XW
Xin Wang
Author with expertise in Genomic Landscape of Cancer and Mutational Signatures
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
10
(90% Open Access)
Cited by:
2,579
h-index:
32
/
i10-index:
66
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Subgroup-specific structural variation across 1,000 medulloblastoma genomes

Paul Northcott et al.Jul 24, 2012
Medulloblastoma, the most common malignant paediatric brain tumour, is currently treated with nonspecific cytotoxic therapies including surgery, whole-brain radiation, and aggressive chemotherapy. As medulloblastoma exhibits marked intertumoural heterogeneity, with at least four distinct molecular variants, previous attempts to identify targets for therapy have been underpowered because of small samples sizes. Here we report somatic copy number aberrations (SCNAs) in 1,087 unique medulloblastomas. SCNAs are common in medulloblastoma, and are predominantly subgroup-enriched. The most common region of focal copy number gain is a tandem duplication of SNCAIP, a gene associated with Parkinson’s disease, which is exquisitely restricted to Group 4α. Recurrent translocations of PVT1, including PVT1-MYC and PVT1-NDRG1, that arise through chromothripsis are restricted to Group 3. Numerous targetable SCNAs, including recurrent events targeting TGF-β signalling in Group 3, and NF-κB signalling in Group 4, suggest future avenues for rational, targeted therapy. Medulloblastoma is the most common malignant brain tumour in children; having assembled over 1,000 samples the authors report that somatic copy number aberrations are common in medulloblastoma, in particular a tandem duplication of SNCAIP, a gene associated with Parkinson’s disease, which is restricted to subgroup 4α, and translocations of PVT1, which are restricted to Group 3. Medulloblastoma is the most common malignant brain tumour in children. Four papers published in the 2 August 2012 issue of Nature use whole-genome and other sequencing techniques to produce a detailed picture of the genetics and genomics of this condition. Notable findings include the identification of recurrent mutations in genes not previously implicated in medulloblastoma, with significant genetic differences associated with the four biologically distinct subgroups and clinical outcomes in each. Potential avenues for therapy are suggested by the identification of targetable somatic copy-number alterations, including recurrent events targeting TGFβ signalling in Group 3, and NF-κB signalling in Group 4 medulloblastomas.
0
Citation806
0
Save
0

Epigenomic alterations define lethal CIMP-positive ependymomas of infancy

Stephen Mack et al.Feb 1, 2014
Ependymomas are common childhood brain tumours that occur throughout the nervous system, but are most common in the paediatric hindbrain. Current standard therapy comprises surgery and radiation, but not cytotoxic chemotherapy as it does not further increase survival. Whole-genome and whole-exome sequencing of 47 hindbrain ependymomas reveals an extremely low mutation rate, and zero significant recurrent somatic single nucleotide variants. Although devoid of recurrent single nucleotide variants and focal copy number aberrations, poor-prognosis hindbrain ependymomas exhibit a CpG island methylator phenotype. Transcriptional silencing driven by CpG methylation converges exclusively on targets of the Polycomb repressive complex 2 which represses expression of differentiation genes through trimethylation of H3K27. CpG island methylator phenotype-positive hindbrain ependymomas are responsive to clinical drugs that target either DNA or H3K27 methylation both in vitro and in vivo. We conclude that epigenetic modifiers are the first rational therapeutic candidates for this deadly malignancy, which is epigenetically deregulated but genetically bland. Although genetically bland, the posterior fossa group A subgroup of ependymomas, found often in infants and associated with poor prognosis, exhibit widespread epigenetic alterations, namely a CpG island methylator phenotype; these tumours are shown to be susceptible both in vitro and in vivo to various compounds that target epigenetic modifications, such as DNA methylation and H3K27 tri-methylation. In this issue of Nature two groups present independent genomic analyses on ependymomas, a type of tumour that occurs throughout the nervous system, but most commonly in the hindbrain in children. Mack et al. found a low overall mutation rate and no significant recurrent mutations in 47 hindbrain ependymomas. But posterior fossa group B tumours, a subgroup found predominantly in infants and associated with poor prognosis, were distinguished by a CpG island methylator phenotype. This subgroup is shown to be susceptible to various compounds that target epigenetic modifications, including an EZH2 inhibitor that showed efficacy in a mouse xenograft model. Parker et al. found the C11orf95–RELA fusion gene in about 70% of supratentorial tumours, but not in other ependymoma subgroups. The gene fusions arise through chromothripsis and lead to the expression of a fusion protein that constitutively activates NF-κB signalling. In a mouse model, expression of C11orf95–RELA in neural stem cells leads to the formation of brain tumours. These findings identify NF-κB signalling as a possible therapeutic target in patients with this type of ependymoma.
0
Citation564
0
Save
0

Risk of development of diabetes mellitus after diagnosis of gestational diabetes

Denice Feig et al.Jul 28, 2008
Background: It is generally appreciated that gestational diabetes is a risk factor for type 2 diabetes. However, the precise relation between these 2 conditions remains unknown. We sought to determine the incidence of diabetes mellitus after diagnosis of gestational diabetes. Methods: We used a population-based database to identify all deliveries in the province of Ontario over the 7-year period from Apr. 1, 1995, to Mar. 31, 2002. We linked these births to mothers who had been given a diagnosis of gestational diabetes through another administrative database that records people with diabetes on the basis of either physician service claims or hospital admission records. We examined database records for these women from the time of delivery until Mar. 31, 2004, a total of 9 years. We determined the presence of diabetes mellitus according to a validated administrative database definition for this condition. Results: We identified 659 164 pregnant women who had no pre-existing diabetes. Of these, 21 823 women (3.3%) had a diagnosis of gestational diabetes. The incidence of gestational diabetes rose significantly over the 9-year study period, from 3.2% in 1995 to 3.6% in 2001 (p < 0.001). The probability of diabetes developing after gestational diabetes was 3.7% at 9 months after delivery and 18.9% at 9 years after delivery. After adjustment for age, urban or rural residence, neighbourhood income quintile, whether the woman had a previous pregnancy, whether the woman had hypertension after the index delivery, and primary care level before the index delivery, the most significant risk factor for diabetes was having had gestational diabetes during the index pregnancy (hazard ratio 37.28, 95% confidence interval 34.99–40.88; p < 0.001). Age, urban residence and lower income were also important factors. When analyzed by year of delivery, the rate of development of diabetes was higher among the latest subcohort of women with gestational diabetes (delivery during 1999–2001) than among the earliest subcohort (delivery during 1995 or 1996) (16% by 4.7 years after delivery v. 16% by 9.0 years). Interpretation: In this large population-based study, the rate of development of diabetes after gestational diabetes increased over time and was almost 20% by 9 years. This estimate should be used by clinicians to assist in their counselling of pregnant women and by policy-makers to target these women for screening and prevention
0
Citation431
0
Save
0

Cytogenetic Prognostication Within Medulloblastoma Subgroups

David Shih et al.Feb 4, 2014
Medulloblastoma comprises four distinct molecular subgroups: WNT, SHH, Group 3, and Group 4. Current medulloblastoma protocols stratify patients based on clinical features: patient age, metastatic stage, extent of resection, and histologic variant. Stark prognostic and genetic differences among the four subgroups suggest that subgroup-specific molecular biomarkers could improve patient prognostication.Molecular biomarkers were identified from a discovery set of 673 medulloblastomas from 43 cities around the world. Combined risk stratification models were designed based on clinical and cytogenetic biomarkers identified by multivariable Cox proportional hazards analyses. Identified biomarkers were tested using fluorescent in situ hybridization (FISH) on a nonoverlapping medulloblastoma tissue microarray (n = 453), with subsequent validation of the risk stratification models.Subgroup information improves the predictive accuracy of a multivariable survival model compared with clinical biomarkers alone. Most previously published cytogenetic biomarkers are only prognostic within a single medulloblastoma subgroup. Profiling six FISH biomarkers (GLI2, MYC, chromosome 11 [chr11], chr14, 17p, and 17q) on formalin-fixed paraffin-embedded tissues, we can reliably and reproducibly identify very low-risk and very high-risk patients within SHH, Group 3, and Group 4 medulloblastomas.Combining subgroup and cytogenetic biomarkers with established clinical biomarkers substantially improves patient prognostication, even in the context of heterogeneous clinical therapies. The prognostic significance of most molecular biomarkers is restricted to a specific subgroup. We have identified a small panel of cytogenetic biomarkers that reliably identifies very high-risk and very low-risk groups of patients, making it an excellent tool for selecting patients for therapy intensification and therapy de-escalation in future clinical trials.
0
Citation284
0
Save
0

Point of Care Liquid Biopsy for Cancer Treatment—Early Experience from a Community Center

C. Nicholas et al.Jul 10, 2024
Liquid biopsy is rapidly becoming an indispensable tool in the oncologist’s arsenal; however, this technique remains elusive in a publicly funded healthcare system, and real-world evidence is needed to demonstrate utility and feasibility. Here, we describe the first experience of an in-house point of care liquid biopsy program at a Canadian community hospital. A retrospective review of consecutive cases that underwent plasma-based next-generation sequencing (NGS) was conducted. Liquid biopsy was initiated at the discretion of clinicians. Sequencing followed a point of care workflow using the Genexus™ integrated sequencer and the Oncomine precision assay, performed by histotechnologists. Results were reported by the attending pathologist. Eligible charts were reviewed for outcomes of interest, including the intent of the liquid biopsy, results of the liquid biopsy, and turnaround time from blood draw to results available. A total of 124 cases, with confirmed or suspected cancer, underwent liquid biopsy between January 2021 and November 2023. The median turnaround time for liquid biopsy results was 3 business days (range 1–12 days). The sensitivity of liquid biopsies was 71%, compared to tissue testing in cases with matched tissue results available for comparison. Common mutations included EGFR (29%), in 86 lung cancer patients, and PIK3CA (22%), identified in 13 breast cancer patients. Healthcare providers ordered liquid biopsies to inform diagnostic investigations and treatment decisions, and to determine progression or resistance mechanisms, as these reasons often overlapped. This study demonstrates that rapid in-house liquid biopsy using point of care methodology is feasible. The technique facilitates precision treatment and offers many additional advantages for cancer care.