Abstract Genome‐wide scans of nucleotide variation in human subjects are providing an increasing number of replicated associations with complex disease traits. Most of the variants detected have small effects and, collectively, they account for a small fraction of the total genetic variance. Very large sample sizes are required to identify and validate findings. In this situation, even small sources of systematic or random error can cause spurious results or obscure real effects. The need for careful attention to data quality has been appreciated for some time in this field, and a number of strategies for quality control and quality assurance (QC/QA) have been developed. Here we extend these methods and describe a system of QC/QA for genotypic data in genome‐wide association studies (GWAS). This system includes some new approaches that (1) combine analysis of allelic probe intensities and called genotypes to distinguish gender misidentification from sex chromosome aberrations, (2) detect autosomal chromosome aberrations that may affect genotype calling accuracy, (3) infer DNA sample quality from relatedness and allelic intensities, (4) use duplicate concordance to infer SNP quality, (5) detect genotyping artifacts from dependence of Hardy‐Weinberg equilibrium test P ‐values on allelic frequency, and (6) demonstrate sensitivity of principal components analysis to SNP selection. The methods are illustrated with examples from the “Gene Environment Association Studies” (GENEVA) program. The results suggest several recommendations for QC/QA in the design and execution of GWAS. Genet. Epidemiol . 34: 591–602, 2010. © 2010 Wiley‐Liss, Inc.

Recent reports have drawn attention to the importance of pulse pressure as a predictor of cardiovascular events. Pulse pressure is used neither by clinicians nor by guidelines to define treatable levels of blood pressure.In the Cardiovascular Health Study, 5888 adults 65 years and older were recruited from 4 US centers. At baseline in 1989-1990, participants underwent an extensive examination, and all subsequent cardiovascular events were ascertained and classified.At baseline, 1961 men and 2941 women were at risk for an incident myocardial infarction or stroke. During follow-up that averaged 6.7 years, 572 subjects had a coronary event, 385 had a stroke, and 896 died. After adjustment for potential confounders, systolic blood pressure (SBP), diastolic blood pressure (DBP), and pulse pressure were directly associated with the risk of incident myocardial infarction and stroke. Only SBP was associated with total mortality. Importantly, SBP was a better predictor of cardiovascular events than DBP or pulse pressure. In the adjusted model for myocardial infarction, a 1-SD change in SBP, DBP, and pulse pressure was associated with hazard ratios (95% confidence intervals) of 1.24 (1.15-1.35), 1.13 (1.04-1.22), and 1.21 (1.12-1.31), respectively; and adding pulse pressure or DBP to the model did not improve the fit. For stroke, the hazard ratios (95% confidence intervals) were 1.34 (1.21-1.47) with SBP, 1.29 (1.17-1.42) with DBP, and 1.21 (1.10-1.34) with pulse pressure. The association between blood pressure level and cardiovascular disease risk was generally linear; specifically, there was no evidence of a J-shaped relationship. In those with treated hypertension, the hazard ratios for the association of SBP with the risks for myocardial infarction and stroke were less pronounced than in those without treated hypertension.In this population-based study of older adults, although all measures of blood pressure were strongly and directly related to the risk of coronary and cerebrovascular events, SBP was the best single predictor of cardiovascular events.

Christopher Newton-Cheh and colleagues from the QTGEN consortium report genetic associations to the QT interval duration, a measure of cardiac repolarization which is a risk factor for sudden cardiac death, in three genome-wide association studies from the Framingham Heart Study, the Rotterdam Study and the Cardiovascular Health Study. QT interval duration, reflecting myocardial repolarization on the electrocardiogram, is a heritable risk factor for sudden cardiac death and drug-induced arrhythmias. We conducted a meta-analysis of three genome-wide association studies in 13,685 individuals of European ancestry from the Framingham Heart Study, the Rotterdam Study and the Cardiovascular Health Study, as part of the QTGEN consortium. We observed associations at P < 5 × 10−8 with variants in NOS1AP, KCNQ1, KCNE1, KCNH2 and SCN5A, known to be involved in myocardial repolarization and mendelian long-QT syndromes. Associations were found at five newly identified loci, including 16q21 near NDRG4 and GINS3, 6q22 near PLN, 1p36 near RNF207, 16p13 near LITAF and 17q12 near LIG3 and RFFL. Collectively, the 14 independent variants at these 10 loci explain 5.4–6.5% of the variation in QT interval. These results, together with an accompanying paper, offer insights into myocardial repolarization and suggest candidate genes that could predispose to sudden cardiac death and drug-induced arrhythmias.

Martin Tobin and colleagues report a meta-analysis of 23 genome-wide association studies for pulmonary function. They identify 16 loci newly associated with variation in two cross-sectional measures of lung function, used to define airway obstruction and to grade the severity of obstruction. Pulmonary function measures reflect respiratory health and are used in the diagnosis of chronic obstructive pulmonary disease. We tested genome-wide association with forced expiratory volume in 1 second and the ratio of forced expiratory volume in 1 second to forced vital capacity in 48,201 individuals of European ancestry with follow up of the top associations in up to an additional 46,411 individuals. We identified new regions showing association (combined P < 5 × 10−8) with pulmonary function in or near MFAP2, TGFB2, HDAC4, RARB, MECOM (also known as EVI1), SPATA9, ARMC2, NCR3, ZKSCAN3, CDC123, C10orf11, LRP1, CCDC38, MMP15, CFDP1 and KCNE2. Identification of these 16 new loci may provide insight into the molecular mechanisms regulating pulmonary function and into molecular targets for future therapy to alleviate reduced lung function.

We conducted meta-analyses of genome-wide association studies for atrial fibrillation (AF) in participants from five community-based cohorts. Meta-analyses of 896 prevalent (15,768 referents) and 2,517 incident (21,337 referents) AF cases identified a new locus for AF (ZFHX3, rs2106261, risk ratio RR = 1.19; P = 2.3 x 10(-7)). We replicated this association in an independent cohort from the German AF Network (odds ratio = 1.44; P = 1.6 x 10(-11); combined RR = 1.25; combined P = 1.8 x 10(-15)).

Measurements of erythrocytes within the blood are important clinical traits and can indicate various hematological disorders. We report here genome-wide association studies (GWAS) for six erythrocyte traits, including hemoglobin concentration (Hb), hematocrit (Hct), mean corpuscular volume (MCV), mean corpuscular hemoglobin (MCH), mean corpuscular hemoglobin concentration (MCHC) and red blood cell count (RBC). We performed an initial GWAS in cohorts of the CHARGE Consortium totaling 24,167 individuals of European ancestry and replication in additional independent cohorts of the HaemGen Consortium totaling 9,456 individuals. We identified 23 loci significantly associated with these traits in a meta-analysis of the discovery and replication cohorts (combined P values ranging from 5 x 10(-8) to 7 x 10(-86)). Our findings include loci previously associated with these traits (HBS1L-MYB, HFE, TMPRSS6, TFR2, SPTA1) as well as new associations (EPO, TFRC, SH2B3 and 15 other loci). This study has identified new determinants of erythrocyte traits, offering insight into common variants underlying variation in erythrocyte measures.