XS
Xuemei Song
Author with expertise in Viral RNA Silencing and Plant Immunity
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(71% Open Access)
Cited by:
314
h-index:
16
/
i10-index:
24
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

BRCA1–BARD1 promotes RAD51-mediated homologous DNA pairing

Weixing Zhao et al.Oct 1, 2017
The tumour suppressor complex BRCA1–BARD1 functions in the repair of DNA double-stranded breaks by homologous recombination. During this process, BRCA1–BARD1 facilitates the nucleolytic resection of DNA ends to generate a single-stranded template for the recruitment of another tumour suppressor complex, BRCA2–PALB2, and the recombinase RAD51. Here, by examining purified wild-type and mutant BRCA1–BARD1, we show that both BRCA1 and BARD1 bind DNA and interact with RAD51, and that BRCA1–BARD1 enhances the recombinase activity of RAD51. Mechanistically, BRCA1–BARD1 promotes the assembly of the synaptic complex, an essential intermediate in RAD51-mediated DNA joint formation. We provide evidence that BRCA1 and BARD1 are indispensable for RAD51 stimulation. Notably, BRCA1–BARD1 mutants with weakened RAD51 interactions show compromised DNA joint formation and impaired mediation of homologous recombination and DNA repair in cells. Our results identify a late role of BRCA1–BARD1 in homologous recombination, an attribute of the tumour suppressor complex that could be targeted in cancer therapy. The tumour suppressor complex BRCA1–BARD1, which facilitates the generation of a single-stranded DNA template during homologous recombination, also binds to the recombinase RAD51 and enhances its function. Two of the hereditary breast cancer susceptibility genes (BRCAs) act during the initial stages of recombinational DNA repair. BRCA1, together with BARD1, helps to form the single-stranded DNA that is then bound by another complex, BRCA2–PALB2, which facilitates loading of the central DNA strand exchange factor, RAD51. Patrick Sung and colleagues now show that BRCA1–BARD1 can also directly interact with RAD51 and stimulate the formation of the synaptic complex—a crucial intermediate that aligns the damaged and repair template DNA molecules. Because cancer cells depend on functioning DNA repair to thrive, targeting these factors may provide therapeutic value.
0
Citation313
0
Save
0

First report of tomato as a natural host of tobacco vein banding mosaic virus (TVBMV) in Yunnan, China

Zhongtian Xu et al.Sep 5, 2024
Tomatoes (Solanum lycopersicum L.), as a significant solanaceous crop, have attracted global research interest focused on elucidating its plant virus incidence, epidemiology, and pathogenicity, especially in field production (Li et al. 2021; Rivarez et al. 2023). Tobacco vein banding mosaic virus (TVBMV) is classified in the genus Potyvirus. Since its discovery, TVBMV has been documented to infect tobacco, potato, jimsonweed, wild eggplant under nature conditions (Wang et al. 2017). Also, TVBMV could be transmitted to tomatoes by aphids (Myzus persicae) in laboratory conditions (Bi et al. 2020). However, to date, there is no sequence representing TVBMV infecting tomato deposited in NCBI nucleotide database. In August 2023, about 30% of tomato planted in an open field showing typical viral disease symptoms (chlorosis, yellowing, mosaic, curling, and mottling) in Dali, Yunnan, China. To identify the potential pathogen, about 9 symptomatic leave from different plants were collected, pooled and sent for high-throughput sequencing. In summary, total RNA was extracted using TRIzol ® Reagent (Invitrogen, CA, USA). Subsequently, RNA sequencing libraries were constructed using the TruSeq RNA sample prep kit (Illumina, CA, USA), followed by RNA-Seq sequencing performed on an Illumina HiSeq4000 platform (LC Sciences, USA). A total of 71,368,934 raw reads (paired-end) of the length 150-bp were generated. After quality control, 69,746,872 reads were retained and subjected to de novo assembly using Trinity (version 2.8.5). The assembled contigs (ranging from 186 nt to 15,573 nt) were searched against the NCBI non-redundant protein (NR) to detect potential viral pathogens using BLASTx with a cutoff e-value of 10 -5 . As a result, 2 viral contigs were assigned to 2 known viruses: TVBMV (Depth: 1960X, BLASTn similarity: 95.26%) and chilli veinal mottle virus (ChiVMV) (Depth: 3581X, BLASTn similarity: 98.22%). No other viruses and viroids were detected. The presence of TVBMV and ChiVMV were tested positive in all of the 9 samples originally collected. Notably, the detection primer for TVBMV identified in tomato (TVBMV-tomato) was designed from the newly assembled TVBMV genome (Forward: 5’- CTCGGTGAGGAAGGTGACATAAGT’; Reverse: 5’- CTTTCAACACCAGGGAATCTAGTG -3’). The nearly complete genome sequence of TVBMV-tomato was validated by overlapping RT-PCR and submitted to NCBI nucleotide database (accession: PP848192). To assess TVBMV-tomato infectivity, symptomatic tomato leaf sap was mechanically inoculated onto 4 healthy tomatoes, with healthy tomato leaf sap serving as a control. After 3 weeks, plants inoculated with symptomatic sap showed leaf curling and stunting, while control plants remained unaffected. All symptomatic samples tested positive for TVBMV via RT-PCR (4/4). For comparison, TVBMV could not be detected in the control sample. Sanger sequencing verified the expected 986 bp amplicon sequences. However, ChiVMV was also detected in all symptomatic tomato samples, which makes it possible that the symptoms after inoculation were the result of the synergism of TVBMV and ChiVMV. Phylogenetic analysis based on complete coding sequence revealed that TVBMV-tomato was most closely related to TVBMV identified from Solanum lyratum. To our knowledge, this work represents the first report of natural occurrence of TVBMV in agroecosystem in Yunnan, China.
0

Unlocking Precision: Advancing Rapid Field Molecular Identification of Tuta absoluta Across its Life Cycle Using Locked Nucleic Acid Strategies

Yuhao Cao et al.Jun 1, 2024
Rapid and accurate insect identification is crucial for effective plant quarantine procedures. This study introduced a reverse transcription recombinase-assisted amplification-lateral flow strip (RT RAA-LFS), specifically designed for on-site detection of the globally quarantined pest, Tuta absoluta, within a 25-minute timeframe. A pivotal strategy involved integrating three locked nucleic acid (LNA) modifications into a species-specific probe, enabling RT RAA to selectively and efficiently amplify the unique haplotype of T. absoluta's mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene. After determining the amplification product dilution factor and the volumes of primers, magnesium acetate, and nucleic acid lysate in the amplification system, the finalized RT RAA-LFS system is capable of direct visual detection, complemented by handheld fluorescence detection for quantum dots (QDs) fluorescence on the lateral flow strip. This technique successfully identifies various developmental stages of T. absoluta in crude nucleic acid lysates without the need for genomic DNA extraction. Moreover, it detected the target gene in the genomic solution, reaching concentrations as low as 1.6 pg or 51 copies per 50-µL reaction system, aligning with qPCR results. Field validation with 50 insect samples supports the correlation between RT RAA-LFS quantum dots' fluorescence intensity and LFS color intensity, affirming the system's reliability in estimating the target gene copy number (R=0.584, p < 0.01). This validation emphasizes the practical efficacy of the RT RAA-LFS system for T. absoluta detection, highlighting its potential as a rapid on-site tool in agricultural pest management.
0

Serial multiple mediating role of coping style and anxiety in the relationship between life events and academic satisfaction in Chinese medical undergraduates

Jiarun Yang et al.Nov 22, 2024
Objectives Academic satisfaction plays an important role in promoting the future careers of medical undergraduates. Therefore, it is of great significance to improve academic satisfaction by exploring its influencing factors. The purpose of this study was to investigate the serial multiple mediating role of life events, coping styles, anxiety, and academic satisfaction among Chinese medical students. Methods In this cross-sectional study, clinical medicine students from a medical university in Heilongjiang Province were surveyed using stratified random cluster sampling procedures. The questionnaires included the Adolescent Life Events Scale, the Simple Coping Style Questionnaire, the Self-rating Anxiety Scale, and the Academic Satisfaction Scale. Pearson’s correlation analysis and bootstrap analysis were used for statistical analysis. Results Life events were negatively related to positive coping styles and academic satisfaction and were positively related to anxiety symptoms. Positive coping styles were negatively associated with anxiety symptoms and positively associated with academic satisfaction. Anxiety symptoms were negatively associated with academic satisfaction. The serial multiple mediating role of positive coping style and anxiety in the relationship between life events and academic satisfaction was significant. Conclusion The results showed that life events were sequentially associated with decreased positive coping styles and then increased anxiety, which resulted in reduced academic satisfaction among medical students.
0

Achieving Precise Dual Detection: One-Tube Reverse Transcription-Recombinase Aided Amplification (RT-RAA) Combined with Lateral Flow Strip (LFS) Assay for RNA and DNA Target Genes from Pepper Mild Mottle Virus and Colletotrichum Species in Crude Plant Samples

Yuhao Cao et al.Sep 18, 2024
Ensuring the detection sensitivity of both RNA-derived and DNA-derived target genes in a single reaction has posed a significant challenge for on-site detection of plant pathogens. This challenge was addressed by developing a one-tube dual RT-RAA assay combined with LFS for the rapid on-site detection of pepper mild mottle virus (PMMoV) and four Colletotrichum species causing anthracnose in Solanaceous crops. By testing four different combinations of primer groups, two combinations were precisely adjusted within the dual RT-RAA system to balance amplification efficiency and maintain consistent levels of amplification in crude plant samples. Utilizing commercially accessible small-scale equipment and following a streamlined optimization strategy, the assay achieved a limit of detection of 0.32 copies/μL of target genes in the reaction. Importantly, it demonstrated no cross-reactivity with other plant pathogens, thereby affirming the high sensitivity and specificity of the developed dual RT-RAA-LFS detection assay. Moreover, the entire process took only 25 min from sample collection to the visible presentation of results. The assay was validated with 60 field samples and 10 seed samples, producing results consistent with reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). Notably, it successfully detected PMMoV in systemic leaves without visible symptoms three days post-inoculation, underscoring its effectiveness in early disease detection. This streamlined strategy offers a valuable approach for rapid, low-cost, and highly sensitive on-site simultaneous detection of RNA genome-contained PMMoV and DNA genome-contained Colletotrichum species.
0

First report of potato virus H infecting tomato (Solanum lycopersicum) in China

Zhongtian Xu et al.Aug 8, 2024
Potato virus H (PVH), belonging to the genus Carlavirus in the family Betaflexiviridae, was initially discovered in potato plants in Inner Mongolia, China (Li et al., 2013). Subsequently, it was documented to infect pepino, a perennial shrub of the Solanaceae family like potatoes (Abouelnasr et al., 2014). Tomato (Solanum lycopersicum L.), a major global crop, faces threats from various plant viruses. In an open field survey in Yunnan, China during July 2023, tomatoes (cultivar: Liangsi) showed typical virus symptoms: leaf yellowing, curling, mottling, and fruit with abnormal shape and color. Eleven symptomatic tomato samples were collected for high-throughput sequencing to identify the potential pathogen. RNA sequencing libraries were prepared using the TruSeq RNA sample prep kit (Illumina, San Diego, CA, USA), followed by RNA-seq sequencing on an Illumina HiSeq4000 platform (LC Sciences, USA). Approximately 77,928,560 paired-end reads (150-bp each) were generated. After quality control, 75,808,296 reads were retained and subjected to de novo assembly using Trinity (version 2.8.5). The assembled contigs, ranging from 198 nt to 15865 nt, were used as queries to search against the NCBI non-redundant protein sequence database (NR) or nucleotide sequence database (NT) to detect the potential pathogens using BLASTx and BLASTn program with a cutoff e-value of 10-5. As a consequence, certain contigs were assigned to 3 plant viruses, including PVH (the highest RdRp blastx identity to UAD82396.1: 97.8%), Capsicum chlorosis virus (CaCV, the highest RdRp blastx identity to APQ31267.1: 98.4%), and southern tomato virus (STV, the highest CP-RdRp fusion protein blastx identity to QOW17541.1: 99.74%). The presence of the identified 3 viruses was subsequently screened in the 11 tomato samples originally collected from the corresponding field. Notably, the specific detection primers for the PVH genome was designed from the newly assembled PVH genome (Forward primer: 5’- ATAGTTGTGCACTGTGTGCCTG-3’; Reverse primer: 5’-GCTTAAGGTTCTTAGCGTATTC-3’), targeting ~1.1kb. Consequently, PVH was detected in 3 out of 11 samples: 2 leaf samples and 1 fruit sample, with one leaf sample showing a single infection. The complete genome sequence of PVH in tomatoes (PVH-tomato) was successfully obtained by assembling nine overlapping regions spanning the entire PVH-tomato genome, following the RT-PCR and the 5’ RACE and 3’ RACE approaches, and deposited in NCBI nucleotide database with accession number OR397130.1Phylogenetic analysis based on the full genome sequences of PVH-tomato and other publicly available PVH isolates revealed that PVH-tomato was closely related to a PVH isolate found in potatoes in Yunnan (blastn similarity: 97.76%) (Fig. S1A). To test PVH-tomato infectivity and pathogenicity, four healthy Nicotiana benthamiana and four healthy tomato plants were mechanically inoculated with PVH-infected leaf sap; controls used sap from healthy plants. Three weeks post-inoculation, all N. benthamiana (4/4) and three tomato plants (3/4) were PVH-positive by RT-PCR. Symptoms were milder in N. benthamiana, and only two tomato plants (2/4) showed leaf curling. No PVH was detected in control samples (Figure S1B, S1C). Sanger sequencing confirmed the amplicons' expected length of 1093 bp. Previously, PVH was documented only in potato and pepino. This is the first report of tomatoes as natural PVH hosts and PVH infecting N. benthamiana under lab conditions.