Objective The purpose of this study was to analyze DNA methylation profiles among different types of ovarian serous neoplasm, which is a task that has not been performed. Study Design The Illumina beads array (Illumina Inc, San Diego, CA) was used to profile DNA methylation in enriched tumor cells that had been isolated from 75 benign and malignant serous tumor tissues and 6 tumor-associated stromal cell cultures. Results We found significantly fewer hypermethylated genes in high-grade serous carcinomas than in low-grade serous carcinoma and borderline tumors, which in turn had fewer hypermethylated genes than serous cystadenoma. Unsupervised analysis identified that serous cystadenoma, serous borderline tumor, and low-grade serous carcinomas tightly clustered together and were clearly different from high-grade serous carcinomas. We also performed supervised analysis to identify differentially methylated genes that may contribute to group separation. Conclusion The findings support the view that low-grade and high-grade serous carcinomas are distinctly different with low-grade, but not high-grade, serous carcinomas that are related to serous borderline tumor and cystadenoma. The purpose of this study was to analyze DNA methylation profiles among different types of ovarian serous neoplasm, which is a task that has not been performed. The Illumina beads array (Illumina Inc, San Diego, CA) was used to profile DNA methylation in enriched tumor cells that had been isolated from 75 benign and malignant serous tumor tissues and 6 tumor-associated stromal cell cultures. We found significantly fewer hypermethylated genes in high-grade serous carcinomas than in low-grade serous carcinoma and borderline tumors, which in turn had fewer hypermethylated genes than serous cystadenoma. Unsupervised analysis identified that serous cystadenoma, serous borderline tumor, and low-grade serous carcinomas tightly clustered together and were clearly different from high-grade serous carcinomas. We also performed supervised analysis to identify differentially methylated genes that may contribute to group separation. The findings support the view that low-grade and high-grade serous carcinomas are distinctly different with low-grade, but not high-grade, serous carcinomas that are related to serous borderline tumor and cystadenoma.

Abstract Organoid cultures are widely used because they preserve many features of cancer cells in vivo . Here, we developed high-throughput oil-in-water droplet microtechnology to generate highly uniform, small-volume, multi-compartment organoids. Each organoid culture features a microenvironmental architecture that mimics both the basement membrane and stromal barriers. This matrix architecture, which allows accessing both proliferative and invasive features of cancer cells in a single platform, has profound effect on observed drug responsiveness and tumor progression that correlate well with in vivo and clinical outcomes. The method was tested on multiple types of cancer cells including primary cells and immortalized cell lines, and we determined our platform is suitable even for cells of poor organoid-forming ability. These new organoids also allow for direct orthotopic mouse implantation of cancer cells with unprecedented success.