CancerVolume 63, Issue 1 p. 1-13 ArticleFree Access Alveolar soft-part sarcoma. A clinico-pathologic study of half a century Philip H. Lieberman MD, Corresponding Author Philip H. Lieberman MD Departments of Pathology, New York, New YorkChief, Surgical Pathology Service, Memorial Hospital, 1275 York Avenue. New York, NY 10021===Search for more papers by this authorMurray F. Brennan MD, Murray F. Brennan MD Departments of Surgery. Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, New YorkSearch for more papers by this authorMarek Kimmel PhD, Marek Kimmel PhD Departments of Pathology, New York, New YorkSearch for more papers by this authorRobert A. Erlandson PhD, Robert A. Erlandson PhD Departments of Pathology, New York, New YorkSearch for more papers by this authorPilar Garin-Chesa MD, PhD, Pilar Garin-Chesa MD, PhD Departments of Pathology, New York, New YorkSearch for more papers by this authorBetty Y. Flehinger PhD, Betty Y. Flehinger PhD Mathematical Sciences Department, IBM Thomas J. Watson Research Center, York-town Heights, New YorkSearch for more papers by this author Philip H. Lieberman MD, Corresponding Author Philip H. Lieberman MD Departments of Pathology, New York, New YorkChief, Surgical Pathology Service, Memorial Hospital, 1275 York Avenue. New York, NY 10021===Search for more papers by this authorMurray F. Brennan MD, Murray F. Brennan MD Departments of Surgery. Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, New YorkSearch for more papers by this authorMarek Kimmel PhD, Marek Kimmel PhD Departments of Pathology, New York, New YorkSearch for more papers by this authorRobert A. Erlandson PhD, Robert A. Erlandson PhD Departments of Pathology, New York, New YorkSearch for more papers by this authorPilar Garin-Chesa MD, PhD, Pilar Garin-Chesa MD, PhD Departments of Pathology, New York, New YorkSearch for more papers by this authorBetty Y. Flehinger PhD, Betty Y. Flehinger PhD Mathematical Sciences Department, IBM Thomas J. Watson Research Center, York-town Heights, New YorkSearch for more papers by this author First published: 1 January 1989 https://doi.org/10.1002/1097-0142(19890101)63:1<1::AID-CNCR2820630102>3.0.CO;2-ECitations: 327AboutPDF ToolsRequest permissionExport citationAdd to favoritesTrack citation ShareShare Give accessShare full text accessShare full-text accessPlease review our Terms and Conditions of Use and check box below to share full-text version of article.I have read and accept the Wiley Online Library Terms and Conditions of UseShareable LinkUse the link below to share a full-text version of this article with your friends and colleagues. Learn more.Copy URL Share a linkShare onEmailFacebookTwitterLinkedInRedditWechat Abstract In the period from 1923 to 1986 our pathologists examined pathologic material from 102 patients with alveolar soft-part sarcoma (ASPS). Followup clinical data is available for 91. Median followup is 7 years (range 1 month to 27 years). Local recurrence was only found if residual disease was left at the time of the original excision. Survival in those patients who presented without metastases was 77% at 2 years, 60% at 5 years, 38% at 10 years and 15% at 20 years (median 6 years). No survival advantage could be demonstrated for patients who received chemo and/or radiotherapy, although numbers are small and staging not uniform. An evaluation by electron microscopy and immunohistochemistry cannot confirm recent claims that ASPS is a muscle tumor. ASPS is an unusual neoplasm; the primary therapeutic option is aggressive surgical excision. Survival even with the development of metastases can be long. Reference 1 Christopherson WM, Foote FW Jr, Stewart FW. Alveolar soft-part sarcomas; structurally characteristic tumors of uncertain histogenesis. Cancer 1952; 5: 100–111. 2 Kaplan EL, Meier P. Nonparametric estimation from incomplete observations. J Am Statist Assoc 1958; 53: 357–381. 3 Elandt-Johnson RC, Johnson NL. Survival Models and Data Analysis. New York: Wiley 1980. 4 Sokal RR, Rohlf FY. Biometry. New York: Freeman 1981. 5 Cox DR, Oakes D. Analysis of Survival Data. London: Chapman and Hall 1984. 6 Hsu SN, Raine L, Fanger H. The use of avidin-biotin-peroxidase complex (ABC) in immunoperoxidase techniques. A comparison between ABC and unlabeled antibody (PAP) procedures. J Histochem Cytochem 1981; 29: 577–580. 7 Garin-Chesa P, Rettig WJ, Melamed MR. Expression of cytokeratins in normal and neoplastic colonic epithelial cells. Implications for cellular differentiation and carcinogenesis. Am J Surg Pathol 1986; 10:829-835. 8 Font RL, Jurco S III, Zimmerman LE. Alveolar soft-part sarcoma of the orbit: A clinicopathologic analysis of seventeen cases and a review of the literature. Hum Pathol 1982; 13: 569–579. 9 Shipkey FH, Lieberman PH, Foote FW Jr, Stewart FW. Ultratructure of alveolar soft part sarcoma. Cancer 1964; 17: 821–830. 10 Lieberman PH, Foote FW Jr, Stewart FW, Berg JW. Alveolar oft-part sarcoma. JAMA 1966; 198: 1047–1051. 11 Tsukada T, McNutt MA, Ross R, Gown AM. HHF35, a muscle ctin-specific monoclonal antibody: II. Reactivity in normal, reactive, and neoplastic human tissues. Am J Pathol 1987; 127: 389–402. 12 DeSchryver-Kecskemeti K, Kraus FT, Engleman W, Lacy PE. Alveolar soft-part sarcoma—A malignant angioreninoma: Histochemical, immununocytochemical, and electron-microscopic study of four cases. Am Surg Pathol 1982; 6: 5–18. 13 Klemperer P. Myoblastoma of the striated muscle. Am J Cancer 1934; 20: 324–337. 14 Horn RC Jr, Stout AP. Granular cell myoblastoma. Surg Gynecol bstet 1943; 76: 315–318. 15 Ackerman LV, Phelps CR. Malignant granular cell myoblastoma the gluteal region. Surgery 1946; 20: 511–519. 16 Ravich A, Stout AP, Ravich RA. Malignant granular cell myoblastoma involving the urinary bladder. Ann Surg 1945; 121: 361–372. 17 Ross RC, Miller TR, Foote FW Jr. Malignant granular-cell myoastoma. Cancer 1952; 5: 112–121. 18 Fisher ER, Wechsler H. Granular cell myoblastoma—Misnomer; elecctron microscopic and histochemical evidence concerning its Schwann cell derivation and nature (granular cell schwannoma). Cancer 1962; 15:936-954. 19 Riopelle JL, Theriault JP. Sur une forme meconnue de sarcome des parties molles: Le rhabdomyosarcome alveolaire. Ann Anat Path 1956; 1: 88–111. 20 Stefansson K, Wollmann RL. S-100 protein in granular cell tumors (granular cell myoblastomas). Cancer 1982; 49: 1834–1838. 21 Nathrath WB, Remberger K. Immunohistochemical study of granular cell tumours. Demonstration of neurone specific enolase, S100 protein, laminin and alpha-1-antichymotrypsin. Virchows Arch (A) 1986; 408 (4): 421–434. 22 Mukai M, Torikata C, Iri H et al. Alveolar soft-part sarcoma: A review on its histogenesis and further studies based on electron microscopy, immunohistochemistry, and biochemistry. Am J Surg Pathol 1983; 7: 679–689. 23 Auerbach HE, Brooks JJ. Alveolar soft-part sarcoma: A clinicopathologic and immunohistochemical study. Cancer 1987; 60: 66–73. 24 Vanstapel MJ, Gatter KC, deWolf-Peeters CD, Mason DY, Desmet VD. New site of human S-100 immunoreactivity detected with monoclonal antibodies. Am J Clin Pathol 1986; 85: 160–168. 25 Drier JK, Swanson PE, Cherwitz DL, Wick MR. S100 protein immunoreactivity in poorly differentiated carcinomas. Immunohistochemical comparison with malignant melanomas. Arch Pathol Lab Med 1987; 111: 447–452. 26 Haimoto H, Hosoda S, Kato K. Differential distribution of immunoreactive S100-α and S100-β proteins in normal nonnervous human tissues. Lab Invest 1987; 57: 489–498. 27 Herrera GA, Turbat-Herrera EA, Lott RL. S-100 protein expression by primary and metastatic adenocarcinomas. Am J Clin Pathol 1988; 89: 168–176. 28 Lack EE, Cubilla AL, Woodruff JM, Farr HW. Paragangliomas of the head and neck region. A clinical study of 69 patients. Cancer 1977; 39: 397–409. 29 Lack EE, Cubilla AL, Woodruff JM, Lieberman PH. Extra-adrenal paragangliomas of the rctroperitoneum. A clinicopathologic study of 12 tumors. Am J Surg Pathol 1980; 4: 109–120. 30 Mukai M, Torikata C, Iri H et al, Histogenesis of alveolar soft part sarcoma: An immunohistochemical and biochemical study. Am J Surg Pathol 1986; 10: 212–218. 31 Osborn M, Altmannsberger M, Debus E, Weber K. Differentiation of the major human tumor groups using conventional and monoclonal antibodies specific for individual intermediate filament proteins. In: E Wang, D Fischman, RKH Liem. T-T Sun, eds. Intermediate Filaments. New York: NY Acad Sci 1985; vol 455, pp 649–668. 32 Zehner ZE, Paterson BM. The chicken vimentin gene: Aspects of organization and transcription during myogenesis. In: E Wang, D Fischman, RKH Liem, T Sun-T, eds. Intermediate Filaments. New York: NY Acad Sci 1985; vol 455, pp 79–94. 33 Putnam JB Jr, Roth FA, Wesley MN, Johnston MR, Rosenberg SA. Analysis of prognostic factors in patients undergoing resection of pulmonary metastases from soft tissue sarcomas. J Thorac Cardiovasc Surg 1984; 87: 260–268. 34 McCormack PM, Martini N. The changing role of surgery for pulmonary metastases. Ann Thorac Surg 1979; 28: 139–145. 35 Brennan MF, Hilaris B, Shiu MH et al, Local recurrence in adult soft tissue sarcoma: A randomized trial of brachytherapy. Arch Surg 1987; 122: 1289–1293. Citing Literature Volume63, Issue11 January 1989Pages 1-13 ReferencesRelatedInformation

Using the generalized stepwise mutation model, we propose a method of estimating the relative mutation rates of microsatellite loci, grouped by the repeat motif. Applying ANOVA to the distributions of the allele sizes at microsatellite loci from a set of populations, grouped by repeat motif types, we estimated the effect of population size differences and mutation rate differences among loci. This provides an estimate of motif-type-specific mutation rates up to a multiplicative constant. Applications to four different sets of di-, tri-, and tetranucleotide loci from a number of human populations reveal that, on average, the non-disease-causing microsatellite loci have mutation rates inversely related to their motif sizes. The dinucleotides appear to have mutation rates 1.5–2 times higher than the tetranucleotides, and the non-disease-causing trinucleotides have mutation rates intermediate between the di- and tetranucleotides. In contrast, the disease-causing trinucleotides have mutation rates 3.9–6.9 times larger than the tetranucleotides. Comparison of these estimates with the direct observations of mutation rates at microsatellites indicates that the earlier suggestion of higher mutation rates of tetranucleotides in comparison with the dinucleotides may stem from a nonrandom sampling of tetranucleotide loci in direct mutation assays.

simuPOP is a forward-time population genetics simulation environment. The core of simuPOP is a scripting language (Python) that provides a large number of objects and functions to manipulate populations, and a mechanism to evolve populations forward in time. Using this R/Splus-like environment, users can create, manipulate and evolve populations interactively, or write a script and run it as a batch file. Owing to its flexible and extensible design, simuPOP can simulate large and complex evolutionary processes with ease. At a more user-friendly level, simuPOP provides an increasing number of built-in scripts that perform simulations ranging from implementation of basic population genetics models to generating datasets under complex evolutionary scenarios.simuPOP is freely available at http://simupop.sourceforge.net, distributed under GPL license.

Chronic infections affect a third of the world's population and can cause bone marrow suppression, a severe condition that increases mortality from infection. To uncover the basis for infection-associated bone marrow suppression, we conducted repeated infection of WT mice with Mycobacterium avium. After 4-6 months, mice became pancytopenic. Their hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) were severely depleted and displayed interferon gamma (IFN-γ) signaling-dependent defects in self-renewal. There was no evidence of increased HSPC mobilization or apoptosis. However, consistent with known effects of IFN-γ, transcriptome analysis pointed toward increased myeloid differentiation of HSPCs and revealed the transcription factor Batf2 as a potential mediator of IFN-γ-induced HSPC differentiation. Gain- and loss-of-function studies uncovered a role for Batf2 in myeloid differentiation in both murine and human systems. We thus demonstrate that chronic infection can deplete HSPCs and identify BATF2 as a mediator of infection-induced HSPC terminal differentiation.

The NF-κB and IRF transcription factor families are major players in inflammation and antiviral response and act as two major effectors of the innate immune response (IIR). The regulatory mechanisms of activation of these two pathways and their interactions during the IIR are only partially known. Our in silico findings report that there is cross-regulation between both pathways at the level of gene transcription regulation, mediated by the presence of binding sites for both factors in promoters of genes essential for these pathways. These findings agree with recent experimental data reporting crosstalk between pathways activated by RIG-I and TLR3 receptors in response to pathogens. We present an extended crosstalk diagram of the IRF - NF-κB pathways. We conclude that members of the NF-κB family may directly impact regulation of IRF family, while IRF members impact regulation of NF-κB family rather indirectly, via other transcription factors such as AP-1 and SP1.

Adult hippocampal neurogenesis, the process of formation of new neurons, occurs throughout life in the hippocampus. New neurons have been associated with learning and memory as well as mood control, and impaired neurogenesis has been linked to depression, schizophrenia, autism and cognitive decline during aging. Thus, understanding the biological properties of adult neurogenesis has important implications for human health. Computational models of neurogenesis have attempted to derive biologically relevant knowledge, hard to achieve using experimentation. However, the majority of the computational studies have predominantly focused on the late stages of neurogenesis, when newborn neurons integrate into hippocampal circuitry. Little is known about the early stages that regulate proliferation, differentiation, and survival of neural stem cells and their immediate progeny. Here, based on the branching process theory and biological evidence, we developed a computational model that represents the early stage hippocampal neurogenic cascade and allows prediction of the overall efficiency of neurogenesis in both normal and diseased conditions. Using this stochastic model with a simulation program, we derived the equilibrium distribution of cell population and simulated the progression of the neurogenic cascade. Using BrdU pulse-and-chase experiment to label proliferating cells and their progeny in vivo, we quantified labeled newborn cells and fit the model on the experimental data. Our simulation results reveal unknown but meaningful biological parameters, among which the most critical ones are apoptotic rates at different stages of the neurogenic cascade: apoptotic rates reach maximum at the stage of neuroblasts; the probability of neuroprogenitor cell renewal is low; the neuroblast stage has the highest temporal variance within the cell types of the neurogenic cascade, while the apoptotic stage is short. At a practical level, the stochastic model and simulation framework we developed will enable us to predict overall efficiency of hippocampal neurogenesis in both normal and diseased conditions. It can also generate predictions of the behavior of the neurogenic system under perturbations such as increase or decrease of apoptosis due to disease or treatment.

Abstract Subpopulations of tumor cells characterized by mutation profiles may confer differential fitness and consequently influence prognosis of cancers. Understanding subclonal architecture has the potential to provide biological insight in tumor evolution and advance precision cancer treatment. Recent methods comprehensively integrate single nucleotide variants (SNVs) and copy number aberrations (CNAs) to reconstruct subclonal architecture using whole-genome or whole-exome sequencing (WGS, WES) data from bulk tumor samples. However, the commonly used Bayesian methods require a large amount of computational resources, a prior knowledge of the number of subclones, and extensive post-processing. Regularized likelihood modeling approach, never explored for subclonal reconstruction, can inherently address these drawbacks. We therefore propose a model-based method, Cl onal structure i dentification through pair-wise P enalization, or CliP, for clustering subclonal mutations without prior knowledge or post-processing. The CliP model is applicable to genomic regions with or without CNAs. CliP demonstrates high accuracy in subclonal reconstruction through extensive simulation studies. Utilizing the well-established regularized likelihood framework, CliP takes only 16 hours to process WGS data from 2,778 tumor samples in the ICGC-PCAWG study, and 38 hours to process WES data from 9,564 tumor samples in the TCGA study. In summary, a penalized likelihood framework for subclonal reconstruction will help address intrinsic drawbacks of existing methods and expand the scope of computational analysis for cancer evolution in large cancer genomic studies. The associated software tool is freely available at: https://github.com/wwylab/CliP .

Abstract Heat shock factor 1 (HSF1), a key regulator of transcriptional responses to proteotoxic stress, was recently linked to estrogen (E2) signaling through ESR1. We found that an HSF1 deficiency could lead to the inhibition of the mitogenic action of E2 in breast cancer cells. The stimulatory effect of E2 on the transcriptome is weaker in HSF1-deficient cells, in part due to the higher basal expression of E2-dependent genes, which correlates with the enhanced binding of unliganded ESR1 to chromatin. HSF1 and ESR1 can cooperate directly in E2-stimulated regulation of transcription, and HSF1 potentiates the action of ESR1 through a mechanism involving chromatin reorganization. Analyses of data from the TCGA database indicate that HSF1 increases the transcriptome diversity in ER-positive breast cancer and can enhance the genomic action of ESR1. Moreover, ESR1 and HSF1 are only prognostic when analyzed together (the worst prognosis for ER−/HSF1 high cancers).

A bstract In a series of publications McFarland and co-authors introduced the tug-of-war model of evolution of cancer cell populations. The model is explaining the joint effect of rare advantageous and frequent slightly deleterious mutations, which may be identifiable with driver and passenger mutations in cancer. In this paper, we put the Tug-of-War model in the framework of a denumerable-type Moran process and use mathematics and simulations to understand its behavior. The model is associated with a time-continuous Markov Chain (MC), with a generator that can be split into a sum of the drift and selection process part and of the mutation process part. Operator semigroup theory is then employed to prove that the MC does not explode, as well as to characterize a strong-drift limit version of the MC which displays “instant fixation” effect, which was an assumption in the original McFarland’s model. Mathematical results are fully confirmed by simulations of the complete and limit versions. They also visualize complex stochastic transients and genealogies of clones arising in the model.