Genome-wide association studies have identified thousands of loci for common diseases, but, for the majority of these, the mechanisms underlying disease susceptibility remain unknown. Most associated variants are not correlated with protein-coding changes, suggesting that polymorphisms in regulatory regions probably contribute to many disease phenotypes. Here we describe the Genotype-Tissue Expression (GTEx) project, which will establish a resource database and associated tissue bank for the scientific community to study the relationship between genetic variation and gene expression in human tissues.

ABSTRACT Mechanisms of drug resistance other than P-glycoprotein are of increasing interest as the list of newly identified members of the ABC transport family has grown. We sought to characterize the phenotype of the newly discovered ABC transporter encoded by the mitoxantrone resistance gene, MXR, also known as ABCP1 or BCRP. The pharmacodynamics of mitoxantrone and 12 other fluorescent drugs were evaluated by confocal microscopy in four multidrug-resistant human colon (S1) and breast (MCF-7) cancer cell lines. We utilized two sublines, MCF-7 AdVp3000 and S1-M1-80, and detected overexpression of MXR by PCR, immunoblot assay and immunohistochemistry. These MXR overexpressing sublines were compared to cell lines with P-glycoprotein- and MRP-mediated resistance. High levels of cross-resistance were observed for mitoxantrone, the anthracyclines, bisantrene and topotecan. Reduced levels of mitoxantrone, daunorubicin, bisantrene, topotecan, rhodamine 123 and prazosin were observed in the two sublines with high MXR expression. Neither the P-glycoprotein substrates vinblastine, paclitaxel, verapamil and calcein-AM, nor the MRP substrate calcein, were extruded from MCF-7 AdVp3000 and S1-M1-80 cells. Thus, the multidrug-resistant phenotype due to MXR expression is overlapping with, but distinct from, that due to P-glycoprotein. Further, cells that overexpress the MXR protein seem to be more resistant to mitoxantrone and topotecan than cells with P-glycoprotein-mediated multidrug resistance. Our studies suggest that the ABC half-transporter, MXR, is a potent, new mechanism for conferring multiple drug resistance. Definition of its mechanism of transport and its role in clinical oncology is required.

Atomic layer etching (ALE) is a technique for removing thin layers of material using sequential reaction steps that are self-limiting. ALE has been studied in the laboratory for more than 25 years. Today, it is being driven by the semiconductor industry as an alternative to continuous etching and is viewed as an essential counterpart to atomic layer deposition. As we enter the era of atomic-scale dimensions, there is need to unify the ALE field through increased effectiveness of collaboration between academia and industry, and to help enable the transition from lab to fab. With this in mind, this article provides defining criteria for ALE, along with clarification of some of the terminology and assumptions of this field. To increase understanding of the process, the mechanistic understanding is described for the silicon ALE case study, including the advantages of plasma-assisted processing. A historical overview spanning more than 25 years is provided for silicon, as well as ALE studies on oxides, III–V compounds, and other materials. Together, these processes encompass a variety of implementations, all following the same ALE principles. While the focus is on directional etching, isotropic ALE is also included. As part of this review, the authors also address the role of power pulsing as a predecessor to ALE and examine the outlook of ALE in the manufacturing of advanced semiconductor devices.

We have investigated the adsorption of the uranyl ion (UO22+) in contact with amorphous silica (SiO2), γ-alumina (Al2O3), and montmorillonite surfaces in the pH range of 3.1–6.5, using X-ray absorption fine structure (XAFS) spectroscopy to observe the local structure around the uranium atom. Analysis shows that in all samples the uranyl ion structure is preserved, with two axial oxygen atoms detected at ca. 1.8 Å. For the montmorillonite samples at low pH a single equatorial oxygen shell is observed at ca. 2.4 Å, with a coordination number of 6 ± 1. At near-neutral pH (6.41) and high ion concentration (0.1 M NaCl), two separate equatorial shells are observed with bond lengths of ca. 2.30 and 2.48 Å. The samples of uranyl on silica and γ-alumina are all observed to have two separate equatorial shells with bond lengths of ca. 2.30 Å and 2.49 Å. A uranium shell at ca. 4.0 Å is observed in the near-neutral pH (∼6.5) samples of uranyl on silica and on γ-alumina. A silicon shell at ca. 3.10 Å is observed in the sample of uranyl on silica at pH 6.5. These results suggest that adsorption of the uranyl ion onto montmorillonite at low pH occurs via ion exchange, leaving the inner-sphere uranyl aquo-ion structure intact. At near-neutral pH and in the presence of a competing cation, inner-sphere complexation with the surface predominates. Adsorption of the uranyl onto the silica and γ-alumina surfaces appears to occur via an inner-sphere, bidentate complexation with the surface, with the formation of polynuclear surface complexes occurring at near-neutral pH.