CZ
Chao Zhang
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T-GCN: A Temporal Graph Convolutional Network for Traffic Prediction

Ling Zhao et al.Aug 22, 2019
Accurate and real-time traffic forecasting plays an important role in the Intelligent Traffic System and is of great significance for urban traffic planning, traffic management, and traffic control. However, traffic forecasting has always been considered an open scientific issue, owing to the constraints of urban road network topological structure and the law of dynamic change with time, namely, spatial dependence and temporal dependence. To capture the spatial and temporal dependence simultaneously, we propose a novel neural network-based traffic forecasting method, the temporal graph convolutional network (T-GCN) model, which is in combination with the graph convolutional network (GCN) and gated recurrent unit (GRU). Specifically, the GCN is used to learn complex topological structures to capture spatial dependence and the gated recurrent unit is used to learn dynamic changes of traffic data to capture temporal dependence. Then, the T-GCN model is employed to traffic forecasting based on the urban road network. Experiments demonstrate that our T-GCN model can obtain the spatio-temporal correlation from traffic data and the predictions outperform state-of-art baselines on real-world traffic datasets. Our tensorflow implementation of the T-GCN is available at https://github.com/lehaifeng/T-GCN.
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Inherited defects in natural killer cells shape tumor immune microenvironment, clinical outcome and immunotherapy response

Xue Xu et al.Nov 16, 2018
Tumor immune microenvironment (TIME) plays an important role in metastasis and immunotherapy. However, it has been not much known how to classify TIMEs and how TIMEs are genetically regulated. Here we showed that tumors were classified into TIME-rich, -intermediate and -poor subtypes which had significant differences in clinical outcomes, abundances of tumor-infiltrating lymphocytes (TILs), degree of key immune programs activation, and immunotherapy response across 13 common cancer types (n= 6,000). Furthermore, TIME-intermediate, -poor patients had significantly more inherited genetic defects (i.e., functional germline variants) in natural killer (NK) cells, antigen processing and presentation (APP) and Wnt signaling pathways than TIME-rich patients, and so did cancer patients than non-cancer individuals (n=4500). These results suggested that individuals who had more inherited defects in NK cells, APP and Wnt pathways had higher risk of developing cancers. Moreover, in the 13 common cancers the number of inheritable defected genes of NK cells was significantly negative-correlated with patient survival, TILs abundance in TIMEs and immunotherapy response, suggesting that inherited defects in NK cells alone were sufficient to shape TILs recruitment, clinical outcome and immunotherapy response, highlighting that NK cell activation was required in the 13 cancer types to drive the recruitment of immune troops into TIMEs. Thus, we proposed that cancer was a disease of NK cell inherited deficiencies. These results had implications in identifying of high-risk individuals based on germline genomes, implementing precision cancer prevention by adoptive transfer of healthy NK cells, and improving existing immunotherapies by combining of adoptive NK cell transfer (i.e., converting TIME-intermediate, poor tumors into TIME-rich tumors) and anti-PD-1 or CAR-T therapy.