ZY
Zeng Ye
Author with expertise in Sleep and Insomnia
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
9
(44% Open Access)
Cited by:
289
h-index:
22
/
i10-index:
42
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Integrated analysis of lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA network in squamous cell carcinoma of tongue

Rui-Sheng Zhou et al.Aug 7, 2019
Numerous studies have highlighted that long non-coding RNAs (lncRNAs) can bind to microRNA (miRNA) sites as competing endogenous RNAs (ceRNAs), thereby affecting and regulating the expression of mRNAs and target genes. These lncRNA-associated ceRNAs have been theorized to play a significant role in cancer initiation and progression. However, the roles and functions of the lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA network in squamous cell carcinoma of the tongue (SCCT) are still unclear.The miRNA, mRNA and lncRNA expression profiles from 138 patients with SCCT were downloaded from The Cancer Genome Atlas database. We identified the differential expression of miRNAs, mRNAs, and lncRNAs using the limma package of R software. We used the clusterProfiler package for GO and KEGG pathway annotations. The survival package was used to estimate survival analysis according to the Kaplan-Meier curve. Finally, the GDCRNATools package was used to construct the lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA network.In total, 1943 SCCT-specific mRNAs, 107 lncRNAs and 100 miRNAs were explored. Ten mRNAs (CSRP2, CKS2, ADGRG6, MB21D1, GMNN, RIPOR3, RAD51, PCLAF, ORC1, NAGS), 9 lncRNAs (LINC02560, HOXC13 - AS, FOXD2 - AS1, AC105277.1, AC099850.3, STARD4 - AS1, SLC16A1 - AS1, MIR503HG, MIR100HG) and 8 miRNAs (miR - 654, miR - 503, miR - 450a, miR - 379, miR - 369, miR - 190a, miR - 101, and let-7c) were found to be significantly associated with overall survival (log-rank p < 0.05). Based on the analysis of the lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA network, one differentially expressed (DE) lncRNA, five DEmiRNAs, and three DEmRNAs were demonstrated to be related to the pathogenesis of SCCT.In this study, we described the gene regulation by the lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA network in the progression of SCCT. We propose a new lncRNA-associated ceRNA that could help in the diagnosis and treatment of SCCT.
0
Citation288
0
Save
0

Associations Between Brain Structural Connectivity and 1‐Year Demoralization in Breast Cancer: A Longitudinal Diffusion Tensor Imaging Study

Mu Liang et al.Jan 1, 2024
Purposes: This study aims to explore the association between brain structural connectivity and 1‐year demoralization in patients with newly diagnosed breast cancer. Methods: Patients were enrolled from a multicenter longitudinal program named as Be Resilient to Breast Cancer (BRBC) between 2017 and 2019. Brain structural connectivity was assessed with diffusion tensor imaging (DTI) at baseline and the demoralization scale II collected self‐report data at baseline and 1 year later. A data‐driven correlational tractography was performed to recognize significant neural pathways associated with the group membership (increased vs. nonincreased demoralization). The incremental prediction values of Quantitative Anisotropy (QA) extracted from the significant white matter tracts against the group membership were evaluated. Results: 21.2% ( N = 31) reported increased 1‐year demoralization. Inferior fronto‐occipital fasciculus (IFOF) was associated with 1‐year demoralization in breast cancer. The incremental prediction values of QAs in net reclassification improvement (NRI) and integrated discrimination improvement (IDI) ranged from 8.11% to 46.89% and 9.12% to 23.95%, respectively, over the conventional tumor‐nodal metatasis (TNM) staging model. Conclusion: Anisotropy in IFOF is a potential prediction neuromarker to 1‐year demoralization in patients with newly diagnosed breast cancer. Trial Registration: ClinicalTrials.gov identifier: NCT03026374