The Pacific oyster Crassostrea gigas belongs to one of the most species-rich but genomically poorly explored phyla, the Mollusca. Here we report the sequencing and assembly of the oyster genome using short reads and a fosmid-pooling strategy, along with transcriptomes of development and stress response and the proteome of the shell. The oyster genome is highly polymorphic and rich in repetitive sequences, with some transposable elements still actively shaping variation. Transcriptome studies reveal an extensive set of genes responding to environmental stress. The expansion of genes coding for heat shock protein 70 and inhibitors of apoptosis is probably central to the oyster's adaptation to sessile life in the highly stressful intertidal zone. Our analyses also show that shell formation in molluscs is more complex than currently understood and involves extensive participation of cells and their exosomes. The oyster genome sequence fills a void in our understanding of the Lophotrochozoa. The sequencing and assembly of the highly polymorphic oyster genome through a combination of short reads and fosmid pooling, complemented with extensive transcriptome analysis of development and stress response and proteome analysis of the shell, provides new insight into oyster biology and adaptation to a highly changeable environment. Oysters are keystone species in estuarine ecology and among the most important aquaculture species worldwide. The sequencing and assembly of the genome of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, are now reported. Comparisons with other genomes reveal an expansion of defence genes as an adaptation to life as a sessile species in the intertidal zone, a surprisingly complex pathway for shell formation and dramatic evolution of genes related to larval development, highlighting their adaptive significance for marine invertebrates.

No Genetic Vertigo Peoples living in high altitudes have adapted to their situation (see the Perspective by Storz ). To identify gene regions that might have contributed to high-altitude adaptation in Tibetans, Simonson et al. (p. 72 , published online 13 May) conducted a genome scan of nucleotide polymorphism comparing Tibetans, Han Chinese, and Japanese, while Yi et al. (p. 75 ) performed comparable analyses on the coding regions of all genes—their exomes. Both studies converged on a gene, endothelial Per-Arnt-Sim domain protein 1 (also known as hypoxia-inducible factor 2 α), which has been linked to the regulation of red blood cell production. Other genes identified that were potentially under selection included adult and fetal hemoglobin and two functional candidate loci that were correlated with low hemoglobin concentration in Tibetans. Future detailed functional studies will now be required to examine the mechanistic underpinnings of physiological adaptation to high altitudes.

Here we present the first diploid genome sequence of an Asian individual. The genome was sequenced to 36-fold average coverage using massively parallel sequencing technology. We aligned the short reads onto the NCBI human reference genome to 99.97% coverage, and guided by the reference genome, we used uniquely mapped reads to assemble a high-quality consensus sequence for 92% of the Asian individual’s genome. We identified approximately 3 million single-nucleotide polymorphisms (SNPs) inside this region, of which 13.6% were not in the dbSNP database. Genotyping analysis showed that SNP identification had high accuracy and consistency, indicating the high sequence quality of this assembly. We also carried out heterozygote phasing and haplotype prediction against HapMap CHB and JPT haplotypes (Chinese and Japanese, respectively), sequence comparison with the two available individual genomes (J. D. Watson and J. C. Venter), and structural variation identification. These variations were considered for their potential biological impact. Our sequence data and analyses demonstrate the potential usefulness of next-generation sequencing technologies for personal genomics. The power of the latest massively parallel synthetic DNA sequencing technologies is demonstrated in two major collaborations that shed light on the nature of genomic variation with ethnicity. The first describes the genomic characterization of an individual from the Yoruba ethnic group of west Africa. The second reports a personal genome of a Han Chinese, the group comprising 30% of the world's population. These new resources can now be used in conjunction with the Venter, Watson and NIH reference sequences. A separate study looked at genetic ethnicity on the continental scale, based on data from 1,387 individuals from more than 30 European countries. Overall there was little genetic variation between countries, but the differences that do exist correspond closely to the geographic map. Statistical analysis of the genome data places 50% of the individuals within 310 km of their reported origin. As well as its relevance for testing genetic ancestry, this work has implications for evaluating genome-wide association studies that link genes with diseases.

REVIEW article Front. Pharmacol., 28 February 2012Sec. Ethnopharmacology https://doi.org/10.3389/fphar.2012.00025

The tumor suppressor p53 mainly induces cell cycle arrest/DNA repair or apoptosis in the DNA damage response. How to choose between these two outcomes is not fully understood. We proposed a four-module model of the p53 signaling network and associated the network dynamics with cellular outcomes after ionizing radiation. We found that the cellular response is mediated by both the level and posttranslational modifications of p53 and that p53 is activated in a progressive manner. First, p53 is partially activated by primary modifications such as phosphorylation at Ser-15/20 to induce cell cycle arrest, with its level varying in a series of pulses. If the damage cannot be fixed after a critical number of p53 pulses, then p53 is fully activated by further modifications such as phosphorylation at Ser-46 to trigger apoptosis, with its concentration switching to rather high levels. Thus, p53 undergoes a two-phase response in irreparably damaged cells. Such combinations of pulsatile and switch-like behaviors of p53 may represent a flexible and efficient control mode, avoiding the premature apoptosis and promoting the execution of apoptosis. In our model, p53 pulses are recurrently driven by ataxia telangiectasia mutated (ATM) pulses triggered by DNA damage. The p53-Mdm2 and ATM-p53-Wip1 negative feedback loops are responsible for p53 pulses, whereas the switching behavior occurs when the p53-PTEN-Akt-Mdm2 positive feedback loop becomes dominant. Our results suggest that a sequential predominance of distinct feedback loops may elicit multiple-phase dynamical behaviors. This work provides a new mechanism for p53 dynamics and cell fate decision.

COVID-19 is a disease with heterogeneous clinical appearances.Most patients are asymptomatic or exhibit mild to moderate symptoms; approximately 15% progress to severe pneumonia and about 5% are eventually admitted to the intensive care unit (ICU) due to acute respiratory distress syndrome (ARDS), septic shock and/ or multiple organ failure.2][3] Inadequate identification of the determinants of fatal outcomes is one of the major obstacles to the improvement of the outcomes in severe COVID-19 patients.A previous study reported a scoring system (COVID-GRAM) which accurately predicted the occurrence of critical illness in hospitalized COVID-19 patients. 4Damage-associated molecular patterns (DAMPs), or alarmins, are a number of molecules, released by stressed cells undergoing microbial infection or sterile injury, that act as danger signals to promote and exacerbate the inflammatory response. 5,6Of note, the serum level of S100A8/A9 and HMGB1 was found to be correlated with both the severity of pathogen-associated tissue damage and excessive cytokine storm. 7espite the hypothesis that S100A8/A9 and HMGB1 are significantly involved in COVID-19, so far, no study has yet tried to substantiate the hypothesis.In this study, we aimed to define the role of S100A8/ A9 and HMGB1 in progression to a fatal outcome and develop clinically relevant risk strata for COVID-19 patients.A total of 121 patients were enrolled in this retrospective study, of which 40 patients were in ICU and 81 patients in general wards at enrollment (Table S1).ICU Patients had much higher COVID-GRAM risk scores in comparison to those in general wards.Complications, including ARDS, sepsis, septic shock, secondary infection, acute renal injury, acute cardiac injury or failure, were more frequent in CCOVID-19 patients admitted to ICU.As of the cutoff date of April 30, 2020, most of non-ICU patients (96.3%) had been discharged alive, while 82.5% of ICU patients had died in ICU.

Abstract Background Relevant studies focusing on epidemiological of profiles hypertensive disorders of pregnancy from global data that report the cause-specific prevalence and trends of hypertensive disorders of pregnancy at global, regional and national levels from 1990 to 2019 by age and sociodemographic index are still limited. Methods For hypertensive disorders of pregnancy, point prevalence, annual incidence, and years lived with disability numbers and age standardized rates per 100,000 population were compared at regional and national levels by age and sociodemographic index using data from the global Burden of Disease 2019 Study, covering populations from 204 countries and territories. Estimates are reported with uncertainty intervals to exhibit the changing trends during a specific period. Results The incidence of hypertensive disorders of pregnancy increased from 16.30 million to 18.08 million globally, with a total increase of 10.92 % from 1990 to 2019. The age-standardized incidence rate decreased, with an estimated annual percent change of -0.68 (95 % confidence interval [CI] -0.49 to -0.86). The number of deaths due to hypertensive disorders of pregnancy was approximately 27.83 thousand in 2019, representing a 30.05 % decrease from 1990. Based on the incidence and prevalence, the number of deaths and years lived with disability were highest in the group aged 25–29 years, followed by the groups aged 30–34 and 20–24 years, while the lowest estimated incidence rate was observed in the group aged 25–29 years and higher incidence rates were observed in the youngest and oldest groups. Positive associations between incidence rates and the sociodemographic index and human development index were found for all countries and regions in 2019. Age-standardized incidence rates were higher in countries/regions with lower sociodemographic indices and human development indices. Conclusions Our study provides a comprehensive overview of the global burden of hypertensive disorders of pregnancy. The death and incidence rates are decreasing in most countries and all regions except for those with low sociodemographic and human development indexes. This difference is mainly due to the increasing attention to prenatal examinations and health education. Further investigations should focus on forecasting the global disease burden of specific hypertensive disorders of pregnancy and modifiable risk factors.