Graminaceous plants secrete iron (Fe) chelators called mugineic acid family phytosiderophores (MAs) from their roots for solubilisation and mobilization of unavailable ferric (Fe3+) ions from the soil. The hydroxylated forms of these phytosiderophores have been found more efficient in chelation and subsequent uptake of minerals from soil which are available in very small quantities. The genes responsible for hydroxylation of phytosiderophores have been recognized as iron deficiency-specific clone 2 (Ids2) and iron deficiency-specific clone 3 (Ids3) in barley but their presence is not reported earlier in hexaploid wheat. Hence, the present investigation was done with the aim:(i) to search for the putative Hordeum vulgare Ids3 (HvIds3) ortholog in hexaploid wheat, (ii) physical mapping of HvIds3 ortholog on wheat chromosome using cytogenetic stocks developed in the background of wheat cultivar Chinese Spring and (iii) to analyze the effect of iron starvation on the expression pattern of this ortholog at transcription level. In the present investigation, a putative ortholog of HvIds3 gene was identified in hexaploid wheat using different bioinformatics tools. Further, protein structure of TaIDS3 was modelled using homology modeling and also evaluated modelled structure behavior on nanoseconds using molecular dynamics based approach. Additionally, the ProFunc results also predict the functional similarity between the proteins of HvIds3 and its wheat ortholog (TaIds3). The physical mapping study with the use of cytogenetic stocks confines TaIds3 in the telomeric region of chromosome 7AS which supports the results obtained by bioinformatics analysis. The relative expression analysis of TaIds3 indicated that the detectable expression of TaIds3 induces after 5th day of Fe-starvation and increases gradually up to 15th day and thereafter decreases till 35th day of Fe-starvation. This reflects that Fe deficiency directly regulates the induction of TaIds3 in the roots of hexaploid wheat.

Non-tuberculous mycobacteria (NTM) represent a diverse group of mycobacterial species known for causing opportunistic infections, especially in individuals with underlying health conditions. Unlike Mycobacterium tuberculosis (Mtb), the causative agent of tuberculosis, NTM species exhibit different pathogenic characteristics and drug resistance mechanisms, making them increasingly relevant in clinical settings. PtkA is a crucial protein tyrosine kinase that regulates bacterial growth, stress response, and virulence by phosphorylating various substrates in Mtb. Understanding whether PtkA homologs exist in NTM could provide insights into their virulence and resistance mechanisms. In silico approaches, which utilize computational tools for sequence alignment, structure prediction, and functional annotation, offer a powerful means to identify homologous proteins across different species. In this article, we have employed tools like BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), protein structure databases, and the NTM database to identify PtkA homologs in NTM genomes, providing a foundation for further studies.

The population of world is increasing at an alarming rate which requires a high amount of food to feed them. Climatic conditions are also changing year by year which causes a lot of losses in case of quality with quantity of product and also resurgence of a lot of insect and pests. Traditional breeding methods were the primary approach until the 20th century. Now, plant genome editing technologies offer a significant opportunity to modify specific genes linked to desired traits. This makes it possible to develop crop varieties with higher yields, resilient to changing harsh environments, resistance to pests and have the potential to accelerate crop development significantly. This review delves deeply into the investigation of genome editing techniques, while also addressing the obstacles and prospects associated with utilising this cutting-edge technology for the specific enhancement of various crop traits, boosts yield and strengthens the crop’s resistance against various pests.

Lesions and stable secondary structures in mRNA severely impact the translation efficiency, causing ribosome stalling and collisions. Prokaryotic ribosomal proteins Rps3, Rps4 and Rps5, located in the mRNA entry tunnel, form the mRNA helicase center and unwind stable mRNA secondary structures during translation. However, the mechanism underlying the detection of lesions on translating mRNA is unclear. We used Cryo-EM, biochemical assays, and knockdown experiments to investigate the apurinic/apyrimidinic (AP) endoribonuclease activity of bacterial ribosomes on AP-site containing mRNA. Our biochemical assays show that Rps3, specifically the 130RR131 motif, is important for recognizing and performing the AP-endoribonuclease activity. Furthermore, structural analysis revealed cleaved mRNA product in the 30S ribosome entry tunnel. Additionally, knockdown studies in Mycobacterium tuberculosis confirmed the protective role of Rps3 against oxidative and UV stress. Overall, our results show that prokaryotic Rps3 recognizes and processes AP-sites on mRNA via a novel mechanism that is distinct from eukaryotes.