PC
Pengyu Chen
Author with expertise in Genomic Analysis of Ancient DNA
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(75% Open Access)
Cited by:
14
h-index:
18
/
i10-index:
31
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
28

Peopling of Tibet Plateau and multiple waves of admixture of Tibetans inferred from both modern and ancient genome-wide data

Mengge Wang et al.Jul 3, 2020
Abstract Archeologically attested human occupation on the Tibet Plateau (TP) can be traced back to 160 thousand years ago (kya, Xiahe) via archaic people and 30~40 kya via anatomically modern human in Nwya Devu. However, the past human movements and peopling of the TP keep in its infancy in the modern/ancient DNA studies. Here, we performed the first modern/ancient genomic meta-analysis among 3,017 Paleolithic to present-day eastern Eurasian genomes (2,444 modern individuals from 183 populations (including 98 Ü-Tsang/Ando/Kham Tibetans) and 573 ancients (including 161 Chinese ancients first meta-analyzed here)). Closer genetic connection between ancient-modern highland Tibetans and lowland island/coastal Neolithic northern East Asians was identified, reflecting the main ancestry of high-altitude Tibeto-Burman speakers originated from the ancestors of Houli/Yangshao/Longshan ancients in the middle and lower Yellow River basin, consistent with the common North-China origin of Sino-Tibetan language and dispersal pattern of millet farmers. Although the shared common northern East Asian lineage between Tibetans and lowland East Asians, we still identified genetic differentiation between Highlanders and lowland northern East Asians, the former harboring more deeply diverged Hoabinhian/Onge ancestry and the latter possessing more modern Neolithic southern East Asian and Siberian ancestry, which suggested the co-existence of Paleolithic and Neolithic ancestries in modern and Neolithic East Asian Highlanders. Tibetans from Ü-Tsang/Ando/Kham Tibetan regions showed strong population stratifications consistent with their cultural backgrounds and geographic terrains (showed as barriers for human movements): stronger Chokhopani affinity in Ü-Tsang Tibetans, more western Eurasian ancestry in Ando and greater Neolithic southern East Asian ancestry in Kham Tibetan. Modern combined ancient genomes documented multiple waves of human migrations in TP past: the first layer of local Hunter-Gatherer mixed with Qijia Farmer arose the Chokhopani-associated Proto-Tibetan-Burman, admixture with the additional genetic materials from the western Eurasian steppe, Yellow River and Yangtze River respectively gave rise to modern Ando, Ü-Tsang and Kham Tibetans.
28
Citation13
0
Save
6

New insights from the combined discrimination of modern/ancient genome-wide shared alleles and haplotypes: Differentiated demographic history reconstruction of Tai-Kadai and Sinitic people in South China

Mengge Wang et al.Jun 22, 2021
Abstract Southern China was a region with mixed rice-millet farming during the Middle Neolithic period and also suggested to be the homeland of Tai-Kadai-speaking (TK) people. The archaeological evidence of animal and plant domestication has demonstrated that southern Chinese rice agriculturalists dispersed from the Yangtze River basin with the dissemination of TK, Austroasiatic (AA), Austronesian (AN) and Hmong-Mien (HM) languages. However, the formations of the inland TK-speaking people, central/southern Han Chinese and their relationships with Neolithic farmers from the Yangtze and Yellow Rivers (YR) basins are far from clear due to the limited sampling of South China. Here, we revealed the spatiotemporal demographic history of southern China by analyzing newly generated genome-wide data of 70 southeastern mainland TK speakers including Dong, Gelao and Bouyei and 45 southwestern Han Chinese together with comprehensive modern/ancient reference datasets. Southwest Han Chinese and Gelao demonstrated a closer genomic affinity to Neolithic YR farmers, while inland TKs (Dong and Bouyei) demonstrated a closer genomic affinity to coastal TK/AN-speaking islanders and Neolithic Yangtze farmers and their descendants. The shared genetic drift between inland TK/AN speaker highlighted a common origin of AN/TK groups, which may be descended from Tanshishan people or their predecessors (Xitoucun). Additionally, we found that inland TK/Sinitic could be modelled as an admixture of ancestral northern East Asian (ANEA) and ancestral southern East Asian (ASEA) sources with different proportions, in which the ANEA was phylogenetically closer to Neolithic millet farmers deriving from the YR Basin and the ASEA was phylogenetically closer to Coastal Neolithic-to-modern southern East Asians. Finally, we discovered genetic differentiation among TK people from southern China and Southeast Asia and obvious substructures between northern and southern inland Chinese TK people. The observed patterns of the spatiotemporal distribution of the northern and southern East Asian lineages in Central/southern China were also compatible with the scenario of bi-directional gene flow events from ANEA and ASEA. Conclusively, multiple lines of genomic evidence indicated millet farmers deriving from the YR basin and rice farmers deriving from the Yangtze River basin substantially contributed to the present-day mainland TK speakers and Central/southern Han Chinese, and formed the modern dual genetic admixture profile.
6
Citation1
0
Save
0

Magnetic beads as intravesical foreign bodies in children: our clinical experience

Yefeng Zeng et al.Jan 15, 2025
Purpose To analyze the clinical data of five patients involving intravesical magnetic beads, summarizing diagnostic and therapeutic experiences. Methods From January 2018 to November 2023, five pediatric patients were treated for intravesical magnetic beads at Shenzhen Children's Hospital. We retrospectively reviewed and analyzed the records of these patients, including demographic characteristics, clinical symptoms, imaging studies, and treatment methods. Results All intravesical magnetic beads were retrieved from patients’ bladders. The patients ranged from 12 to 14 years, with a mean age of 13 years. None of them had a history of psychiatric disorders. Depending on the number of magnetic beads, their aggregation state, and the time since insertion, Three cases were successfully retrieved via cystoscopy, one via pneumovesicoscopy, and another via open surgery. No complications were observed during the postoperative follow-up. Conclusion Magnetic beads are a relatively rare type of intravesical foreign bodies and should be surgically removed as soon as possible. Cystoscopy is the first method for both diagnosis and treatment. When magnetic beads cannot be retrieved via cystoscopy, pneumovesicoscopy may be a viable option for the retrieval of foreign bodies. When endoscopic techniques are unsuitable or have failed, open surgery is a necessary option.
0

Galunisertib promotes bevacizumab-induced vascular normalization in nasopharyngeal carcinoma: multi-parameter MRI evaluation

Jing Yu et al.Aug 8, 2024
Tumor vascular normalization (TVN) is associated with antitumor therapeutic efficacy in nasopharyngeal carcinoma (NPC). However, the short time window of TVN is the biggest hindrance to its wide clinical application. We investigated whether targeting transforming growth factor beta can enhance the TVN effect of bevacizumab (BEV)-induced patient-derived xenograft (PDX) models of NPC. We constructed mouse subcutaneous PDX models of NPC and classified the mice into four drug-treatment groups, namely placebo control, galunisertib, BEV, and galunisertib + BEV. We performed MRI multi-parameter examinations at different time points and evaluated the vascular density, vascular structure, and tumor hypoxia microenvironment by histopathology. The efficacy of chemotherapy and drug delivery was evaluated by administering cisplatin. We found that combined therapy with galunisertib and BEV significantly delayed tumor growth, enhanced the TVN effect, and improved chemotherapeutic efficacy compared with monotherapy. Mechanistically, galunisertib reversed the epithelial-mesenchymal transition process and inhibited the expression of hypoxia-inducible factor 1α and vascular endothelial growth factor by downregulating LAMC2. Correlation analysis of MRI data and pathological indicators showed that there was a good correlation between them.