The Central Brain Tumor Registry of the United States (CBTRUS), in collaboration with the Centers for Disease Control (CDC) and National Cancer Institute (NCI), is the largest population-based registry focused exclusively on primary brain and other central nervous system (CNS) tumors in the United States (US) and represents the entire US population. This report contains the most up-to-date population-based data on primary brain tumors (malignant and non-malignant) and supersedes all previous CBTRUS reports in terms of completeness and accuracy. All rates (incidence and mortality) are age-adjusted using the 2000 US standard population and presented per 100,000 population. The average annual age-adjusted incidence rate (AAAIR) of all malignant and non-malignant brain and other CNS tumors was 23.79 (Malignant AAAIR=7.08, non-Malignant AAAIR=16.71). This rate was higher in females compared to males (26.31 versus 21.09), Blacks compared to Whites (23.88 versus 23.83), and non-Hispanics compared to Hispanics (24.23 versus 21.48). The most commonly occurring malignant brain and other CNS tumor was glioblastoma (14.5% of all tumors), and the most common non-malignant tumor was meningioma (38.3% of all tumors). Glioblastoma was more common in males, and meningioma was more common in females. In children and adolescents (age 0-19 years), the incidence rate of all primary brain and other CNS tumors was 6.14. An estimated 83,830 new cases of malignant and non-malignant brain and other CNS tumors are expected to be diagnosed in the US in 2020 (24,970 malignant and 58,860 non-malignant). There were 81,246 deaths attributed to malignant brain and other CNS tumors between 2013 and 2017. This represents an average annual mortality rate of 4.42. The 5-year relative survival rate following diagnosis of a malignant brain and other CNS tumor was 23.5% and for a non-malignant brain and other CNS tumor was 82.4%.

The Central Brain Tumor Registry of the United States (CBTRUS), in collaboration with the Centers for Disease Control and Prevention and National Cancer Institute, is the largest population-based registry focused exclusively on primary brain and other central nervous system (CNS) tumors in the United States (US) and represents the entire US population. This report contains the most up-to-date population-based data on primary brain tumors available and supersedes all previous reports in terms of completeness and accuracy. All rates are age-adjusted using the 2000 US standard population and presented per 100,000 population. The average annual age-adjusted incidence rate (AAAIR) of all malignant and non-malignant brain and other CNS tumors was 23.41 (Malignant AAAIR = 7.08, non-Malignant AAAIR = 16.33). This rate was higher in females compared to males (25.84 versus 20.82), Whites compared to Blacks (23.50 versus 23.34), and non-Hispanics compared to Hispanics (23.84 versus 21.28). The most commonly occurring malignant brain and other CNS tumor was glioblastoma (14.6% of all tumors), and the most common non-malignant tumor was meningioma (37.6% of all tumors). Glioblastoma was more common in males, and meningioma was more common in females. In children and adolescents (age 0-19 years), the incidence rate of all primary brain and other CNS tumors was 6.06. An estimated 86,010 new cases of malignant and non-malignant brain and other CNS tumors are expected to be diagnosed in the US in 2019 (25,510 malignant and 60,490 non-malignant). There were 79,718 deaths attributed to malignant brain and other CNS tumors between 2012 and 2016. This represents an average annual mortality rate of 4.42. The five-year relative survival rate following diagnosis of a malignant brain and other CNS tumor was 35.8%, and the five-year relative survival rate following diagnosis of a non-malignant brain and other CNS tumors was 91.5%.

CBTRUS does not collect data directly from patients' medical records.As noted, data for CBTRUS analyses come from the NPCR and SEER programs.By law, all primary malignant and non-malignant brain tumors are reportable diseases.Hence, tumor registrars in treatment centers collect these data and send this information to CCR in their states where they are collated and de-identified and sent to NPCR and SEER.Brain and CNS tumors are reported using the site definition described in Public Law 107-260. 3On an annual basis, NPCR secures permission from CCR to release their data on brain and CNS tumors to CBTRUS.CCR plays an essential role in the collection process, diagrammatically presented in Figure 1.These data are population-based and, therefore, by definition, represent a comprehensive documentation of all cancers diagnosed within a geographic region over a period of time.CBTRUS obtained incidence data from 51 CCR (46 NPCR and 5 SEER) that include cases of malignant and non-malignant (benign and uncertain) primary brain and CNS tumors.The population-based CCR include 50 state registries and the District of Columbia.Data were requested for all newlydiagnosed primary malignant and non-malignant tumors from 2008 to 2012 at any of the following anatomic sites: brain, meninges, spinal cord, cranial nerves, and other parts of the central nervous system, pituitary and pineal glands, and olfactory tumors of the nasal cavity (Table 1). 8PCR provided data on 350,531 primary brain and CNS tumors diagnosed from 2008 to 2012.An additional 14,705 primary brain and CNS tumor case records for the time period were obtained from SEER.These data were combined into a single data set for analyses.A total of 8,378 records (2.3%) were deleted from the final analytic data set for one or more of the following reasons: invalid site/histology combination, duplicate records that included a less accurate reporting source than microscopic confirmation (e.g.radiographic versus microscopic confirmation), duplicate records for bilateral vestibular schwannoma or meningioma, duplicate record for recurrent disease, and errors in time sequence of diagnosis.The final analytic data set included 356,858 records from all 51 population-based CCR.Age-adjusted incidence rates per 100,000 population for the entire US for selected other cancers were obtained from the United States Cancer Statistics (USCS), 5 produced by the CDC and the NCI, via CDC Wide-ranging Online Data for Epidemiologic Research (WONDER), for the purpose of comparison with brain and CNS tumor incidence rates. 9This database includes both NPCR and SEER data and represents approximately 100% of the US population.Survival data for malignant brain and CNS tumors were obtained from 18 SEER registries for the years 1995 to 2012.This dataset provides population-based information for approximately 26% of the US population, 10 and is a subset of the data used for the incidence calculations presented in this report.Survival information derived from active patient follow-up is not available in the data that CBTRUS receives from NPCR registries, so the SEER data are used for the generation of these tables.Mortality data used in this report are from the National Center for Health Statistics and include deaths where primary brain or CNS tumor was listed as cause of death on the death certificate for individuals from all 50 states and the District of Columbia.These data were obtained via SEER*Stat 11 (for malignant brain tumors and comparison cancers) and CDC Anatomic Location of Tumor SitesVarious terms are used to describe the regions of the brain and central nervous system.The specific sites used in this report are broadly based on the categories and site codes defined in the SEER Site/Histology Validation List. 19See Table 1 for an overview of CBTRUS primary site groupings.The CBTRUS Site/Validation List can be found on the CBTRUS website (http://www.cbtrus.org). Measurement MethodsCounts, means, rates, ratios, proportions, and other relevant statistics were calculated using R 3.1.2statistical software 20 and/or SEER*Stat 8.2.1. 21Statistics are suppressed when counts are fewer than 16 within a cell but included in totals except when data from only one cell are suppressed within a category to prevent identification of the number in the suppressed cell.Note that reported percentages may not add up to 100% due to rounding.Population data for each geographic region were obtained from the SEER program website 22 for the purpose of rate calculation.Age-adjusted incidence rates and 95% confidence intervals 23 for malignant and non-malignant tumors and for selected histology groupings by gender, race, Hispanic ethnicity, and pediatric, young adult, and adult age groups were estimated per 100,000 population.Age-adjustment was based on oneyear age groupings and standardized to the 2000 US standard population.The age distribution of the 2000 US standard population is shown in Appendix A. Combined populations for the regions included in this report are shown in Appendix B and Appendix C. CBTRUS presents statistics on the pediatric and adolescent age group 0-19 years for clinical relevance and in order to Ostrom et al: CBTRUS Statistical Report Estimation of Expected Numbers of Brain and CNS Tumors in 2015 and 2016Estimated numbers of expected malignant and non-malignant brain and CNS tumors were calculated for 2015 and 2016.To project 2015 and 2016 counts of newly diagnosed brain and CNS tumors, age-adjusted annual brain tumor incidence rates were generated for 2000-2012 for malignant tumors, and 2006-2012 for non-malignant tumors.These were generated by state, age, and histologic type.Joinpoint 4.2.0 25 was used to fit regression models to these incidence rates, 26 which were used to predict numbers of cases in future years using the parameter from the selected models.The models allowed for a maximum of 2 joinpoints (1 for non-malignant tumors), a minimum of 3 observations from a joinpoint to either end of the data, and a minimum of 3 observations between joinpoints. 27 Permutation procedures included in Joinpoint were used to select the best fitting model. MALIGNANTN = 117,023 32.8% NON-MALIGNANT N = 239,835 67.2% a. Percentages may not add up to 100% due to rounding.b.Includes histologies with ICD-O-3 behavior code of 0 or 1 from Neuronal and Mixed Neuronal Glial Tumors, Tumors of the Pineal Region, Embryonal Tumors, Other Tumors of Cranial and Spinal Nerves,

Identifying molecular cancer drivers is critical for precision oncology. Multiple advanced algorithms to identify drivers now exist, but systematic attempts to combine and optimize them on large datasets are few. We report a PanCancer and PanSoftware analysis spanning 9,423 tumor exomes (comprising all 33 of The Cancer Genome Atlas projects) and using 26 computational tools to catalog driver genes and mutations. We identify 299 driver genes with implications regarding their anatomical sites and cancer/cell types. Sequence- and structure-based analyses identified >3,400 putative missense driver mutations supported by multiple lines of evidence. Experimental validation confirmed 60%–85% of predicted mutations as likely drivers. We found that >300 MSI tumors are associated with high PD-1/PD-L1, and 57% of tumors analyzed harbor putative clinically actionable events. Our study represents the most comprehensive discovery of cancer genes and mutations to date and will serve as a blueprint for future biological and clinical endeavors.

The Central Brain Tumor Registry of the United States (CBTRUS), in collaboration with the Centers for Disease Control (CDC) and National Cancer Institute (NCI), is the largest population-based registry focused exclusively on primary brain and other central nervous system (CNS) tumors in the United States (US) and represents the entire US population. This report contains the most up-to-date population-based data on primary brain tumors (malignant and non-malignant) and supersedes all previous CBTRUS reports in terms of completeness and accuracy. All rates (incidence and mortality) are age-adjusted using the 2000 US standard population and presented per 100,000 population. The average annual age-adjusted incidence rate (AAAIR) of all malignant and non-malignant brain and other CNS tumors was 23.79 (Malignant AAAIR=7.08, non-Malignant AAAIR=16.71). This rate was higher in females compared to males (26.31 versus 21.09), Blacks compared to Whites (23.88 versus 23.83), and non-Hispanics compared to Hispanics (24.23 versus 21.48). The most commonly occurring malignant brain and other CNS tumor was glioblastoma (14.5% of all tumors), and the most common non-malignant tumor was meningioma (38.3% of all tumors). Glioblastoma was more common in males, and meningioma was more common in females. In children and adolescents (age 0-19 years), the incidence rate of all primary brain and other CNS tumors was 6.14. An estimated 83,830 new cases of malignant and non-malignant brain and other CNS tumors are expected to be diagnosed in the US in 2020 (24,970 malignant and 58,860 non-malignant). There were 81,246 deaths attributed to malignant brain and other CNS tumors between 2013 and 2017. This represents an average annual mortality rate of 4.42. The 5-year relative survival rate following diagnosis of a malignant brain and other CNS tumor was 23.5% and for a non-malignant brain and other CNS tumor was 82.4%.

Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.