AA
Abid Ali
Author with expertise in Tick-Borne Diseases and Pathogens Transmission
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
16
(56% Open Access)
Cited by:
256
h-index:
24
/
i10-index:
60
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Elucidating the mechanisms of α-Synuclein-lipid interactions using site-directed mutagenesis

Abid Ali et al.Jun 3, 2024
α-Synuclein (α-syn) is a small protein that is involved in cell vesicle trafficking in neuronal synapses. A progressive aggregation of this protein is the expected molecular cause of Parkinson's disease, a disease that affects millions of people around the world. A growing body of evidence indicates that phospholipids can strongly accelerate α-syn aggregation and alter the toxicity of α-syn oligomers and fibrils formed in the presence of lipid vesicles. This effect is attributed to the presence of high copies of lysines in the N-terminus of the protein. In this study, we performed site-directed mutagenesis and replaced one out of two lysines at each of the five sites located in the α-syn N-terminus. Using several biophysical and cellular approaches, we investigated the extent to which six negatively charged fatty acids (FAs) could alter the aggregation properties of K10A, K23A, K32A, K43A, and K58A α-syn. We found that FAs uniquely modified the aggregation properties of K43A, K58A, and WT α-syn, as well as changed morphology of amyloid fibrils formed by these mutants. At the same time, FAs failed to cause substantial changes in the aggregation rates of K10A, K23A, and K32A α-syn, as well as alter the morphology and toxicity of the corresponding amyloid fibrils. Based on these results, we can conclude that K10, K23, and K32 amino acid residues play a critical role in protein-lipid interactions since their replacement on non-polar alanines strongly suppressed α-syn-lipid interactions.
0
Citation2
0
Save
0

Tubulin‐binding region alters tau–lipid interactions and changes toxicity of tau fibrils formed in the presence of phosphatidylserine lipids

Abid Ali et al.Jun 19, 2024
Abstract Alzheimer's disease is the fastest‐growing neurodegenerative disease that affects over six million Americans. The abnormal aggregation of amyloid β peptide and Tau protein is the expected molecular cause of the loss of neurons in brains of AD patients. A growing body of evidence indicates that lipids can alter the aggregation rate of amyloid β peptide and modify the toxicity of amyloid β aggregates. However, the role of lipids in Tau aggregation remains unclear. In this study, we utilized a set of biophysical methods to determine the extent to which phospatidylserine (PS) altered the aggregation properties of Tau isoforms with one (1N4R) and two (2N4R) N terminal inserts that enhance the binding of Tau to tubulin. We found that the length and saturation of fatty acids (FAs) in PS altered the aggregation rate of 2N4R isoform, while no changes in the aggregation rate of 1N4R were observed. These results indicate that N terminal inserts play an important role in protein–lipid interactions. We also found that PS could change the toxicity of 1N4R and 2N4R Tau fibrils, as well as alter molecular mechanisms by which these aggregates exert cytotoxicity to neurons. Finally, we found that although Tau fibrils formed in the presence and absence of PS endocytosed by cells, only fibril species that were formed in the presence of PS exert strong impairment of the cell mitochondria.
0
Citation1
0
Save
0

Immunologic characterization of the Bm05br protein using the Rhipicephalus linnaei (Audouin, 1826) species as a tick model

Arlex Rodríguez-Durán et al.Jun 8, 2024
The identification and characterization of tick proteins allow us to discover new physiological targets useful for the development of tick control methods. Bm05br (Brazil Rhipicephalus microplus protein 05) is a protein with unknown function identified in the saliva of R. microplus. Rs05br (Brazil Rhipicephalus sanguineus protein 05), a protein with 99 % similarity to Bm05br, was identified in Rhipicephalus linnaei egg, larval, and nymphal stages, as well as in adult saliva. To improve the knowledge about both proteins, immunological characterization was performed, including antigenicity analysis, vaccination trials, and artificial feeding. The sequence and antigenicity analysis of Bm05br and Rs05br proteins showed that R. linnaei could serve as a tick model for cross-protection studies. The recombinant Bm05br protein was immunogenic. Anti-Bm05br antibodies recognized the homologous protein Rs05br in different stages, organs, and in the saliva of R. linnaei. Although rBm05br did not induce a protective response against infestation in R. linnaei in this study, further experiments could be developed taking into account new formulations and animal models for vaccination. These results also serve as a reference for future research on the function of these proteins in R. microplus and R. linnaei physiology, as well as other species of the genus Rhipicephalus.
0

Prediction of potential drug targets and key inhibitors (ZINC67974679, ZINC67982856, and ZINC05668040) against Rickettsia felis using integrated computational approaches

Sudais Rahman et al.Jan 16, 2025
Rickettsia felis , responsible for flea-borne spotted fever, is a rising zoonotic pathogen posing an increasing global threat due to its expanding geographical distribution. The rise in antibiotic-resistant strains of this pathogen underscores the urgent need for new therapeutic interventions. This study employed a comprehensive subtractive proteomics analysis of the R. felis proteome, aiming to identify essential, non-host homologous, and pathogen-specific proteins, which were subsequently evaluated as potential new drug targets. These findings offer valuable insights into the development of therapeutic strategies against rickettsiosis. The analysis revealed 343 proteins that are non-homologous to the host, including 108 essential proteins, 25 unique metabolic pathways, and 11 distinct proteins. Out of these, 10 proteins were druggable in which two associated with virulence, and one related to resistance (succinate dehydrogenase). Through a rigorous screening process and extensive literature review, succinate dehydrogenase emerged as a promising drug target. Protein interaction partners for succinate dehydrogenase were identified using the STRING database. To further assess the functionality of succinate dehydrogenase, structure-based studies were conducted. Approximately 18,000 ZINC compounds were screened, leading to the finding of six potential inhibitors: ZINC67847806, ZINC67982856, ZINC67974679, ZINC67895371, ZINC05668040, and ZINC05670149. Absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) profiling confirmed that most compounds met the preferred pharmacokinetic properties, except for ZINC67895371 and ZINC67847806, which exhibited positive ames test results, and ZINC05670149, ZINC67895371, and ZINC67847806, showed hepatotoxicity. All compounds were found to be non-sensitizing to the skin. Based on these findings, further experimental validation of ZINC67974679, ZINC67982856, and ZINC05668040 is recommended.
0

Differential detection of Entamoeba species in stool samples collected from children in District Swat, Khyber Pakhtunkhwa Pakistan

Muhammad Khan et al.Aug 8, 2019
Background: Amoebiasis is an intestinal disease caused by enteric protozoan called Entamoeba histolytica belongs to the Genus Entamoeba. The main reason of infection is the contamination of food and water due to the poor sanitation. Among Entamoeba species, Entamoeba histolytica is highly pathogenic while the other species are non-pathogenic and needs no medical treatment. Methodology: A total of 400 stool samples were collected from different areas of district Swat and were processed for screening of amoebic cells. Microscopically identified samples containing amoebic cells were stored at -20 oC till DNA extraction. Extracted DNA was used in a PCR reaction with specific reference primers to amplify the target DNA. Results: Out of all 400 stool samples 111 (27.7%) were found positive through microscopy while PCR reaction confirmed 80 out of microscope positive samples. Among 80 PCR positive samples, the infection with Entamoeba dispar was most common (57.5%) followed by E. histolytica (47.5%) and Entamoeba moshkovskii (20%). The positive cases for mono-infection of E. dispar were 33 (41.25%), followed by E.histolytica 25 (31.25%) and E. moshkovskii 7 (8.75%). The co-infection of E. histolytica with E. dispar and E. moshkovskii was 6 (7.5%) and 2 (2.5%), respectively. Similarly the co-infection of Entamoeba dispar with Entamoeba moshkovskii was also 2 (2.5%) while 5 (6.25%) samples were observed with mixed infection of E. histolytica, E. dispar and E. moshkovskii. Significance of the study: The aim of the study was to detect and differentiate the E. histolytica, Entamoeba dispar and Entamoeba moshkovskii using conventional microscopy and polymerase chain reaction. The results suggested that the use of PCR is necessary to differentiate E. histolytica from E. dispar and E. moshkovskii and therefore, to avoid unnecessary treatment the present study recommend the use of PCR for the routine diagnosis of amoebiasis in the study area. It is also suggested that further studies from this area may also facilitate the understanding of genetic diversity of these pathogens.
Load More