDD) is commonly correlated with gendered, genetic, environmental, or psychological factors. Recently, with an escalating number of depression-related studies, interest has focused on the role of intestinal microbiota in MDD pathogenesis. This research indicates that gut microbiota directly or indirectly influences brain function through diverse mechanisms regulating stress, anxiety, and depression. Studies indicate communication between the intestines and brain via neural, immune, and metabolic pathways. These imply a noteworthy correlation between alterations in gut microbiota and MDD. Hence, the study's potential role in understanding the regulatory mechanism of gut microbiota in MDD occurrence and its relation to probiotic antidepressive mechanisms could deliver a novel therapeutic perspective for treating depression.

The study was designed to explore the role of GIMAP family in non-small cell lung cancer (NSCLC) and its possible regulation mechanisms using existing biological databases. All members of GIMAP family were down-regulated in NSCLC evaluated by the cancer genome atlas (TCGA). Then five NSCLC datasets were then selected from gene expression omnibus (GEO) for validation. H3K4me3 and H3K27ac disappeared, while H3K27me3 increased on the chromosome of this family in NSCLC using RNA-seq and Chip-seq data from encyclopedia of DNA elements (ENCODE) and GEO. Protein-protein interaction (PPI) network was also constructed to reveal the main interacting proteins of GIMAPs. The expression of TAL1 was positively correlated with the expression of GIMAPs. sh-TAL1 significantly down-regulated the expression of GIMAP family. High expression of GIMAPs and TAL1 was found to be associated with a good prognosis of NLCSC. In conclusion, the downregulation of TAL1 caused the disappearance of H3K27ac and H3K4me3 and the increase of H3K27me3 on the GIMAPs gene, leading to the overall downregulation of the GIMAP family genes.

Atherosclerosis is a significant risk factor for developing cardiovascular disease and a leading cause of death worldwide. The occurrence of atherosclerosis is closely related to factors such as endothelial injury, lipid deposition, immunity, and inflammation. Conventional statins, currently used in atherosclerosis treatment, have numerous adverse side effects that limit their clinical utility, prompting the urgent need to identify safer and more effective therapeutic alternatives. Growing evidence indicates the significant potential of Chinese herbs in atherosclerosis treatment. Herbal monomer components, such as natural flavonoid compounds extracted from herbs like Coptis chinensis and Panax notoginseng, have been utilized for their lipid-lowering and inflammation-inhibiting effects in atherosclerosis treatment. These herbs can be used as single components in treating diseases and with other Chinese medicines to form herbal combinations. This approach targets the disease mechanism in multiple ways, enhancing the therapeutic effects. Thus, this review examines the roles of Chinese herbal medicine monomers and Chinese herbal compounds in inhibiting atherosclerosis, including regulating lipids, improving endothelial function, reducing oxidative stress, regulating inflammation and the immune response, and apoptosis. By highlighting these roles, our study offers new perspectives on atherosclerosis treatment with Chinese herbs and is anticipated to contribute to advancements in related research fields.

Abstract The gut microbiome is closely associated with human health and the development of diseases. Isolating, characterizing, and identifying gut microbes are crucial for research on the gut microbiome and essential for advancing our understanding and utilization of it. Although culture-independent approaches have been developed, a pure culture is required for in-depth analysis of disease mechanisms and the development of biotherapy strategies. Currently, microbiome research faces the challenge of expanding the existing database of culturable gut microbiota and rapidly isolating target microorganisms. This review examines the advancements in gut microbe isolation and cultivation techniques, such as culturomics, droplet microfluidics, phenotypic and genomics selection, and membrane diffusion. Furthermore, we evaluate the progress made in technology for identifying gut microbes considering both non-targeted and targeted strategies. The focus of future research in gut microbial culturomics is expected to be on high-throughput, automation, and integration. Advancements in this field may facilitate strain-level investigation into the mechanisms underlying diseases related to gut microbiota.