Following the discovery of the SARS-CoV-2 Omicron variant (B.1.1.529), the global COVID-19 outbreak has resurfaced after appearing to be relentlessly spreading over the past 2 years. This new variant showed marked degree of mutation, compared with the previous SARS-CoV-2 variants. This study investigates the evolutionary links between Omicron variant and recently emerged SARS-CoV-2 variants. The entire genome sequences of SARS-CoV-2 variants were obtained, aligned using Clustal Omega, pairwise comparison was computed, differences, identity percent, gaps, and mutations were noted, and the identity matrix was generated. The phylogenetics of Omicron variants were determined using a variety of evolutionary substitution models. The ultrametric and metric clustering methods, such as UPGMA and neighbor-joining (NJ), using nucleotide substitution models that allowed the inclusion of nucleotide transitions and transversions as Kimura 80 models, revealed that the Omicron variant forms a new monophyletic clade that is distant from other SARS-CoV-2 variants. In contrast, the NJ method using a basic nucleotide substitution model such as Jukes-Cantor revealed a close relationship between the Omicron variant and the recently evolved Alpha variant. Based on the percentage of sequence identity, the closest variants were in the following order: Omicron, Alpha, Gamma, Delta, Beta, Mu, and then the SARS-CoV-2 USA isolate. A genome alignment with other variants indicated the greatest number of gaps in the Omicron variant's genome ranging from 43 to 63 gaps. It is possible, given their close relationship to the Alpha variety, that Omicron has been around for much longer than predicted, even though they created a separate monophyletic group. Sequencing initiatives in a systematic and comprehensive manner is highly recommended to study the evolution and mutations of the virus.

Water stress is notably a critical environmental condition restricting plant growth and economic outputs in semi-arid and arid environments. In a pot experiment, we explored the potential function of α-tocopherol (α-toc) and/or ascorbic acid (AsA) on the agronomic and physio-biochemical features of oat grown in water-scarce conditions. Drought duration significantly reduced the soil electrical conductivity and pH but increased the soil temperature, influencing the nutrient availability and uptake. For example, post-drought (25 days) soil analysis indicated that electrical conductivity decreased from 597 to 306 mS/m, total dissolved solids from 298 to 153 mg/L, and pH from 7.5 to 6.3 in 25 days of drought. Further, the drought-stressed leaves also contained significantly lower metabolites, such as proline, protein, sugar, and glycine betaine, than the control leaves, indicating impaired plant defense mechanisms. Significantly increased enzymatic antioxidants in leaves (e.g., superoxide dismutase, ascorbate peroxidase, and peroxidase) suggested the inability of oat plants to overcome drought-induced oxidative damage. In contrast, AsA and/or α-toc significantly amplified the seed germination rates and plant growth. Taken together, our results demonstrate that AsA and α-toc have the capability to mitigate adverse effects of drought conditions on oat plants by improving leaf relative water contents, photosynthetic pigments, and the antioxidant defense system.

Introduction: Geraniol (Ger), a monoterpene, is a common constituent of several essential oils. This study explored the anticonvulsant effect of Ger in-vitro using nerve growth factor (NGF) prompted PC12 cell injured by Glutamate (Glu) and in-vivo using Pentylenetetrazole (PTZ)-induced kindling through the GABAergic pathway. Materials: To assess the effect of Ger on NGF prompted PC12 cells injured by Glu, Ger at concentrations of 25, 50, 100, 200 and 400 μg/mL was used. GABA, 5-HT, IL-1β, IL-4, and TNF-α levels and the gene expressions of GABAA-Rα 1, NMDAR1, GAD 65, GAD 67, GAT 1 and GAT 3 were measured in NGF-induced PC12 cells treated with Ger (100, and 200 μg/mL). Mice were randomly separated into five groups. Normal and PTZ groups in which mice were injected with saline or PTZ, respectively. PTZ + Ger 100, PTZ + Ger 200 and PTZ + SV groups in which mice orally administered Ger or sodium valproate (SV), respectively, then injected with PTZ. Results: Ger up to 400 μg/mL did not display any toxicity or injury in PC12 cells. Ger (100 to 200 μg/mL) reduced the injury induced by Glu, increased the gene expression of GABAA-Rα 1, GAD65 and GAD67 and decreased GAT 1, GAT 3 and NMDAR1 expression in NGF-induced PC12 cells damaged by Glu. Ger (100 to 200 μg/mL) increased GABA and reduced TNF-α, IL-4 and IL-1β levels in NGF-induced PC12 cells injured by Glu. As for the in-vivo results, Ger increased GABA, GAD, GAT 1 and 3 and lowered GABA T. Ger mitigated MDA, NO, IL-1β, IL-6, TNF-α and IFN-γ, GFAP, caspase-3, and − 9 levels and Bax gene expression and escalated GSH, SOD, catalase, BDNF and Bcl2 gene expression. Conclusion: Ger reduced the oxidative stress status, neuroinflammation and apoptosis and activated GABAergic neurotransmission, which might clarify its anticonvulsant. Ger protects animals against PTZ prompted kindling as established by the enhancement in short term as well as long-term memory. Ger mitigated the injury induced by Glu in NGF prompted PC12 cell. Keywords: geraniol, pentylenetetrazole, GABAergic, oxidative stress, neuroinflammation, apoptosis